seq1 = pF1KE4471.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KE4471/gi568815575r_152068231.tfa (gi568815575r:152068231_152464570), 396340 bp

>pF1KE4471 1476
>gi568815575r:152068231_152464570 (ChrX)

(complement)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-262  (118869-118990)   100% ->
263-330  (179836-179903)   100% ->
331-551  (208573-208793)   99% ->
552-634  (239726-239808)   100% ->
635-778  (256427-256570)   100% ->
779-931  (266786-266938)   100% ->
932-1143  (274630-274841)   100% ->
1144-1476  (296008-296340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAATCACACAAACAAGTCACTGTTACATGACCAGCCTTGGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATAATCACACAAACAAGTCACTGTTACATGACCAGCCTTGGGATTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCTGATTAATATTCTCCCTGGAACCACTGGTCAAGGGGAATCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCTGATTAATATTCTCCCTGGAACCACTGGTCAAGGGGAATCAAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACAAGAACCCGGGGACTTTGTGAAGCAGGACATTGGCGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 GACAAGAACCCGGGGACTTTGTGAAGCAGGACATTGGCGGGTA...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTCTCCTAAGCATGCCCCAGATATTCCTGATGACAGCACTGACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118870 CTGTCTCCTAAGCATGCCCCAGATATTCCTGATGACAGCACTGACAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACTATCTTCACCAGAATCTTGGATCGTCTTCTGGACGGCTATGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118920 CACTATCTTCACCAGAATCTTGGATCGTCTTCTGGACGGCTATGACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTGCGACCTGGGCTTGGAG         ATGCAGTGACTGAAGTGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 118970 GGCTGCGACCTGGGCTTGGAGGTC...CAGATGCAGTGACTGAAGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTGACATCTACGTGACCAGTTTTGGCCCTGTGTCAGACACTGACATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 179856 ACTGACATCTACGTGACCAGTTTTGGCCCTGTGTCAGACACTGACATGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GAGTACACTATTGATGTATTTTTTCGGCAGACATGGCATGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179906 A...TAGGAGTACACTATTGATGTATTTTTTCGGCAGACATGGCATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAGACTGAAATTTGATGGCCCCATGAAGATCCTTCCACTGAACAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208616 AAAGACTGAAATTTGATGGCCCCATGAAGATCCTTCCACTGAACAATCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCTAGTAAGATCTGGACACCGGACACCTTCTTCCACAATGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208666 CTGGCTAGTAAGATCTGGACACCGGACACCTTCTTCCACAATGGCAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCAGTGGCTCATAACATGACCACGCCCAACAAGCTGCTCAGATTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208716 ATCAGTGGCTCATAACATGACCACGCCCAACAAGCTGCTCAGATTGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAACGGAACCCTCCCCTATACAATGAG         GTTAACAATTCAT
        ||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 208766 ACAACGGAACCCTCCTCTATACAATGAGGTC...TAGGTTAACAATTCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGAGTGTCCCATGCATTTGGAAGATTTTCCCATGGATGTGCATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239739 GCTGAGTGTCCCATGCATTTGGAAGATTTTCCCATGGATGTGCATGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCACTGAAGTTTGGAAGCT         ATGCCTATACAACAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 239789 CCCACTGAAGTTTGGAAGCTGTA...TAGATGCCTATACAACAGCTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGTTTATTCTTGGACTCTCGGAAAGAACAAATCCGTGGAAGTGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256448 TGGTTTATTCTTGGACTCTCGGAAAGAACAAATCCGTGGAAGTGGCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATGGTTCTCGCTTGAACCAGTATGACCTTTTGGGCCATGTTGTTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256498 GATGGTTCTCGCTTGAACCAGTATGACCTTTTGGGCCATGTTGTTGGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGATAATCCGGTCTAGTACAG         GAGAATATGTCGTCATGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 256548 AGAGATAATCCGGTCTAGTACAGGTA...TAGGAGAATATGTCGTCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAACCCACTTCCATCTCAAGCGAAAAATTGGCTACTTTGTGATCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266804 CAACCCACTTCCATCTCAAGCGAAAAATTGGCTACTTTGTGATCCAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACTTGCCATGTATCATGACTGTCATTCTGTCACAAGTGTCGTTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266854 TACTTGCCATGTATCATGACTGTCATTCTGTCACAAGTGTCGTTCTGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACAGAGAGTCTGTTCCTGCCCGTACAGTCTTTG         GTGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 266904 CAACAGAGAGTCTGTTCCTGCCCGTACAGTCTTTGGTG...CAGGTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCACTGTGCTTACCATGACCACCTTGAGTATCAGTGCCAGAAATTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274636 CCACTGTGCTTACCATGACCACCTTGAGTATCAGTGCCAGAAATTCCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTAAAGTGGCATATGCGACGGCCATGGACTGGTTCATAGCCGTCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274686 CCTAAAGTGGCATATGCGACGGCCATGGACTGGTTCATAGCCGTCTGTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGCCTTTGTATTTTCTGCACTGATTGAATTTGCCACTGTCAACTATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274736 TGCCTTTGTATTTTCTGCACTGATTGAATTTGCCACTGTCAACTATTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAAGCGGAGTTGGGCTTGGGAAGGCAAGAAGGTGCCAGAGGCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274786 CCAAGCGGAGTTGGGCTTGGGAAGGCAAGAAGGTGCCAGAGGCCCTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGAAG         AAGAAAACACCAGCAGCCCCAGCAAAGAAAACCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274836 ATGAAGGTG...TAGAAGAAAACACCAGCAGCCCCAGCAAAGAAAACCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACTACCTTCAACATCGTGGGGACCACCTATCCCATCAACCTGGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296043 CACTACCTTCAACATCGTGGGGACCACCTATCCCATCAACCTGGCCAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACACTGAATTTTCCACCATCTCCAAGGGCGCTGCTCCCAGTGCCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296093 ACACTGAATTTTCCACCATCTCCAAGGGCGCTGCTCCCAGTGCCTCCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACCCCAACAATCATTGCTTCACCCAAGGCCACCTACGTGCAGGACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296143 ACCCCAACAATCATTGCTTCACCCAAGGCCACCTACGTGCAGGACAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GACTGAGACCAAGACCTACAACAGTGTCAGCAAGGTTGACAAAATTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296193 GACTGAGACCAAGACCTACAACAGTGTCAGCAAGGTTGACAAAATTTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCATCATCTTTCCTGTGCTCTTTGCCATATTCAATCTGGTCTATTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296243 GCATCATCTTTCCTGTGCTCTTTGCCATATTCAATCTGGTCTATTGGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1429 ACATATGTCAACCGGGAGTCAGCTATCAAGGGCATGATCCGCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296293 ACATATGTCAACCGGGAGTCAGCTATCAAGGGCATGATCCGCAAACAG