seq1 = pF1KE4470.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KE4470/gi568815577r_41367733.tfa (gi568815577r:41367733_41594578), 226846 bp

>pF1KE4470 1476
>gi568815577r:41367733_41594578 (Chr21)

(complement)

1-15  (96446-96460)   100% ->
16-238  (100001-100223)   100% ->
239-325  (104986-105072)   100% ->
326-445  (106066-106185)   100% ->
446-572  (113977-114103)   100% ->
573-683  (115297-115407)   100% ->
684-727  (117959-118002)   100% ->
728-899  (121083-121254)   99% ->
900-1075  (122598-122773)   100% ->
1076-1171  (123836-123931)   100% ->
1172-1314  (126041-126183)   100% ->
1315-1473  (126693-126850)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTGAACTCA         GGGTCACCACCAGCTATTGGACCTTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  96446 ATGGCTTTGAACTCAGTA...TAGGGGTCACCACCAGCTATTGGACCTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTATGAAAACCATGGATACCAACCGGAAAACCCCTATCCCGCACAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 CTATGAAAACCATGGATACCAACCGGAAAACCCCTATCCCGCACAGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGGTCCCCACTGTCTACGAGGTGCATCCGGCTCAGTACTACCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 CTGTGGTCCCCACTGTCTACGAGGTGCATCCGGCTCAGTACTACCCGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCGTGCCCCAGTACGCCCCGAGGGTCCTGACGCAGGCTTCCAACCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 CCCGTGCCCCAGTACGCCCCGAGGGTCCTGACGCAGGCTTCCAACCCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTCTGCACGCAGCCCAAATCCCCATCCGGGACAGTGTGCACCTCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100177 CGTCTGCACGCAGCCCAAATCCCCATCCGGGACAGTGTGCACCTCAAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       AGACTAAGAAAGCACTGTGCATCACCTTGACCCTGGGGACCTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100227 ...CAGAGACTAAGAAAGCACTGTGCATCACCTTGACCCTGGGGACCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCGTGGGAGCTGCGCTGGCCGCTGGCCTACTCTGGAAGTTCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105030 CTCGTGGGAGCTGCGCTGGCCGCTGGCCTACTCTGGAAGTTCAGTA...A

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   TGGGCAGCAAGTGCTCCAACTCTGGGATAGAGTGCGACTCCTCAGGTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106064 AGTGGGCAGCAAGTGCTCCAACTCTGGGATAGAGTGCGACTCCTCAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTGCATCAACCCCTCTAACTGGTGTGATGGCGTGTCACACTGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106114 CCTGCATCAACCCCTCTAACTGGTGTGATGGCGTGTCACACTGCCCCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGGAGGACGAGAATCGGTGTG         TTCGCCTCTACGGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106164 GGGGAGGACGAGAATCGGTGTGGTG...CAGTTCGCCTCTACGGACCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTCATCCTTCAGGTGTACTCATCTCAGAGGAAGTCCTGGCACCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113996 CTTCATCCTTCAGGTGTACTCATCTCAGAGGAAGTCCTGGCACCCTGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCAAGACGACTGGAACGAGAACTACGGGCGGGCGGCCTGCAGGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114046 GCCAAGACGACTGGAACGAGAACTACGGGCGGGCGGCCTGCAGGGACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCTATAA         GAATAATTTTTACTCTAGCCAAGGAATAGTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114096 GGCTATAAGTG...TAGGAATAATTTTTACTCTAGCCAAGGAATAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACAGCGGATCCACCAGCTTTATGAAACTGAACACAAGTGCCGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115330 TGACAGCGGATCCACCAGCTTTATGAAACTGAACACAAGTGCCGGCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGATATCTATAAAAAACTGTACCACAG         TGATGCCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115380 TCGATATCTATAAAAAACTGTACCACAGGTA...CAGTGATGCCTGTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCAAAAGCAGTGGTTTCTTTACGCTGTATAG         CCTGCGGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117972 TCAAAAGCAGTGGTTTCTTTACGCTGTATAGGTA...CAGCCTGCGGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAACTTGAACTCAAGCCGCCAGAGCAGGATCGTGGGCGGCGAGAGCGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 121093 CAACTTGAACTCAAGCCGCCAGAGCAGGATTGTGGGCGGCGAGAGCGCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCCGGGGGCCTGGCCCTGGCAGGTCAGCCTGCACGTCCAGAACGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121143 TCCCGGGGGCCTGGCCCTGGCAGGTCAGCCTGCACGTCCAGAACGTCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGTGCGGAGGCTCCATCATCACCCCCGAGTGGATCGTGACAGCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121193 GTGTGCGGAGGCTCCATCATCACCCCCGAGTGGATCGTGACAGCCGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGCGTGGAAAA         ACCTCTTAACAATCCATGGCATTGGACGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121243 CTGCGTGGAAAAGTA...CAGACCTCTTAACAATCCATGGCATTGGACGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CATTTGCGGGGATTTTGAGACAATCTTTCATGTTCTATGGAGCCGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122627 CATTTGCGGGGATTTTGAGACAATCTTTCATGTTCTATGGAGCCGGATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAAGTAGAAAAAGTGATTTCTCATCCAAATTATGACTCCAAGACCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122677 CAAGTAGAAAAAGTGATTTCTCATCCAAATTATGACTCCAAGACCAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAATGACATTGCGCTGATGAAGCTGCAGAAGCCTCTGACTTTCAACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122727 CAATGACATTGCGCTGATGAAGCTGCAGAAGCCTCTGACTTTCAACGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076       ACCTAGTGAAACCAGTGTGTCTGCCCAACCCAGGCATGATGCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122777 ...CAGACCTAGTGAAACCAGTGTGTCTGCCCAACCCAGGCATGATGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGCCAGAACAGCTCTGCTGGATTTCCGGGTGGGGGGCCACCGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123880 CAGCCAGAACAGCTCTGCTGGATTTCCGGGTGGGGGGCCACCGAGGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AG         GGAAGACCTCAGAAGTGCTGAACGCTGCCAAGGTGCTTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123930 AGGTG...TAGGGAAGACCTCAGAAGTGCTGAACGCTGCCAAGGTGCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCATTGAGACACAGAGATGCAACAGCAGATATGTCTATGACAACCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126080 TCATTGAGACACAGAGATGCAACAGCAGATATGTCTATGACAACCTGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACACCAGCCATGATCTGTGCCGGCTTCCTGCAGGGGAACGTCGATTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126130 ACACCAGCCATGATCTGTGCCGGCTTCCTGCAGGGGAACGTCGATTCTTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCAG         GGTGACAGTGGAGGGCCTCTGGTCACTTCGAAGAACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126180 CCAGGTA...CAGGGTGACAGTGGAGGGCCTCTGGTCACTTCGAAGAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATATCTGGTGGCTGATAGGGGATACAAGCTGGGGTTCTGGCTGTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126730 ATATCTGGTGGCTGATAGGGGATACAAGCTGGGGTTCTGGCTGTGCCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTTACAGACCAGGAGTGTACGGGAATGTGATGGTATTCACGGACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126780 GCTTACAGACCAGGAGTGTACGGGAATGTGATGGTATTCACGGACTGGAT

   1550     .    :    .    :
   1452 TTATCGACAAATGAGGGCAGAC
        ||||||||||||||||| |-||
 126830 TTATCGACAAATGAGGGTA AC