seq1 = pF1KE4467.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KE4467/gi568815577r_45414979.tfa (gi568815577r:45414979_45637959), 222981 bp

>pF1KE4467 1467
>gi568815577r:45414979_45637959 (Chr21)

(complement)

1-189  (100001-100189)   99% ->
190-949  (105812-106571)   99% ->
950-1151  (106989-107190)   100% ->
1152-1293  (112002-112143)   100% ->
1294-1467  (122808-122981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCCCTCCAGCCCAGCGGTGGAGAAGCAGGTGCCCGTGGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCCCTCCAGCCCAGCGGTGGAGAAGCAGGTGCCCGTGGAACCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGACCCCGAGCTCCGGTCCTGGCGGCGCCTCGTGTGCTACCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGACCCCGAGCTCCGGTCCTGGCGGCACCTCGTGTGCTACCTTTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACGGCTTCATGGCGCAGATACGGCCAGGGGAGAGCTTCATCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACGGCTTCATGGCGCAGATACGGCCAGGGGAGAGCTTCATCACCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCTCCTGGGGCCCGACAAGAACTTCACGCGGGAGCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 TACCTCCTGGGGCCCGACAAGAACTTCACGCGGGAGCAGGCA...CAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACGAACGAGATCACGCCGGTGCTGTCGTACTCCTACCTGGCCGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105814 CACGAACGAGATCACGCCGGTGCTGTCGTACTCCTACCTGGCCGTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCCCGTGTTCCTGCTCACCGACTACCTGCGCTACACGCCGGTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105864 TGCCCGTGTTCCTGCTCACCGACTACCTGCGCTACACGCCGGTGCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCAGGGGCTCAGCTTCGTGTCGGTGTGGCTGCTGCTGCTGCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105914 CTGCAGGGGCTCAGCTTCGTGTCGGTGTGGCTGCTGCTGCTGCTGGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCGGTGGCGCACATGCAGCTCATGGAGCTCTTCTACAGCGTCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105964 CTCGGTGGCGCACATGCAGCTCATGGAGCTCTTCTACAGCGTCACCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCGCGCGCATCGCCTATTCCTCCTACATCTTCTCTCTCGTGCGGCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106014 CCGCGCGCATCGCCTATTCCTCCTACATCTTCTCTCTCGTGCGGCCCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGCTACCAGCGTGTGGCCGGCTACTCGCGCGCTGCGGTGCTGCTGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106064 CGCTACCAGCGTGTGGCCGGCTACTCGCGCGCTGCGGTGCTGCTGGGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTTCACCAGCTCCGTGCTGGGCCAGCTGCTGGTCACTGTGGGCCGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106114 GTTCACCAGCTCCGTGCTGGGCCAGCTGCTGGTCACTGTGGGCCGAGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCTTCTCCACGCTCAACTACATCTCGCTGGCCTTCCTCACCTTCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106164 CCTTCTCCACGCTCAACTACATCTCGCTGGCCTTCCTCACCTTCAGCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTCCTCGCCCTCTTCCTGAAGCGCCCCAAGCGCAGCCTCTTCTTCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106214 GTCCTCGCCCTCTTCCTGAAGCGCCCCAAGCGCAGCCTCTTCTTCAACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGACGACCGGGGGCGGTGCGAAACCTCGGCTTCGGAGCTGGAGCGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106264 CGACGACCGGGGGCGGTGCGAAACCTCGGCTTCGGAGCTGGAGCGCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATCCCGGCCCAGGCGGGAAGCTGGGACACGCCCTGCGGGTGGCCTGTGGG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106314 ATCCTGGCCCAGGCGGGAAGCTGGGACACGCCCTGCGGGTGGCCTGTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GACTCAGTGCTGGCGCGGATGCTGCGGGAGCTGGGGGACAGCCTGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106364 GACTCAGTGCTGGCGCGGATGCTGCGGGAGCTGGGGGACAGCCTGCGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCGCAGCTGCGCCTGTGGTCCCTCTGGTGGGTCTTCAACTCGGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106414 GCCGCAGCTGCGCCTGTGGTCCCTCTGGTGGGTCTTCAACTCGGCCGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACTACCTGGTGGTCTACTACGTGCACATCCTGTGGAACGAGGTGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106464 ACTACCTGGTGGTCTACTACGTGCACATCCTGTGGAACGAGGTGGACCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACCACCAACAGTGCGCGGGTCTACAACGGCGCGGCAGATGCTGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106514 ACCACCAACAGTGCGCGGGTCTACAACGGCGCGGCAGATGCTGCCTCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCTGCTGG         GCGCCATCACGTCCTTCGCCGCGGGCTTCGTGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106564 GCTGCTGGGTA...CAGGCGCCATCACGTCCTTCGCCGCGGGCTTCGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGATCCGCTGGGCGCGCTGGTCCAAGCTGCTCATCGCGGGCGTCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107022 AGATCCGCTGGGCGCGCTGGTCCAAGCTGCTCATCGCGGGCGTCACGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACGCAGGCGGGGCTGGTCTTCCTTCTGGCGCACACGCGCCACCCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107072 ACGCAGGCGGGGCTGGTCTTCCTTCTGGCGCACACGCGCCACCCGAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CATCTGGCTGTGCTATGCGGCCTTCGTGCTGTTCCGCGGCTCCTACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107122 CATCTGGCTGTGCTATGCGGCCTTCGTGCTGTTCCGCGGCTCCTACCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCCTCGTGCCCATCGCCAC         CTTTCAGATTGCATCTTCTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107172 TCCTCGTGCCCATCGCCACGTG...CAGCTTTCAGATTGCATCTTCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TCTAAAGAGCTCTGTGCCCTGGTCTTCGGGGTCAACACGTTCTTTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112024 TCTAAAGAGCTCTGTGCCCTGGTCTTCGGGGTCAACACGTTCTTTGCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CATCGTCAAGACCATCATCACTTTCATTGTCTCGGACGTGCGGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112074 CATCGTCAAGACCATCATCACTTTCATTGTCTCGGACGTGCGGGGCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCCTCCCGGTCCGCAAGCAG         AATGAAGAACTGCATGTGGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112124 GCCTCCCGGTCCGCAAGCAGGTG...TAGAATGAAGAACTGCATGTGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TCTCTGTCTCTGTGGAAAAGCCATCTCAGGTTGGCGGCAGACACATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122829 TCTCTGTCTCTGTGGAAAAGCCATCTCAGGTTGGCGGCAGACACATTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ATCAGAGGGGAGCAGCGGCTCTGGTCCTCGGAGCTGGTTCCTCTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122879 ATCAGAGGGGAGCAGCGGCTCTGGTCCTCGGAGCTGGTTCCTCTCTCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CCCTAAGGGCAGCCCTCCATGGTCCTGTCTGTCCTTCTGAAGTGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122929 CCCTAAGGGCAGCCCTCCATGGTCCTGTCTGTCCTTCTGAAGTGTGTCCA

   1500 
   1465 TCC
        |||
 122979 TCC