seq1 = pF1KE4466.tfa, 1464 bp
seq2 = pF1KE4466/gi568815590r_144216557.tfa (gi568815590r:144216557_144426636), 210080 bp

>pF1KE4466 1464
>gi568815590r:144216557_144426636 (Chr8)

(complement)

1-200  (100001-100200)   100% ->
201-288  (105229-105316)   100% ->
289-329  (107569-107609)   100% ->
330-415  (107717-107802)   100% ->
416-468  (107886-107938)   100% ->
469-574  (108071-108176)   100% ->
575-676  (108275-108376)   100% ->
677-751  (108468-108542)   100% ->
752-855  (108620-108723)   100% ->
856-894  (108815-108853)   100% ->
895-936  (108925-108966)   100% ->
937-981  (109049-109093)   100% ->
982-1094  (109192-109304)   100% ->
1095-1160  (109385-109450)   100% ->
1161-1248  (109528-109615)   100% ->
1249-1311  (109722-109784)   100% ->
1312-1464  (109928-110080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGACCGCGGCAGCTCCCGGCGCCGGAGGACAGGGTCGCGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGACCGCGGCAGCTCCCGGCGCCGGAGGACAGGGTCGCGGCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCACGGCGGCGGCGGGCCTGCGGCGGCGGAAGAGGAGGTGCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCACGGCGGCGGCGGGCCTGCGGCGGCGGAAGAGGAGGTGCGGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCTGCGGGCCCCGACGTGGGAGCCGCGGGGGACGCGCCAGCCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCTGCGGGCCCCGACGTGGGAGCCGCGGGGGACGCGCCAGCCCCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAACAAGGACGGAGACGCCGGCGTGGGCAGCGGCCACTGGGAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAACAAGGACGGAGACGCCGGCGTGGGCAGCGGCCACTGGGAGCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201          GTGCCATCGCCTGCAGGATTCTTTATTCAGCTCTGACAGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTA...CAGGTGCCATCGCCTGCAGGATTCTTTATTCAGCTCTGACAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTTCAGCAACTACCGTGGCATCCTGAACTGGTGTGTGGTGATGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105270 GCTTCAGCAACTACCGTGGCATCCTGAACTGGTGTGTGGTGATGCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       ATCTTGAGCAATGCCCGGTTATTTCTGGAGAACCTCATCAA   
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105320 ...CAGATCTTGAGCAATGCCCGGTTATTTCTGGAGAACCTCATCAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       GTATGGCATCCTGGTGGACCCCATCCAGGTGGTTTCTCTGTTCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 ...CAGGTATGGCATCCTGGTGGACCCCATCCAGGTGGTTTCTCTGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAGGATCCCTATAGCTGGCCCGCCCCATGCCTGGTTATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107761 TGAAGGATCCCTATAGCTGGCCCGCCCCATGCCTGGTTATTGGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416  CGGCCAATGTCTTTGCTGTGGCTGCATTCCAGGTTGAGAAGCGCCTGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107885 GCGGCCAATGTCTTTGCTGTGGCTGCATTCCAGGTTGAGAAGCGCCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTG         GGTGCCCTGACGGAGCAGGCGGGACTGCTGCTGCACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107935 GGTGGTA...CAGGGTGCCCTGACGGAGCAGGCGGGACTGCTGCTGCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGCCAACCTGGCCACCATTCTGTGTTTCCCAGCGGCTGTGGTCTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108108 TGGCCAACCTGGCCACCATTCTGTGTTTCCCAGCGGCTGTGGTCTTACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTGAGTCTATCACTCCAG         TGGGCTCCCTGCTGGCGCTGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108158 GTTGAGTCTATCACTCCAGGTG...CAGTGGGCTCCCTGCTGGCGCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCGCACACCATCCTCTTCCTCAAGCTCTTCTCCTACCGCGACGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108297 GGCGCACACCATCCTCTTCCTCAAGCTCTTCTCCTACCGCGACGTCAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CATGGTGCCGCAGGGCCAGGGCCAAGGCTG         CCTCTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108347 CATGGTGCCGCAGGGCCAGGGCCAAGGCTGGTG...TAGCCTCTGCAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGAAGGCCAGCAGTGCTGCTGCCCCGCACACCGTGAGCTACCCGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108479 AAGAAGGCCAGCAGTGCTGCTGCCCCGCACACCGTGAGCTACCCGGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCTGACCTACCGCG         ATCTCTACTACTTCCTCTTCGCCCCCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108529 TCTGACCTACCGCGGTG...CAGATCTCTACTACTTCCTCTTCGCCCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCTTGTGCTACGAGCTCAACTTTCCCCGCTCTCCCCGCATCCGGAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108647 CCTTGTGCTACGAGCTCAACTTTCCCCGCTCTCCCCGCATCCGGAAGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTTCTGCTGCGACGGATCCTTGAGATG         CTGTTCTTCACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108697 TTTCTGCTGCGACGGATCCTTGAGATGGTG...CAGCTGTTCTTCACCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTCCAGGTGGGGCTGATCCAGCAG         TGGATGGTCCCCACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108829 GCTCCAGGTGGGGCTGATCCAGCAGGTA...CAGTGGATGGTCCCCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TCCAGAACTCCATGAAGCCCTTCAAG         GACATGGACTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108941 TCCAGAACTCCATGAAGCCCTTCAAGGTG...CAGGACATGGACTACTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CGCATCATCGAGCGCCTCCTGAAGCTGGCG         GTCCCCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109064 CGCATCATCGAGCGCCTCCTGAAGCTGGCGGTG...CAGGTCCCCAATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CCTCATCTGGCTCATCTTCTTCTACTGGCTCTTCCACTCCTGCCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109203 CCTCATCTGGCTCATCTTCTTCTACTGGCTCTTCCACTCCTGCCTGAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CCGTGGCTGAGCTCATGCAGTTTGGAGACCGGGAGTTCTACCGGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109253 CCGTGGCTGAGCTCATGCAGTTTGGAGACCGGGAGTTCTACCGGGACTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TG         GAACTCCGAGTCTGTCACCTACTTCTGGCAGAACTGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109303 TGGTG...CAGGAACTCCGAGTCTGTCACCTACTTCTGGCAGAACTGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CATCCCTGTGCACAAGTGGTGCATCAG         ACACTTCTACAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109424 CATCCCTGTGCACAAGTGGTGCATCAGGTA...CAGACACTTCTACAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 CCATGCTTCGACGGGGCAGCAGCAAGTGGATGGCCAGGACAGGGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109542 CCATGCTTCGACGGGGCAGCAGCAAGTGGATGGCCAGGACAGGGGTGTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CTGGCCTCGGCCTTCTTCCACGAG         TACCTGGTGAGCGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109592 CTGGCCTCGGCCTTCTTCCACGAGGTC...CAGTACCTGGTGAGCGTCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 TCTGCGAATGTTCCGCCTCTGGGCGTTCACGGGCATGATGGCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109739 TCTGCGAATGTTCCGCCTCTGGGCGTTCACGGGCATGATGGCTCAGGTG.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312      ATCCCACTGGCCTGGTTCGTGGGCCGCTTTTTCCAGGGCAACTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109789 ..TAGATCCCACTGGCCTGGTTCGTGGGCCGCTTTTTCCAGGGCAACTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 GGCAACGCAGCTGTGTGGCTGTCGCTCATCATCGGACAGCCAATAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109973 GGCAACGCAGCTGTGTGGCTGTCGCTCATCATCGGACAGCCAATAGCCGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 CCTCATGTACGTCCACGACTACTACGTGCTCAACTATGAGGCCCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110023 CCTCATGTACGTCCACGACTACTACGTGCTCAACTATGAGGCCCCAGCGG

   1600     .
   1457 CAGAGGCC
        ||||||||
 110073 CAGAGGCC