seq1 = pF1KE4461.tfa, 1431 bp
seq2 = pF1KE4461/gi568815597f_161066848.tfa (gi568815597f:161066848_161271173), 204326 bp

>pF1KE4461 1431
>gi568815597f:161066848_161271173 (Chr1)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-222  (100253-100387)   100% ->
223-338  (100524-100639)   100% ->
339-471  (101148-101280)   100% ->
472-616  (101585-101729)   100% ->
617-807  (102146-102336)   100% ->
808-868  (102813-102873)   100% ->
869-987  (103059-103177)   100% ->
988-1098  (103562-103672)   100% ->
1099-1248  (103773-103922)   100% ->
1249-1291  (104060-104102)   100% ->
1292-1431  (104187-104326)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGGACCGTGGTCGTGCTGGGCGGAGGCATCAGCGGCTTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCGGACCGTGGTCGTGCTGGGCGGAGGCATCAGCGGCTTGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTTACCACCTGAGCCGGGCCCCCTGCCCCCCTAAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CAGTTACCACCTGAGCCGGGCCCCCTGCCCCCCTAAGGTG...CAGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTAGTGGAGAGCAGTGAGCGTCTGGGAGGCTGGATTCGCTCCGTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100257 TCCTAGTGGAGAGCAGTGAGCGTCTGGGAGGCTGGATTCGCTCCGTTCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCCTAATGGTGCTATCTTTGAGCTTGGACCTCGGGGAATTAGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100307 GGCCCTAATGGTGCTATCTTTGAGCTTGGACCTCGGGGAATTAGGCCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGAGCCCTAGGGGCCCGGACCTTGCTCCTG         GTTTCTGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100357 GGGAGCCCTAGGGGCCCGGACCTTGCTCCTGGTG...CAGGTTTCTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGCTTGGATTCAGAAGTGCTGCCTGTCCGGGGAGACCACCCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100534 TTGGCTTGGATTCAGAAGTGCTGCCTGTCCGGGGAGACCACCCAGCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAACAGGTTCCTCTACGTGGGCGGTGCCCTGCATGCCCTACCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100584 CAGAACAGGTTCCTCTACGTGGGCGGTGCCCTGCATGCCCTACCCACTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTCAG         GGGGCTACTCCGCCCTTCACCCCCCTTCTCCAAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100634 CCTCAGGTA...CAGGGGGCTACTCCGCCCTTCACCCCCCTTCTCCAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTGTTTTGGGCTGGGCTGAGGGAGCTGACCAAGCCCCGGGGCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101183 CTCTGTTTTGGGCTGGGCTGAGGGAGCTGACCAAGCCCCGGGGCAAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGATGAGACTGTGCACAGTTTTGCCCAGCGCCGCCTTGGACCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101233 CCTGATGAGACTGTGCACAGTTTTGCCCAGCGCCGCCTTGGACCTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GTGGCGTCTCTAGCCATGGACAGTCTCTGCCGTGGAGTGTTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101283 G...AAGGTGGCGTCTCTAGCCATGGACAGTCTCTGCCGTGGAGTGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGCAACAGCCGTGAGCTCAGCATCAGGTCCTGCTTTCCCAGTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101628 CAGGCAACAGCCGTGAGCTCAGCATCAGGTCCTGCTTTCCCAGTCTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAGCTGAGCAAACCCATCGTTCCATATTACTGGGCCTGCTGCTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101678 CAAGCTGAGCAAACCCATCGTTCCATATTACTGGGCCTGCTGCTGGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AG         GGCGGACCCCACAGCCAGACTCAGCACTCATTCGCCAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101728 AGGTG...CAGGGCGGACCCCACAGCCAGACTCAGCACTCATTCGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTGGCTGAGCGCTGGAGCCAGTGGTCACTTCGTGGAGGTCTAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102185 CCTTGGCTGAGCGCTGGAGCCAGTGGTCACTTCGTGGAGGTCTAGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGCCTCAGGCCCTTGAAACCCACCTGACTAGTAGGGGGGTCAGTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 TTGCCTCAGGCCCTTGAAACCCACCTGACTAGTAGGGGGGTCAGTGTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGAGGCCAGCCGGTCTGTGGGCTCAGCCTCCAGGCAGAAGGGCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102285 CAGAGGCCAGCCGGTCTGTGGGCTCAGCCTCCAGGCAGAAGGGCGCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         GTATCTCTAAGGGACAGCAGTCTGGAGGCTGACCACGTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102335 AGGTA...CAGGTATCTCTAAGGGACAGCAGTCTGGAGGCTGACCACGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTAGTGCCATTCCAGCTTCAG         TGCTCAGTGAGCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102852 ATTAGTGCCATTCCAGCTTCAGGTA...TAGTGCTCAGTGAGCTGCTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCTGAGGCTGCCCCTCTGGCTCGTGCCCTGAGTGCCATCACTGCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103078 TGCTGAGGCTGCCCCTCTGGCTCGTGCCCTGAGTGCCATCACTGCAGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGTAGCTGTGGTGAATCTGCAGTACCAAGGAGCCCATCTGCCTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 CTGTAGCTGTGGTGAATCTGCAGTACCAAGGAGCCCATCTGCCTGTCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988          GGATTTGGACATTTGGTGCCATCTTCAGAAGATCCAGGAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 GTA...CAGGGATTTGGACATTTGGTGCCATCTTCAGAAGATCCAGGAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTGGGAATCGTGTATGACTCAGTTGCTTTCCCTGAGCAGGACGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103603 CCTGGGAATCGTGTATGACTCAGTTGCTTTCCCTGAGCAGGACGGGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCCTGGCCTCAGAGTGACT         GTGATGCTGGGAGGTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103653 CCCCTGGCCTCAGAGTGACTGTG...TAGGTGATGCTGGGAGGTTCCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTACAGACACTGGAGGCTAGTGGCTGTGTCTTATCTCAGGAGCTGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103794 TTACAGACACTGGAGGCTAGTGGCTGTGTCTTATCTCAGGAGCTGTTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACAGCGGGCCCAGGAAGCAGCTGCTACACAATTAGGACTGAAGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103844 ACAGCGGGCCCAGGAAGCAGCTGCTACACAATTAGGACTGAAGGAGATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CGAGCCACTGCTTGGTCCATCTACACAAG         AACTGCATTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103894 CGAGCCACTGCTTGGTCCATCTACACAAGGTA...CAGAACTGCATTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGTATACACTAGGTCACTGGCAAAAACTAG         AGTCAGCTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104072 CAGTATACACTAGGTCACTGGCAAAAACTAGGTA...CAGAGTCAGCTAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCAATTCCTGACTGCTCACAGGTTGCCCCTGACTCTGGCTGGAGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104197 GCAATTCCTGACTGCTCACAGGTTGCCCCTGACTCTGGCTGGAGCCTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATGAGGGAGTTGCTGTTAATGACTGTATAGAGAGTGGGCGCCAGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104247 ATGAGGGAGTTGCTGTTAATGACTGTATAGAGAGTGGGCGCCAGGCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :
   1402 GTCAGTGTCCTGGGCACAGAACCTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 104297 GTCAGTGTCCTGGGCACAGAACCTAACAGC