seq1 = pF1KE4459.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KE4459/gi568815594f_165279222.tfa (gi568815594f:165279222_165597607), 318386 bp

>pF1KE4459 1428
>gi568815594f:165279222_165597607 (Chr4)

1-307  (100001-100307)   100% ->
308-504  (185169-185365)   100% ->
505-672  (188467-188634)   100% ->
673-790  (203021-203138)   100% ->
791-973  (205201-205383)   99% ->
974-1113  (208217-208356)   100% ->
1114-1213  (213950-214049)   100% ->
1214-1332  (216338-216456)   100% ->
1333-1428  (218291-218386)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGCGAGGGGGCAGCGCGCTGCTGGCTCTGTGCGGGGCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGCGAGGGGGCAGCGCGCTGCTGGCTCTGTGCGGGGCACTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTGCGGGTGGCTCCTGGGCGCCGAAGCCCAGGAGCCCGGGGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCTGCGGGTGGCTCCTGGGCGCCGAAGCCCAGGAGCCCGGGGCGCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGGGCATGAGGCGGCGCCGGCGGCTGCAGCAAGAGGACGGCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGGGCATGAGGCGGCGCCGGCGGCTGCAGCAAGAGGACGGCATCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGAGTACCACCGCTACCCCGAGCTGCGCGAGGCGCTCGTGTCCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGAGTACCACCGCTACCCCGAGCTGCGCGAGGCGCTCGTGTCCGTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGCAGTGCACCGCCATCAGCAGGATTTACACGGTGGGGCGCAGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGCAGTGCACCGCCATCAGCAGGATTTACACGGTGGGGCGCAGCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGGCCGGGAGCTCCTGGTCATCGAGCTGTCCGACAACCCTGGCGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGGCCGGGAGCTCCTGGTCATCGAGCTGTCCGACAACCCTGGCGTCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCCTG         GTGAGCCTGAATTTAAATACATTGGGAATATGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCCTGGTA...TAGGTGAGCCTGAATTTAAATACATTGGGAATATGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGGAATGAGGCTGTTGGACGAGAACTGCTCATTTTCTTGGCCCAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185203 TGGGAATGAGGCTGTTGGACGAGAACTGCTCATTTTCTTGGCCCAGTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TATGCAACGAATACCAGAAGGGGAACGAGACAATTGTCAACCTGATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185253 TATGCAACGAATACCAGAAGGGGAACGAGACAATTGTCAACCTGATCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTACCCGCATTCACATCATGCCTTCCCTGAACCCAGATGGCTTTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185303 AGTACCCGCATTCACATCATGCCTTCCCTGAACCCAGATGGCTTTGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCAGCGTCTCAG         CCTGGTGAACTCAAGGACTGGTTTGTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 185353 GGCAGCGTCTCAGGTG...TAGCCTGGTGAACTCAAGGACTGGTTTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTCGAAGCAATGCCCAGGGAATAGATCTGAACCGGAACTTTCCAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188495 GTCGAAGCAATGCCCAGGGAATAGATCTGAACCGGAACTTTCCAGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATAGGATAGTGTACGTGAATGAGAAAGAAGGTGGTCCAAATAATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188545 GATAGGATAGTGTACGTGAATGAGAAAGAAGGTGGTCCAAATAATCATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTTGAAAAATATGAAGAAAATTGTGGATCAAAACACAAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 188595 GTTGAAAAATATGAAGAAAATTGTGGATCAAAACACAAAGGTA...CAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGCTCCTGAGACCAAGGCTGTCATTCATTGGATTATGGATATTCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203022 TTGCTCCTGAGACCAAGGCTGTCATTCATTGGATTATGGATATTCCTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGCTTTCTGCCAATCTCCATGGAGGAGACCTTGTGGCCAATTATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203072 GTGCTTTCTGCCAATCTCCATGGAGGAGACCTTGTGGCCAATTATCCATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGATGAGACGCGGAGTG         GTAGTGCTCATGAATACAGCTCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||| |||||||||||||
 203122 TGATGAGACGCGGAGTGGTA...TAGGTAGTGCTCACGAATACAGCTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCCAGATGACGCCATTTTCCAAAGCTTGGCCCGGGCATACTCTTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205225 CCCCAGATGACGCCATTTTCCAAAGCTTGGCCCGGGCATACTCTTCTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACCCGGCCATGTCTGACCCCAATCGGCCACCATGTCGCAAGAATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205275 AACCCGGCCATGTCTGACCCCAATCGGCCACCATGTCGCAAGAATGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGACAGCAGCTTTGTAGATGGAACCACCAACGGTGGTGCTTGGTACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205325 TGACAGCAGCTTTGTAGATGGAACCACCAACGGTGGTGCTTGGTACAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TACCTGGAG         GGATGCAAGACTTCAATTACCTTAGCAGCAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 205375 TACCTGGAGGTG...CAGGGATGCAAGACTTCAATTACCTTAGCAGCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGTTTTGAGATCACCGTGGAGCTTAGCTGTGAGAAGTTCCCACCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208249 TGTTTTGAGATCACCGTGGAGCTTAGCTGTGAGAAGTTCCCACCTGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GACTCTGAAGACCTACTGGGAGGATAACAAAAACTCCCTCATTAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208299 GACTCTGAAGACCTACTGGGAGGATAACAAAAACTCCCTCATTAGCTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGAGCAG         ATACACCGAGGAGTTAAAGGATTTGTCCGAGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 208349 TTGAGCAGGTA...CAGATACACCGAGGAGTTAAAGGATTTGTCCGAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTTCAAGGTAACCCAATTGCGAATGCCACCATCTCCGTGGAAGGAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213983 CTTCAAGGTAACCCAATTGCGAATGCCACCATCTCCGTGGAAGGAATAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCACGATGTTACATCCG         CAAAGGATGGTGATTACTGGAGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 214033 CCACGATGTTACATCCGGTG...CAGCAAAGGATGGTGATTACTGGAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGCTTATACCTGGAAACTATAAACTTACAGCCTCAGCTCCAGGCTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216362 TGCTTATACCTGGAAACTATAAACTTACAGCCTCAGCTCCAGGCTATCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCAATAACAAAGAAAGTGGCAGTTCCTTACAGCCCTGCTGCTGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 216412 GCAATAACAAAGAAAGTGGCAGTTCCTTACAGCCCTGCTGCTGGGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333     GTTGATTTTGAACTGGAGTCATTTTCTGAAAGGAAAGAAGAGGAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216462 .TAGGTTGATTTTGAACTGGAGTCATTTTCTGAAAGGAAAGAAGAGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGGAAGAATTGATGGAATGGTGGAAAATGATGTCAGAAACTTTAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218337 AGGAAGAATTGATGGAATGGTGGAAAATGATGTCAGAAACTTTAAATTTT