seq1 = pF1KE4458.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE4458/gi568815597f_40158272.tfa (gi568815597f:40158272_40392666), 234395 bp

>pF1KE4458 1425
>gi568815597f:40158272_40392666 (Chr1)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-270  (102568-102714)   100% ->
271-357  (109515-109601)   100% ->
358-474  (110148-110264)   99% ->
475-627  (111704-111856)   99% ->
628-769  (113623-113764)   100% ->
770-954  (123072-123256)   100% ->
955-1059  (127654-127758)   100% ->
1060-1203  (132583-132726)   100% ->
1204-1425  (134174-134395)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGATGTGGGCATCGCTGGACGCTTTGTGGGAGATGCCGGCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGATGTGGGCATCGCTGGACGCTTTGTGGGAGATGCCGGCCGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGTATCTTCGGGGCCGTGCTGCTCTTTTCCTGGACAGTGTATCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGTATCTTCGGGGCCGTGCTGCTCTTTTCCTGGACAGTGTATCTTTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACCTTCCTAGCACAGCGGCAG         AGAAGGATATATAAAACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 AGACCTTCCTAGCACAGCGGCAGGTG...CAGAGAAGGATATATAAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAACTCATGTACCACCGGAGTTAGGACAGATCATGGATTCTGAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102586 ACAACTCATGTACCACCGGAGTTAGGACAGATCATGGATTCTGAAACATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGAAATCTCGACTCTATCAACTGGATAAAAGCACTTTCAGCTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102636 TGAGAAATCTCGACTCTATCAACTGGATAAAAGCACTTTCAGCTTCTGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGGACTCTATTCAGAGACTGAAGGCACT         CTTATTCTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102686 CAGGACTCTATTCAGAGACTGAAGGCACTGTG...TAGCTTATTCTTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGGAGGAATACCTTATCTCTGGAGACTTTCTGGACGGTTCTGTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109527 TTTGGAGGAATACCTTATCTCTGGAGACTTTCTGGACGGTTCTGTGGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTGGCTTTGGACCAGAATATGAG         ATCACTCAGTCCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109577 TGCTGGCTTTGGACCAGAATATGAGGTA...TAGATCACTCAGTCCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTTTCTGCTGTTGGCTACACTTTTCAGTGCATTGGCTGGTTTGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 110164 TGTTTCTGCTGTTGGCTACACTTTTCAGTGCATTGACTGGTTTGCCATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTCTTTATAATACTTTTGTGATAGAAGAAAAACATGGCTTCAATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110214 AGTCTTTATAATACTTTTGTGATAGAAGAAAAACATGGCTTCAATCAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 G         ACTTTGGGGTTCTTCATGAAAGATGCAATCAAGAAATTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110264 GGTA...CAGACTTTGGGGTTCTTCATGAAAGATGCAATCAAGAAATTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGTGACTCAGTGCATTTTGTTGCCTGTGTCTTCACTTCTACTTTACATT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111744 TTGTGACTCAGTGTATTTTGTTGCCTGTGTCTTCACTTCTACTTTACATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTAAAATTGGGGGTGACTATTTTTTTATTTATGCCTGGCTGTTCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111794 ATTAAAATTGGGGGTGACTATTTTTTTATTTATGCCTGGCTGTTCACATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTTGTGTCTCTG         GTTCTTGTCACAATCTATGCTGATTATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111844 AGTTGTGTCTCTGGTG...CAGGTTCTTGTCACAATCTATGCTGATTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGCCCCTTTATTTGACAAATTCACACCTCTGCCTGAGGGAAAGCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113651 TTGCCCCTTTATTTGACAAATTCACACCTCTGCCTGAGGGAAAGCTTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGAAATTGAAGTAATGGCAAAGAGTATTGACTTTCCTTTGACGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113701 GAAGAAATTGAAGTAATGGCAAAGAGTATTGACTTTCCTTTGACGAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTATGTTGTGGAAG         GATCTAAACGCTCTTCCCACAGCAATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113751 GTATGTTGTGGAAGGTA...TAGGATCTAAACGCTCTTCCCACAGCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTTATTTTTATGGCTTCTTCAAGAACAAGCGAATAGTTTTGTTTGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123099 CTTATTTTTATGGCTTCTTCAAGAACAAGCGAATAGTTTTGTTTGACACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTACTAGAAGAGTACTCTGTACTAAACAAAGACATCCAGGAGGATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123149 CTACTAGAAGAGTACTCTGTACTAAACAAAGACATCCAGGAGGATTCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATGGAACCCCGCAATGAGGAAGAAGGGAACAGTGAAGAAATAAAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123199 CATGGAACCCCGCAATGAGGAAGAAGGGAACAGTGAAGAAATAAAAGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGTTAAA         AATAAGAAACAAGGATGTAAAAATGAGGAGGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123249 AAGTTAAAGTG...CAGAATAAGAAACAAGGATGTAAAAATGAGGAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCGCTGTACTAGGCCATGAACTGGGGCACTGGAAGTTGGGACATACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127687 CTCGCTGTACTAGGCCATGAACTGGGGCACTGGAAGTTGGGACATACAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAAAATATCATTATTAGCCAG         ATGAATTCTTTCCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127737 CAAAAATATCATTATTAGCCAGGTA...TAGATGAATTCTTTCCTGTGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTTTTTATTTGCTGTATTAATTGGTCGAAAGGAGCTTTTTGCTGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132602 TTTTTTTATTTGCTGTATTAATTGGTCGAAAGGAGCTTTTTGCTGCATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGTTTTTATGATAGCCAACCCACTCTTATTGGACTATTGATCATCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132652 GGTTTTTATGATAGCCAACCCACTCTTATTGGACTATTGATCATCTTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTTTATTTTTTCACCTTACAATGAG         GTTCTTTCTTTTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132702 GTTTATTTTTTCACCTTACAATGAGGTA...CAGGTTCTTTCTTTTTGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAACAGTCCTAAGCCGCAGATTTGAGTTTCAAGCTGATGCATTTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134190 TAACAGTCCTAAGCCGCAGATTTGAGTTTCAAGCTGATGCATTTGCCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAACTTGGGAAGGCTAAAGACTTATATTCTGCTTTAATCAAACTTAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134240 AAACTTGGGAAGGCTAAAGACTTATATTCTGCTTTAATCAAACTTAACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGATAACTTGGGATTCCCTGTTTCTGACTGGTTGTTCTCAATGTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134290 AGATAACTTGGGATTCCCTGTTTCTGACTGGTTGTTCTCAATGTGGCATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATTCTCATCCTCCACTGCTAGAGAGACTTCAAGCTTTGAAAACTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134340 ATTCTCATCCTCCACTGCTAGAGAGACTTCAAGCTTTGAAAACTATGAAG

   1500     .
   1420 CAACAC
        ||||||
 134390 CAACAC