seq1 = pF1KE4456.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE4456/gi568815596f_26154258.tfa (gi568815596f:26154258_26385572), 231315 bp

>pF1KE4456 1425
>gi568815596f:26154258_26385572 (Chr2)

1-67  (99995-100061)   95% ->
68-112  (100173-100217)   100% ->
113-212  (109123-109222)   100% ->
213-257  (115696-115740)   100% ->
258-357  (119394-119493)   100% ->
358-445  (122816-122903)   100% ->
446-633  (124357-124544)   100% ->
634-814  (124878-125058)   100% ->
815-936  (125737-125858)   100% ->
937-1016  (128588-128667)   100% ->
1017-1064  (128747-128794)   100% ->
1065-1152  (129860-129947)   100% ->
1153-1227  (130626-130700)   100% ->
1228-1392  (131150-131314)   100% ->
1393-1425  (135661-135693)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACT ACTATCTTGACTTACCCCTTTAAAAATCTTCCCACTGCATCAA
        |-|| |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 A GAATGACTATCTTGACTTACCCCTTTAAAAATCTTCCCACTGCATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 AATGGGCCCTCAGATTTT         CCATAAGACCTCTGAGCTGTTCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100044 AATGGGCCCTCAGATTTTGTA...CAGCCATAAGACCTCTGAGCTGTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 TCCCAGCTACGAGCTGCCCCAG         CTGTCCAGACCAAAACGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100196 TCCCAGCTACGAGCTGCCCCAGGTA...AAGCTGTCCAGACCAAAACGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    132 GAAGACGTTAGCCAAACCCAATATAAGGAATGTTGTGGTGGTGGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109142 GAAGACGTTAGCCAAACCCAATATAAGGAATGTTGTGGTGGTGGATGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 TTCGCACTCCATTTTTGCTGTCTGGCACTTC         ATATAAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109192 TTCGCACTCCATTTTTGCTGTCTGGCACTTCGTA...CAGATATAAAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 CTGATGCCACATGATTTGGCTAGAGCAGCGCTTAC         GGGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115706 CTGATGCCACATGATTTGGCTAGAGCAGCGCTTACGTA...CAGGGGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    264 GTTGCATCGGACCAGTGTCCCTAAGGAAGTAGTTGATTATATCATCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119400 GTTGCATCGGACCAGTGTCCCTAAGGAAGTAGTTGATTATATCATCTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    314 GTACAGTTATTCAGGAAGTGAAAACAAGCAATGTGGCTAGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119450 GTACAGTTATTCAGGAAGTGAAAACAAGCAATGTGGCTAGAGAGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358    GCTGCCCTTGGAGCTGGCTTCTCTGACAAGACTCCTGCTCACACTGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122813 AAGGCTGCCCTTGGAGCTGGCTTCTCTGACAAGACTCCTGCTCACACTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 CACCATGGCTTGTATCTCTGCCAACCAAGCCATGACCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122863 CACCATGGCTTGTATCTCTGCCAACCAAGCCATGACCACAGGTA...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 GTGTTGGCTTGATTGCTTCTGGCCAGTGTGATGTGATCGTGGCAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124357 GTGTTGGCTTGATTGCTTCTGGCCAGTGTGATGTGATCGTGGCAGGTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 GTTGAGTTGATGTCCGATGTCCCTATTCGTCACTCAAGGAAAATGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124407 GTTGAGTTGATGTCCGATGTCCCTATTCGTCACTCAAGGAAAATGAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 ACTGATGCTTGATCTCAATAAGGCCAAATCTATGGGCCAGCGACTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124457 ACTGATGCTTGATCTCAATAAGGCCAAATCTATGGGCCAGCGACTGTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 TAATCTCTAAATTCCGATTTAATTTCCTAGCACCTGAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124507 TAATCTCTAAATTCCGATTTAATTTCCTAGCACCTGAGGTA...CAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 CCTGCGGTTTCTGAGTTCTCCACCAGTGAGACCATGGGCCACTCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124881 CCTGCGGTTTCTGAGTTCTCCACCAGTGAGACCATGGGCCACTCTGCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 CCGACTGGCCGCTGCCTTTGCTGTTTCTCGGCTGGAACAGGATGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124931 CCGACTGGCCGCTGCCTTTGCTGTTTCTCGGCTGGAACAGGATGAATATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 CACTGCGCTCTCACAGTCTAGCCAAGAAGGCACAGGATGAAGGACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124981 CACTGCGCTCTCACAGTCTAGCCAAGAAGGCACAGGATGAAGGACTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 TCTGATGTGGTACCCTTCAAAGTACCAG         GAAAAGATACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125031 TCTGATGTGGTACCCTTCAAAGTACCAGGTG...TAGGAAAAGATACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 TACCAAAGATAATGGCATCCGTCCTTCCTCACTGGAGCAGATGGCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125750 TACCAAAGATAATGGCATCCGTCCTTCCTCACTGGAGCAGATGGCCAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 TAAAACCTGCATTCATCAAGCCCTACGGCACAGTGACAGCTGCAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125800 TAAAACCTGCATTCATCAAGCCCTACGGCACAGTGACAGCTGCAAATTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 TCTTTCTTG         ACTGATGGTGCATCTGCAATGTTAATCATGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125850 TCTTTCTTGGTA...CAGACTGATGGTGCATCTGCAATGTTAATCATGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 GGAGGAAAAGGCTCTGGCCATGGGTTATAAGCCGAAGGCATATTTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 128620 GGAGGAAAAGGCTCTGGCCATGGGTTATAAGCCGAAGGCATATTTGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1017        GGATTTTATGTATGTGTCTCAGGATCCAAAAGATCAACTATTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128670 A...TAGGGATTTTATGTATGTGTCTCAGGATCCAAAAGATCAACTATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 CTTGG         ACCAACATATGCTACTCCAAAAGTTCTAGAAAAGGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128790 CTTGGGTA...CAGACCAACATATGCTACTCCAAAAGTTCTAGAAAAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGGATTGACCATGAATGATATTGATGCTTTTGAATTTCATGAAGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129896 AGGATTGACCATGAATGATATTGATGCTTTTGAATTTCATGAAGCTTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CG         GGTCAGATTTTGGCAAATTTTAAAGCCATGGATTCTGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129946 CGGTA...CAGGGTCAGATTTTGGCAAATTTTAAAGCCATGGATTCTGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGGTTTGCAGAAAACTACATGGGTAGAAAAACCAAG         GTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130665 TGGTTTGCAGAAAACTACATGGGTAGAAAAACCAAGGTG...CAGGTTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ATTGCCTCCTTTGGAGAAGTTTAATAACTGGGGTGGATCTCTGTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131155 ATTGCCTCCTTTGGAGAAGTTTAATAACTGGGGTGGATCTCTGTCCCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GACACCCATTTGGAGCCACTGGCTGCAGGTTGGTCATGGCTGCTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131205 GACACCCATTTGGAGCCACTGGCTGCAGGTTGGTCATGGCTGCTGCCAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AGATTACGGAAAGAAGGAGGCCAGTATGGCTTAGTGGCTGCGTGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131255 AGATTACGGAAAGAAGGAGGCCAGTATGGCTTAGTGGCTGCGTGTGCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGGAGGGCAG         GGCCATGCTATGATAGTGGAAGCTTATCCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 131305 TGGAGGGCAGGTA...CAGGGCCATGCTATGATAGTGGAAGCTTATCCAA

   1550 
   1424 AA
        ||
 135692 AA