seq1 = pF1KE4455.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE4455/gi568815587r_71335378.tfa (gi568815587r:71335378_71544952), 209575 bp

>pF1KE4455 1425
>gi568815587r:71335378_71544952 (Chr11)

(complement)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-321  (100738-100960)   99% ->
322-412  (102600-102690)   100% ->
413-626  (103513-103726)   99% ->
627-831  (105870-106074)   100% ->
832-963  (107010-107141)   100% ->
964-1425  (109114-109575)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCAAAATCGCAACCCAACATTCCCAAAGCCAAGAGTCTAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCAAAATCGCAACCCAACATTCCCAAAGCCAAGAGTCTAGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCACCAATGACAGAACCGCATCTCAAGGGCAGTGGGGCCGTGCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 CGTCACCAATGACAGAACCGCATCTCAAGGGCAGTGGGGCCGTGCCTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        GGAGGTGGACTGGTTTTCACTGGCGAGCGTCATCTTCCTACTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 A...CAGGGAGGTGGACTGGTTTTCACTGGCGAGCGTCATCTTCCTACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTTCGCCCCCTTCATCGTCTACTACTTCATCATGGCTTGTGACCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100781 CTGTTCGCCCCCTTCATCGTCTACTACTTCATCATGGCTTGTGACCAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCTGCGCCCTGACCGGCCCTGTGGTGGACATCGTCACTGGACATGCTC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100831 CAGCTGCGCCCTGACTGGCCCTGTGGTGGACATCGTCACCGGACATGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTCTCGGACATCTGGGCCAAGACTCCACCTATAACGAGGAAAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100881 GGCTCTCGGACATCTGGGCCAAGACTCCACCTATAACGAGGAAAGCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGCTCTATACCTTGTGGGTCACCTTCCAG         GTGCTTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100931 CAGCTCTATACCTTGTGGGTCACCTTCCAGGTC...CAGGTGCTTCTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACGTCTCTCCCTGACTTCTGCCATAAGTTTCTACCCGGCTACGTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102611 CACGTCTCTCCCTGACTTCTGCCATAAGTTTCTACCCGGCTACGTAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATCCAGGAGGGGGCCGTGACTCCTGCAG         GGGTTGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102661 GCATCCAGGAGGGGGCCGTGACTCCTGCAGGTA...CAGGGGTTGTGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGTATCAGATCAACGGCCTGCAAGCCTGGCTCCTCACGCACCTGCTCTG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103524 AAGTATCAGATCAATGGCCTGCAAGCCTGGCTCCTCACGCACCTGCTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTTGCAAACGCTCATCTCCTGTCCTGGTTCTCGCCCACCATCATCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103574 GTTTGCAAACGCTCATCTCCTGTCCTGGTTCTCGCCCACCATCATCTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAACTGGATCCCACTGCTGTGGTGCGCCAACATCCTTGGCTATGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103624 ACAACTGGATCCCACTGCTGTGGTGCGCCAACATCCTTGGCTATGCCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCACCTTCGCCATGGTCAAGGGCTACTTCTTCCCCACCAGCGCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103674 TCCACCTTCGCCATGGTCAAGGGCTACTTCTTCCCCACCAGCGCCAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTG         CAAATTCACAGGCAATTTCTTTTACAACTACATGATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103724 CTGGTA...AAGCAAATTCACAGGCAATTTCTTTTACAACTACATGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATCGAGTTTAACCCTCGGATCGGGAAGTGGTTTGACTTCAAGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105908 GCATCGAGTTTAACCCTCGGATCGGGAAGTGGTTTGACTTCAAGCTGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCAATGGGCGCCCCGGGATCGTCGCCTGGACCCTCATCAACCTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105958 TTCAATGGGCGCCCCGGGATCGTCGCCTGGACCCTCATCAACCTGTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGCAGCGAAGCAGCGGGAGCTCCACAGCCATGTGACCAATGCCATGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106008 CGCAGCGAAGCAGCGGGAGCTCCACAGCCATGTGACCAATGCCATGGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGTCAACGTCCTGCAG         GCCATCTACGTGATTGACTTCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106058 TGGTCAACGTCCTGCAGGTG...CAGGCCATCTACGTGATTGACTTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGAACGAAACCTGGTACCTGAAGACCATTGACATCTGCCATGACCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107034 TGGAACGAAACCTGGTACCTGAAGACCATTGACATCTGCCATGACCACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGGGTGGTACCTGGGCTGGGGCGACTGTGTCTGGCTGCCTTATCTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107084 CGGGTGGTACCTGGGCTGGGGCGACTGTGTCTGGCTGCCTTATCTTTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CGCTGCAG         GGTCTGTACTTGGTGTACCACCCCGTGCAGCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107134 CGCTGCAGGTG...CAGGGTCTGTACTTGGTGTACCACCCCGTGCAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCACCCCGCACGCCGTGGGCGTCCTGCTGCTGGGCCTGGTGGGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109147 TCCACCCCGCACGCCGTGGGCGTCCTGCTGCTGGGCCTGGTGGGCTACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATCTTCCGGGTGGCCAACCACCAGAAGGACCTGTTCCGCCGCACGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109197 CATCTTCCGGGTGGCCAACCACCAGAAGGACCTGTTCCGCCGCACGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGCGCTGCCTCATCTGGGGCAGGAAGCCCAAGGTCATCGAGTGCTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109247 GGCGCTGCCTCATCTGGGGCAGGAAGCCCAAGGTCATCGAGTGCTCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACATCCGCCGACGGGCAGAGGCACCACAGCAAGCTGCTGGTGTCGGGCTT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109297 ACATCCGCCGATGGGCAGAGGCACCACAGCAAGCTGCTGGTGTCGGGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTGGGGCGTGGCCCGCCACTTCAACTACGTCGGCGACCTGATGGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109347 CTGGGGCGTGGCCCGCCACTTCAACTACGTCGGCGACCTGATGGGCAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGCCTACTGCCTGGCCTGTGGCGGCGGCCACCTGCTGCCCTACTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109397 TGGCCTACTGCCTGGCCTGTGGCGGCGGCCACCTGCTGCCCTACTTCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATCATCTACATGGCCATCCTGCTGACCCACCGCTGCCTCCGGGACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109447 ATCATCTACATGGCCATCCTGCTGACCCACCGCTGCCTCCGGGACGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCGCTGCGCCAGCAAGTACGGCCGGGACTGGGAGCGCTACACCGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109497 CCGCTGCGCCAGCAAGTACGGCCGGGACTGGGAGCGCTACACCGCCGCAG

   1450     .    :    .    :    .
   1397 TGCCTTACCGCCTGCTGCCTGGAATCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 109547 TGCCTTACCGCCTGCTGCCTGGAATCTTC