seq1 = pF1KE4454.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KE4454/gi568815578r_34828831.tfa (gi568815578r:34828831_35051852), 223022 bp

>pF1KE4454 1422
>gi568815578r:34828831_35051852 (Chr20)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-275  (105755-105900)   100% ->
276-351  (108847-108922)   100% ->
352-491  (109226-109365)   100% ->
492-608  (110024-110140)   100% ->
609-689  (114830-114910)   100% ->
690-767  (115013-115090)   100% ->
768-834  (116211-116277)   100% ->
835-1029  (119720-119914)   100% ->
1030-1111  (120436-120517)   100% ->
1112-1301  (122263-122452)   100% ->
1302-1422  (122902-123022)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCAACTGGGGGAGCCTCTTGCAGGATAAACAGCAGCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCAACTGGGGGAGCCTCTTGCAGGATAAACAGCAGCTAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCACGGCAGGCCGTGGACCGGGCCCTGGCTGAGGGAGTATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCACGGCAGGCCGTGGACCGGGCCCTGGCTGAGGGAGTATTGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGACCTCACAGGAGCCCACTTCCTCGGAG         GTGGTGAGCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 GGACCTCACAGGAGCCCACTTCCTCGGAGGTA...CAGGTGGTGAGCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCCATTCACGCTCTTCCCCTCACTGGTCCCCAGTGCCCTGCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105767 GCCCCATTCACGCTCTTCCCCTCACTGGTCCCCAGTGCCCTGCTGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCTATGCTGTGCAGATGGACTTCAACCTGCTAGTGGATGCTGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105817 AGCCTATGCTGTGCAGATGGACTTCAACCTGCTAGTGGATGCTGTCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAACGCTGCCTTCCTGGAGCAAACTCTTTCCAG         CACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105867 AGAACGCTGCCTTCCTGGAGCAAACTCTTTCCAGGTA...CAGCACCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACAGGATGACTTTACCGCTCGTCTCTTTGACATCCACAAGCAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108854 AAACAGGATGACTTTACCGCTCGTCTCTTTGACATCCACAAGCAAGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAGAGGGCATTGCCCAG         ACTGTGTTCCTGGGCCTGAATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108904 AAAAGAGGGCATTGCCCAGGTA...CAGACTGTGTTCCTGGGCCTGAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTCAGACTACATGTTCCAGCGCAGCGCAGATGGCTCCCCAGCCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109248 GCTCAGACTACATGTTCCAGCGCAGCGCAGATGGCTCCCCAGCCCTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGATCGAAATCAACACCATCTCTGCCAGCTTTGGGGGCCTGGCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109298 CAGATCGAAATCAACACCATCTCTGCCAGCTTTGGGGGCCTGGCCTCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACCCCAGCTGTGCACCG         ACATGTTCTCAGTGTCCTGAGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109348 GACCCCAGCTGTGCACCGGTG...CAGACATGTTCTCAGTGTCCTGAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGACCAAAGAAGCTGGCAAGATCCTCTCTAATAATCCCAGCAAGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110047 AGACCAAAGAAGCTGGCAAGATCCTCTCTAATAATCCCAGCAAGGGACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCTGGGAATTGCCAAAGCCTGGGAGCTCTACGGCTCACCCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110097 GCCCTGGGAATTGCCAAAGCCTGGGAGCTCTACGGCTCACCCAAGTA...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609    TGCTCTGGTGCTACTGATTGCTCAAGAGAAGGAAAGAAACATATTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114827 CAGTGCTCTGGTGCTACTGATTGCTCAAGAGAAGGAAAGAAACATATTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCAGCGTGCCATAGAGAATGAGCTACTGGCCAG         GAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114877 ACCAGCGTGCCATAGAGAATGAGCTACTGGCCAGGTA...CAGGAACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATGTGATCCGACGAACATTTGAAGATATCTCTGAAAAGGGGTCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115020 CATGTGATCCGACGAACATTTGAAGATATCTCTGAAAAGGGGTCTCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCAAGACCGAAGGCTGTTTGT         GGATGGCCAGGAAATTGCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115070 CCAAGACCGAAGGCTGTTTGTGTA...CAGGGATGGCCAGGAAATTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGTTTACTTCCGGGATGGCTACATGCCTCGTCAGTACAGTCTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116231 TGGTTTACTTCCGGGATGGCTACATGCCTCGTCAGTACAGTCTACAGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835       AATTGGGAAGCACGTCTACTGCTGGAGAGGTCACATGCTGCCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116281 ...CAGAATTGGGAAGCACGTCTACTGCTGGAGAGGTCACATGCTGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTGCCCAGACATTGCCACCCAGCTGGCTGGGACTAAGAAGGTGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119764 GTGCCCAGACATTGCCACCCAGCTGGCTGGGACTAAGAAGGTGCAGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCTAAGCAGGCCGGGCATGCTGGAGATGTTGCTCCCTGGCCAGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119814 AGCTAAGCAGGCCGGGCATGCTGGAGATGTTGCTCCCTGGCCAGCCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTGTGGCCCGCCTCCGCGCCACCTTTGCTGGCCTCTACTCACTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119864 GCTGTGGCCCGCCTCCGCGCCACCTTTGCTGGCCTCTACTCACTGGATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 G         GGTGAAGAAGGGGACCAGGCCATCGCCGAGGCCCTTGCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119914 GGTA...CAGGGTGAAGAAGGGGACCAGGCCATCGCCGAGGCCCTTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCCCTAGCCGGTTTGTGCTAAAGCCCCAGAGAGAGGGTGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120476 CCCCTAGCCGGTTTGTGCTAAAGCCCCAGAGAGAGGGTGGAGGTA...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112  GTAACAACCTATATGGGGAGGAAATGGTACAGGCCCTGAAACAGCTGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122262 GGTAACAACCTATATGGGGAGGAAATGGTACAGGCCCTGAAACAGCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGACAGTGAGGAGAGGGCCTCCTACATCCTCATGGAGAAGATCGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122312 GGACAGTGAGGAGAGGGCCTCCTACATCCTCATGGAGAAGATCGAACCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCCTTTTGAGAATTGCCTGCTACGGCCTGGCAGCCCTGCCCGAGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122362 AGCCTTTTGAGAATTGCCTGCTACGGCCTGGCAGCCCTGCCCGAGTGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGTGCATTTCAGAGCTGGGCATCTTTGGGGTCTATGTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122412 CAGTGCATTTCAGAGCTGGGCATCTTTGGGGTCTATGTCAGGTG...TAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCAGGAAAAGACACTCGTGATGAACAAGCACGTGGGGCATCTACTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122902 GCAGGAAAAGACACTCGTGATGAACAAGCACGTGGGGCATCTACTTCGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCAAAGCCATCGAGCATGCAGATGGTGGTGTGGCAGCGGGAGTGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122952 CCAAAGCCATCGAGCATGCAGATGGTGGTGTGGCAGCGGGAGTGGCAGTC

   1500     .    :    .    :
   1402 CTGGACAACCCATACCCTGTG
        |||||||||||||||||||||
 123002 CTGGACAACCCATACCCTGTG