seq1 = pF1KE4452.tfa, 1410 bp
seq2 = pF1KE4452/gi568815596f_219318463.tfa (gi568815596f:219318463_219525987), 207525 bp

>pF1KE4452 1410
>gi568815596f:219318463_219525987 (Chr2)

1-578  (100001-100578)   99% ->
579-639  (101633-101693)   100% ->
640-735  (101789-101884)   100% ->
736-897  (102033-102194)   99% ->
898-1023  (102366-102491)   99% ->
1024-1244  (102878-103098)   99% ->
1245-1288  (105315-105358)   97% ->
1289-1371  (107201-107283)   100% ->
1372-1410  (107487-107525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAGGCCTACTCGTCCAGCCAGCGCGTGTCCTCCTACCGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCAGGCCTACTCGTCCAGCCAGCGCGTGTCCTCCTACCGCCGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGGCGGGGCCCCGGGCTTCCCGCTCGGCTCCCCGCTGAGCTCGCCCG
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
 100051 CTTCGGCGGGGCCCCGGGCTTCCCACTCGGCTCCCCGCTGAGTTCGCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCCCGCGGGCGGGTTTCGGCTCTAAGGGCTCCTCCAGCTCGGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTCCCGCGGGCGGGTTTCGGCTCTAAGGGCTCCTCCAGCTCGGTGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCGCGTGTACCAGGTGTCGCGCACGTCGGGCGGGGCCGGGGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCGCGTGTACCAGGTGTCGCGCACGTCGGGCGGGGCCGGGGGCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCGCTGCGGGCCAGCCGGCTGGGGACCACCCGCACGCCCTCCTCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCGCTGCGGGCCAGCCGGCTGGGGACCACCCGCACGCCCTCCTCCTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCAGGCGAGCTGCTGGACTTCTCACTGGCCGACGCGGTGAACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCAGGCGAGCTGCTGGACTTCTCACTGGCCGACGCGGTGAACCAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTCTGACCACGCGCACCAACGAGAAGGTGGAGCTGCAGGAGCTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTCTGACCACGCGCACCAACGAGAAGGTGGAGCTGCAGGAGCTCAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCTTCGCCAACTACATCGAGAAGGTGCGCTTCCTGGAGCAGCAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCTTCGCCAACTACATCGAGAAGGTGCGCTTCCTGGAGCAGCAGAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCGCTCGCCGCCGAAGTGAACCGGCTCAAGGGCCGCGAGCCGACGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCGCTCGCCGCCGAAGTGAACCGGCTCAAGGGCCGCGAGCCGACGCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGCCGAGCTCTACGAGGAGGAGCTGCGGGAGCTGCGGCGCCAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGCCGAGCTCTACGAGGAGGAGCTGCGGGAGCTGCGGCGCCAGGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTGCTCACTAACCAGCGCGCGCGCGTCGACGTCGAGCGCGACAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTGCTCACTAACCAGCGCGCGCGCGTCGACGTCGAGCGCGACAACCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCGACGACCTGCAGCGGCTCAAGGCCAA         GCTGCAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100551 TCGACGACCTGCAGCGGCTCAAGGCCAAGTG...CAGGCTGCAGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTCAGTTGAAGGAAGAAGCAGAGAACAATTTGGCTGCCTTCCGAGCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101646 ATTCAGTTGAAGGAAGAAGCAGAGAACAATTTGGCTGCCTTCCGAGCGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640        GACGTGGATGCAGCTACTCTAGCTCGCATTGACCTGGAGCGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101696 G...CAGGACGTGGATGCAGCTACTCTAGCTCGCATTGACCTGGAGCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAATTGAATCTCTCAACGAGGAGATCGCGTTCCTTAAGAAAGTGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101832 GAATTGAATCTCTCAACGAGGAGATCGCGTTCCTTAAGAAAGTGCATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAG         GAGATCCGTGAGTTGCAGGCTCAGCTTCAGGAACAGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 GAGGTA...CAGGAGATCCGTGAGTTGCAGGCTCAGCTTCAGGAACAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGTCCAGGTGGAGATGGACATGTCTAAGCCAGACCTCACTGCCGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102071 GGTCCAGGTGGAGATGGACATGTCTAAGCCAGACCTCACTGCCGCCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGATATCCGGGCTCAGTATGAGACCATCGCGGCTAAGAACATTTCTGAA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102121 GGGACATCCGGGCTCAGTATGAGACCATCGCGGCTAAGAACATTTCTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCTGAGGAGTGGTACAAGTCGAAG         GTGTCAGACCTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102171 GCTGAGGAGTGGTACAAGTCGAAGGTG...TAGGTGTCAGACCTGACCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGCAGCCAACAAGAACAACGACGCCCTGCGCCAGGCCAAGCAGGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102383 GGCAGCCAACAAGAACAACGACGCCCTGCGCCAGGCCAAGCAGGAGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGGAATACCGACACCAGATCCAGTCCTACACCTGCGAGATTGACGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 102433 TGGAATACCGACACCAGATCCAGTCCTACACCTGCGAGATTGACGCCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGGGCACT         AACGATTCCCTGATGAGGCAGATGCGGGAATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 AAGGGCACTGTG...CAGAACGATTCCCTGATGAGGCAGATGCGGGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGAGGACCGATTTGCCAGTGAGGCCAGTGGCTACCAGGACAACATTGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 102910 GGAGGACCGATTTGCCAGTGAGGCCAGTGGCTACCAGGACAACATTGCGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCCTGGAGGAGGAAATCCGGCACCTCAAGGATGAGATGGCCCGCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102960 GCCTGGAGGAGGAAATCCGGCACCTCAAGGATGAGATGGCCCGCCATCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGCGAGTACCAGGACCTGCTCAACGTGAAGATGGCCCTGGATGTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103010 CGCGAGTACCAGGACCTGCTCAACGTGAAGATGGCCCTGGATGTGGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGCCACCTACCGGAAGCTGCTGGAGGGAGAGGAGAGCCG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103060 TGCCACCTACCGGAAGCTGCTGGAGGGAGAGGAGAGCCGGTG...TAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCAATCTCCCCATCCAGACCTACTCTGCCCTCAATTTCCGAG        
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||>>>...>>
 105317 TCAATCTCCCCATCCAGACCTACTCTGCCCTCAACTTCCGAGGTG...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289  AAACCAGCCCTGAGCAAAGGGGTTCTGAGGTCCATACCAAGAAGACGGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107200 GAAACCAGCCCTGAGCAAAGGGGTTCTGAGGTCCATACCAAGAAGACGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GATGATCAAGACCATCGAGACACGGGATGGGGAG         GTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107250 GATGATCAAGACCATCGAGACACGGGATGGGGAGGTA...CAGGTCGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :
   1379 GTGAGGCCACACAGCAGCAGCATGAAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107494 GTGAGGCCACACAGCAGCAGCATGAAGTGCTC