seq1 = pF1KE4451.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KE4451/gi568815583f_78465720.tfa (gi568815583f:78465720_78693250), 227531 bp

>pF1KE4451 1404
>gi568815583f:78465720_78693250 (Chr15)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-258  (115092-115243)   100% ->
259-303  (120926-120970)   100% ->
304-413  (122595-122704)   100% ->
414-1245  (124086-124917)   100% ->
1246-1404  (127373-127531)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCGGGGGTCAGGGCCCCGCGCGCTCCGCCTGCTGCTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCGGGGGTCAGGGCCCCGCGCGCTCCGCCTGCTGCTCTTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCTGGTCGCGGGGCGCTGCGGTCTAGCGGGCGCGGCGGGCGGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCTGGTCGCGGGGCGCTGCGGTCTAGCGGGCGCGGCGGGCGGCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGAG         GATTATCTGAACCTTCTTCTATTGCAAAACATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGAGGTA...CAGGATTATCTGAACCTTCTTCTATTGCAAAACATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAGTTTGCTTAAGGATTTATTTCAAGACTACGAAAGATGGGTTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115127 GATAGTTTGCTTAAGGATTTATTTCAAGACTACGAAAGATGGGTTCGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGAACACCTGAATGACAAAATAAAAATAAAATTTGGACTTGCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115177 TGTGGAACACCTGAATGACAAAATAAAAATAAAATTTGGACTTGCAATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCAATTGGTGGATGTG         GATGAGAAAAATCAGTTAATGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115227 CTCAATTGGTGGATGTGGTA...AAGGATGAGAAAAATCAGTTAATGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAAACGTCTGGTTGAAACAG         GAATGGATAGATGTAAAATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120950 ACAAACGTCTGGTTGAAACAGGTA...AAGGAATGGATAGATGTAAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAGATGGAACCCTGATGACTATGGTGGAATAAAAGTTATACGTGTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122615 AAGATGGAACCCTGATGACTATGGTGGAATAAAAGTTATACGTGTTCCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGACTCTGTCTGGACACCAGACATCGTTTTGTTTGATAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122665 CAGACTCTGTCTGGACACCAGACATCGTTTTGTTTGATAAGTA...TAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGATGGACGTTTTGAAGGGACCAGTACGAAAACAGTCATCAGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124087 GCAGATGGACGTTTTGAAGGGACCAGTACGAAAACAGTCATCAGGTACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGCACTGTCACCTGGACTCCACCGGCAAACTACAAAAGTTCCTGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124137 TGGCACTGTCACCTGGACTCCACCGGCAAACTACAAAAGTTCCTGTACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAGATGTCACGTTTTTCCCATTTGACCTTCAGAACTGTTCCATGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124187 TAGATGTCACGTTTTTCCCATTTGACCTTCAGAACTGTTCCATGAAATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTTCTTGGACTTATGATGGATCACAGGTTGATATAATTCTAGAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124237 GGTTCTTGGACTTATGATGGATCACAGGTTGATATAATTCTAGAGGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGTAGACAAGAGAGATTTTTTTGATAATGGAGAATGGGAGATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124287 AGATGTAGACAAGAGAGATTTTTTTGATAATGGAGAATGGGAGATTGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGCAACAGGGAGCAAAGGAAACAGAACCGACAGCTGTTGCTGGTATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124337 GTGCAACAGGGAGCAAAGGAAACAGAACCGACAGCTGTTGCTGGTATCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATGTCACTTACTCATTTGTAATCAAGCGCCTGCCTCTCTTTTATACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124387 TATGTCACTTACTCATTTGTAATCAAGCGCCTGCCTCTCTTTTATACCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTCCTTATAATACCCTGTATTGGGCTCTCATTTTTAACTGTACTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124437 GTTCCTTATAATACCCTGTATTGGGCTCTCATTTTTAACTGTACTTGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTATCTTCCTTCAAATGAAGGTGAAAAGATTTGTCTCTGCACTTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124487 TCTATCTTCCTTCAAATGAAGGTGAAAAGATTTGTCTCTGCACTTCAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTGTGTCTTTGACTGTCTTCCTTCTGGTTATTGAAGAGATCATACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124537 CTTGTGTCTTTGACTGTCTTCCTTCTGGTTATTGAAGAGATCATACCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATCTTCAAAAGTCATACCTCTAATTGGAGAGTATCTGGTATTTACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124587 ATCTTCAAAAGTCATACCTCTAATTGGAGAGTATCTGGTATTTACCATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTTTTGTGACACTGTCAATTATGGTAACCGTCTTCGCTATCAACATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124637 TTTTTGTGACACTGTCAATTATGGTAACCGTCTTCGCTATCAACATTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CATCGTTCTTCCTCAACACATAATGCCATGGCGCCTTTGGTCCGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124687 CATCGTTCTTCCTCAACACATAATGCCATGGCGCCTTTGGTCCGCAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ATTTCTTCACACGCTTCCCAAACTGCTTTGCATGAGAAGTCATGTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124737 ATTTCTTCACACGCTTCCCAAACTGCTTTGCATGAGAAGTCATGTAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GGTACTTCACTCAGAAAGAGGAAACTGAGAGTGGTAGTGGACCAAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124787 GGTACTTCACTCAGAAAGAGGAAACTGAGAGTGGTAGTGGACCAAAATCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCTAGAAACACATTGGAAGCTGCGCTCGATTCTATTCGCTACATTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124837 TCTAGAAACACATTGGAAGCTGCGCTCGATTCTATTCGCTACATTACAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ACACATCATGAAGGAAAATGATGTCCGTGAG         GTTGTTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124887 ACACATCATGAAGGAAAATGATGTCCGTGAGGTC...CAGGTTGTTGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ATTGGAAATTCATAGCCCAGGTTCTTGATCGGATGTTTCTGTGGACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127383 ATTGGAAATTCATAGCCCAGGTTCTTGATCGGATGTTTCTGTGGACTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTTTTCGTTTCAATTGTTGGATCTCTTGGGCTTTTTGTTCCTGTTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127433 CTTTTCGTTTCAATTGTTGGATCTCTTGGGCTTTTTGTTCCTGTTATTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1356 TAAATGGGCAAATATATTAATACCAGTTCATATTGGAAATGCAAATAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127483 TAAATGGGCAAATATATTAATACCAGTTCATATTGGAAATGCAAATAAG