seq1 = pF1KE4447.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KE4447/gi568815583f_26769249.tfa (gi568815583f:26769249_27048230), 278982 bp

>pF1KE4447 1386
>gi568815583f:26769249_27048230 (Chr15)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-208  (111598-111719)   100% ->
209-276  (113918-113985)   100% ->
277-497  (114089-114309)   100% ->
498-580  (145555-145637)   100% ->
581-724  (167937-168080)   99% ->
725-877  (170677-170829)   100% ->
878-1089  (173967-174178)   100% ->
1090-1386  (178686-178982)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAATGGAATGTTCTCTGGTTTTATCATGATCAAAAACCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAATGGAATGTTCTCTGGTTTTATCATGATCAAAAACCTCCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTTGTATTTCCATGAACTTATCCAGTCACTTTGG         CTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 CTTTTGTATTTCCATGAACTTATCCAGTCACTTTGGGTA...AAGCTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAGATGCCAACCAGTTCAGTGAAAGATGAGACCAATGACAACATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111603 CACAGATGCCAACCAGTTCAGTGAAAGATGAGACCAATGACAACATCACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATATTTACCAGGATCTTGGATGGGCTCTTGGATGGCTACGACAACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111653 ATATTTACCAGGATCTTGGATGGGCTCTTGGATGGCTACGACAACAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGGCCCGGGCTGGGAG         AGCGCATCACTCAGGTGAGGACCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111703 TCGGCCCGGGCTGGGAGGTG...CAGAGCGCATCACTCAGGTGAGGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATCTACGTCACCAGCTTCGGCCCGGTGTCCGACACGGAAATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113942 ACATCTACGTCACCAGCTTCGGCCCGGTGTCCGACACGGAAATGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    GAGTACACCATAGACGTGTTTTTCCGACAAAGCTGGAAAGATGAAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114086 TAGGAGTACACCATAGACGTGTTTTTCCGACAAAGCTGGAAAGATGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTTCGGTTTAAGGGGCCCATGCAGCGCCTCCCTCTCAACAACCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114136 GCTTCGGTTTAAGGGGCCCATGCAGCGCCTCCCTCTCAACAACCTCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGCAAGATCTGGACCCCAGACACGTTCTTCCACAACGGGAAGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114186 CCAGCAAGATCTGGACCCCAGACACGTTCTTCCACAACGGGAAGAAGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCGCTCACAACATGACCACGCCCAACAAGCTGCTGCGGCTGGAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114236 ATCGCTCACAACATGACCACGCCCAACAAGCTGCTGCGGCTGGAGGACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGCACCCTGCTCTACACCATGCG         CTTGACCATCTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114286 CGGCACCCTGCTCTACACCATGCGGTG...CAGCTTGACCATCTCTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTGCCCCATGCAGCTTGAGGACTTCCCGATGGATGCGCACGCTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145572 AGTGCCCCATGCAGCTTGAGGACTTCCCGATGGATGCGCACGCTTGCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAAATTTGGCAGCT         ATGCGTACCCTAATTCTGAAGTCGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 145622 CTGAAATTTGGCAGCTGTA...CAGATGCGTACCCTAATTCTGAAGTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTACGTCTGGACCAACGGCTCCACCAAGTCGGTGGTGGTGGCGGAAGATG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167962 TTACGTCTGGACCAACGGCTCCACCAAGTCGGTGGTGGTGGCGGAAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTCCAGACTGAACCAGTACCACCTGATGGGGCAGACGGTGGGCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168012 GCTCCAGACTGAACCAGTACCACCTGATGGGGCAGACGGTGGGCACTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACATCAGCACCAGCACAG         GCGAATACACAATCATGACAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 168062 AACATCAGCACCAGCACAGGTG...CAGGCGAATACACAATCATGACAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCACTTCCACCTGAAAAGGAAGATTGGCTACTTTGTCATCCAGACCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170699 TCACTTCCACCTGAAAAGGAAGATTGGCTACTTTGTCATCCAGACCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCCTGCATAATGACCGTGATCTTATCACAGGTGTCCTTTTGGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170749 TTCCCTGCATAATGACCGTGATCTTATCACAGGTGTCCTTTTGGCTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGGGAATCAGTCCCAGCCAGGACAGTTTTTG         GGGTCACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 170799 CGGGAATCAGTCCCAGCCAGGACAGTTTTTGGTG...CAGGGGTCACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTGCTGACCATGACGACCCTCAGCATCAGCGCCAGGAACTCTCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173977 GGTGCTGACCATGACGACCCTCAGCATCAGCGCCAGGAACTCTCTGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGTGGCCTACGCCACCGCCATGGACTGGTTCATAGCCGTGTGCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174027 AAGTGGCCTACGCCACCGCCATGGACTGGTTCATAGCCGTGTGCTATGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTCGTCTTCTCGGCGCTGATAGAGTTTGCCACGGTCAATTACTTTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174077 TTCGTCTTCTCGGCGCTGATAGAGTTTGCCACGGTCAATTACTTTACCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGAGGCTGGGCCTGGGATGGCAAAAAAGCCTTGGAAGCAGCCAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174127 GAGAGGCTGGGCCTGGGATGGCAAAAAAGCCTTGGAAGCAGCCAAGATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AG         AAAAAGCGTGAAGTCATACTAAATAAGTCAACAAACGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174177 AGGTA...CAGAAAAAGCGTGAAGTCATACTAAATAAGTCAACAAACGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTACAACTGGGAAGATGTCTCACCCCCCAAACATTCCGAAGGAACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178725 TTTACAACTGGGAAGATGTCTCACCCCCCAAACATTCCGAAGGAACAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCAGCAGGGACGTCGAATACAACCTCAGTCTCAGTAAAACCCTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178775 CCCAGCAGGGACGTCGAATACAACCTCAGTCTCAGTAAAACCCTCTGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAAGACTTCTGAAAGCAAAAAGACTTACAACAGTATCAGCAAAATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178825 AGAAGACTTCTGAAAGCAAAAAGACTTACAACAGTATCAGCAAAATTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAAATGTCCCGAATCGTATTCCCAGTCTTGTTCGGCACTTTCAACTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178875 AAAATGTCCCGAATCGTATTCCCAGTCTTGTTCGGCACTTTCAACTTAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTACTGGGCAACGTATTTGAATAGGGAGCCGGTGATAAAAGGAGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178925 TTACTGGGCAACGTATTTGAATAGGGAGCCGGTGATAAAAGGAGCCGCCT

   1450     .
   1379 CTCCAAAA
        ||||||||
 178975 CTCCAAAA