seq1 = pF1KE4446.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KE4446/gi568815596r_10340727.tfa (gi568815596r:10340727_10545032), 204306 bp

>pF1KE4446 1383
>gi568815596r:10340727_10545032 (Chr2)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-276  (100386-100559)   100% ->
277-449  (100766-100938)   100% ->
450-584  (101197-101331)   100% ->
585-666  (101462-101543)   100% ->
667-750  (101720-101803)   100% ->
751-913  (102859-103021)   100% ->
914-1026  (103104-103216)   100% ->
1027-1241  (103310-103524)   100% ->
1242-1383  (104165-104306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAACTTTGGTAATGAAGAGTTTGACTGCCACTTCCTCGATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAACTTTGGTAATGAAGAGTTTGACTGCCACTTCCTCGATGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTTACTGCCAAGGACATTCTGGACCAGAAAATTAATGAAGTTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTTACTGCCAAGGACATTCTGGACCAGAAAATTAATGAAGTTTCTTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CT         GATGATAAGGATGCCTTCTATGTGGCAGACCTGGGAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTA...CAGGATGATAAGGATGCCTTCTATGTGGCAGACCTGGGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCTAAAGAAACATCTGAGGTGGTTAAAAGCTCTCCCTCGTGTCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100425 ATTCTAAAGAAACATCTGAGGTGGTTAAAAGCTCTCCCTCGTGTCACCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTTATGCAGTCAAATGTAATGATAGCAAAGCCATCGTGAAGACCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100475 CTTTTATGCAGTCAAATGTAATGATAGCAAAGCCATCGTGAAGACCCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCTACCGGGACAGGATTTGACTGTGCTAGCAAG         ACTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100525 CTGCTACCGGGACAGGATTTGACTGTGCTAGCAAGGTA...CAGACTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATACAGTTGGTGCAGAGTCTGGGGGTGCCTCCAGAGAGGATTATCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100772 ATACAGTTGGTGCAGAGTCTGGGGGTGCCTCCAGAGAGGATTATCTATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAATCCTTGTAAACAAGTATCTCAAATTAAGTATGCTGCTAATAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100822 AAATCCTTGTAAACAAGTATCTCAAATTAAGTATGCTGCTAATAATGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGATGATGACTTTTGATAGTGAAGTTGAGTTGATGAAAGTTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 TCCAGATGATGACTTTTGATAGTGAAGTTGAGTTGATGAAAGTTGCCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCACATCCCAAAGCAAA         GTTGGTTTTGCGGATTGCCACTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100922 GCACATCCCAAAGCAAAGTG...TAGGTTGGTTTTGCGGATTGCCACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATTCCAAAGCAGTCTGTCGTCTCAGTGTGAAATTCGGTGCCACGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101221 TGATTCCAAAGCAGTCTGTCGTCTCAGTGTGAAATTCGGTGCCACGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAACCAGCAGGCTCCTTTTGGAACGGGCGAAAGAGCTAAATATCGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101271 GAACCAGCAGGCTCCTTTTGGAACGGGCGAAAGAGCTAAATATCGATGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTGGTGTCAG         CTTCCATGTAGGAAGCGGCTGTACCGATCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 GTTGGTGTCAGGTG...CAGCTTCCATGTAGGAAGCGGCTGTACCGATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGACCTTCGTGCAGGCAATCTCTGATGCCCGCTGTGTTTTTGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101492 TGAGACCTTCGTGCAGGCAATCTCTGATGCCCGCTGTGTTTTTGACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GG         GCTGAGGTTGGTTTCAGCATGTATCTGCTTGATATTGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101542 GGGTG...TAGGCTGAGGTTGGTTTCAGCATGTATCTGCTTGATATTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTGGCTTTCCTGGATCTGAGGATGTGAAACTTAAATTTGAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101759 GGTGGCTTTCCTGGATCTGAGGATGTGAAACTTAAATTTGAAGAGGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     ATCACCGGCGTAATCAACCCAGCGTTGGACAAATACTTTCCGTCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101809 .TAGATCACCGGCGTAATCAACCCAGCGTTGGACAAATACTTTCCGTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTCTGGAGTGAGAATCATAGCTGAGCCCGGCAGATACTATGTTGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102905 ACTCTGGAGTGAGAATCATAGCTGAGCCCGGCAGATACTATGTTGCATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTTTCACGCTTGCAGTTAATATCATTGCCAAGAAAATTGTATTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102955 GCTTTCACGCTTGCAGTTAATATCATTGCCAAGAAAATTGTATTAAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACAGACGGGCTCTGATG         ACGAAGATGAGTCGAGTGAGCAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103005 ACAGACGGGCTCTGATGGTA...TAGACGAAGATGAGTCGAGTGAGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTTTATGTATTATGTGAATGATGGCGTCTATGGATCATTTAATTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 CCTTTATGTATTATGTGAATGATGGCGTCTATGGATCATTTAATTGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCTATGACCACGCACATGTAAAGCCCCTTCTGCAAAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103178 CTCTATGACCACGCACATGTAAAGCCCCTTCTGCAAAAGGTA...TAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACCTAAACCAGATGAGAAGTATTATTCATCCAGCATATGGGGACCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103312 ACCTAAACCAGATGAGAAGTATTATTCATCCAGCATATGGGGACCAACAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTGATGGCCTCGATCGGATTGTTGAGCGCTGTGACCTGCCTGAAATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103362 GTGATGGCCTCGATCGGATTGTTGAGCGCTGTGACCTGCCTGAAATGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGGTGATTGGATGCTCTTTGAAAACATGGGCGCTTACACTGTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 GTGGGTGATTGGATGCTCTTTGAAAACATGGGCGCTTACACTGTTGCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCCTCTACGTTCAATGGCTTCCAGAGGCCGACGATCTACTATGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 TGCCTCTACGTTCAATGGCTTCCAGAGGCCGACGATCTACTATGTGATGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAGGGCCTGCGTG         GCAACTCATGCAGCAATTCCAGAACCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103512 CAGGGCCTGCGTGGTA...CAGGCAACTCATGCAGCAATTCCAGAACCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACTTCCCACCCGAAGTAGAGGAACAGGATGCCAGCACCCTGCCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104193 GACTTCCCACCCGAAGTAGAGGAACAGGATGCCAGCACCCTGCCTGTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTGTGCCTGGGAGAGTGGGATGAAACGCCACAGAGCAGCCTGTGCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104243 TTGTGCCTGGGAGAGTGGGATGAAACGCCACAGAGCAGCCTGTGCTTCGG

   1450     .    :
   1370 CTAGTATTAATGTG
        ||||||||||||||
 104293 CTAGTATTAATGTG