seq1 = pF1KE4444.tfa, 1380 bp
seq2 = pF1KE4444/gi568815593r_33847151.tfa (gi568815593r:33847151_34084583), 237433 bp

>pF1KE4444 1380
>gi568815593r:33847151_34084583 (Chr5)

(complement)

1-385  (100001-100385)   100% ->
386-562  (102172-102348)   100% ->
563-888  (120568-120893)   100% ->
889-1032  (130080-130223)   99% ->
1033-1156  (132907-133030)   99% ->
1157-1380  (137210-137433)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTAGCAACAGTGGGCAGGCTGGCCGCCACATCTATAAATCCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTAGCAACAGTGGGCAGGCTGGCCGCCACATCTATAAATCCCTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGATGGCCCCTTTGACTCTGTGGAGCCGCCTAAAAGACCCACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATGATGGCCCCTTTGACTCTGTGGAGCCGCCTAAAAGACCCACCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTCATCATGCACAGCATGGCCATGTTCGGAAGAGAGTTCTGCTACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACTCATCATGCACAGCATGGCCATGTTCGGAAGAGAGTTCTGCTACGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGAGGCAGCGTATGTGACCCCAGTCCTGCTCAGCGTAGGTCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGAGGCAGCGTATGTGACCCCAGTCCTGCTCAGCGTAGGTCTGCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTGTACAGCATTGTGTGGTTCCTCAGCCCCATCCTGGGATTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTGTACAGCATTGTGTGGTTCCTCAGCCCCATCCTGGGATTCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGCCCGTGGTCGGATCGGCCAGCGACCACTGCCGGTCCAGGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAGCCCGTGGTCGGATCGGCCAGCGACCACTGCCGGTCCAGGTGGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCGGAGACCCTACATCCTCACCCTGGGAGTCATGATGCTCGTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCGGAGACCCTACATCCTCACCCTGGGAGTCATGATGCTCGTGGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTCTGTACCTCAATGGGGCTACTGTTGTAGCAG         CTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100351 GGCTCTGTACCTCAATGGGGCTACTGTTGTAGCAGGTA...TAGCTTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGCTAACCCAAGGAGGAAGCTGGTTTGGGCCATAAGTGTCACCATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102178 TTGCTAACCCAAGGAGGAAGCTGGTTTGGGCCATAAGTGTCACCATGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGTGTCGTTCTCTTTGATTTTGCTGCCGACTTCATTGATGGGCCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102228 GGTGTCGTTCTCTTTGATTTTGCTGCCGACTTCATTGATGGGCCCATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCCTACTTATTTGATGTCTGCTCCCATCAGGACAAGGAGAAGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102278 AGCCTACTTATTTGATGTCTGCTCCCATCAGGACAAGGAGAAGGGCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTACCATGCCCTCTTCACAG         GTTTTGGAGGTGCCCTGGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102328 ACTACCATGCCCTCTTCACAGGTA...CAGGTTTTGGAGGTGCCCTGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACCTTTTGGGTGCTATAGACTGGGCCCATCTGGAGCTGGGAAGACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120588 TACCTTTTGGGTGCTATAGACTGGGCCCATCTGGAGCTGGGAAGACTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGGTACAGAATTCCAGGTCATGTTCTTCTTCTCTGCATTGGTGCTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120638 GGGTACAGAATTCCAGGTCATGTTCTTCTTCTCTGCATTGGTGCTCACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGTGTTTTACTGTTCATCTGTGCAGTATCTCTGAAGCCCCACTTACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120688 TGTGTTTTACTGTTCATCTGTGCAGTATCTCTGAAGCCCCACTTACAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTTGCAAAGGGCATTCCCCCACAGCAAACCCCTCAGGACCCTCCATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120738 GTTGCAAAGGGCATTCCCCCACAGCAAACCCCTCAGGACCCTCCATTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATCAGATGGAATGTACGAGTATGGTTCTATCGAGAAAGTTAAAAATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120788 ATCAGATGGAATGTACGAGTATGGTTCTATCGAGAAAGTTAAAAATGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACGTAAATCCAGAGCTGGCAATGCAGGGAGCAAAAAACAAAAATCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120838 ACGTAAATCCAGAGCTGGCAATGCAGGGAGCAAAAAACAAAAATCATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAACAG         ACTCGCAGGGCAATGACATTAAAGTCACTGCTGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120888 GAACAGGTA...CAGACTCGCAGGGCAATGACATTAAAGTCACTGCTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGCACTGGTGAACATGCCTCCTCACTACCGCTACCTTTGCATCAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130115 AGCACTGGTGAACATGCCTCCTCACTACCGCTACCTTTGCATCAGCCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCATTGGATGGACGGCCTTCCTGTCCAACATGCTGTTCTTCACAGATTTC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130165 TCATTGGATGGACAGCCTTCCTGTCCAACATGCTGTTCTTCACAGATTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATGGGCCAG         ATTGTGTACCGCGGGGATCCCTATAGTGCACA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130215 ATGGGCCAGGTA...CAGATTGTGTACCGCGGGGATCCCTATAGTGCACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAACTCCACAGAGTTTCTCATCTACGAAAGAGGAGTCGAGGTTGGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132939 CAACTCCACAGAGTTTCTCATCTACGAAAGAGGAGTCGAGGTTGGATGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GGGGCTTCTGCATCAACTCCGTGTTTTCCTCACTTTATTCTT        
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132989 GGGGCTTGTGCATCAACTCCGTGTTTTCCTCACTTTATTCTTGTA...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1157  ACTTTCAGAAAGTTTTGGTATCCTACATTGGATTAAAGGGTCTTTACTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137209 GACTTTCAGAAAGTTTTGGTATCCTACATTGGATTAAAGGGTCTTTACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CACGGGATATTTGCTGTTTGGCCTGGGGACGGGATTTATTGGGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137259 CACGGGATATTTGCTGTTTGGCCTGGGGACGGGATTTATTGGGCTCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CGAATGTCTACTCCACCCTGGTCCTGTGCAGCCTGTTTGGTGTAATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137309 CGAATGTCTACTCCACCCTGGTCCTGTGCAGCCTGTTTGGTGTAATGTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AGCACCCTGTACACTGTGCCCTTTAACCTCATTACTGAGTACCACCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137359 AGCACCCTGTACACTGTGCCCTTTAACCTCATTACTGAGTACCACCGCGA

   1400     .    :    .    :    .
   1356 GGAAGAAAAGGAGGTGTGCTGTCAT
        |||||||||||||||||||||||||
 137409 GGAAGAAAAGGAGGTGTGCTGTCAT