seq1 = pF1KE4443.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KE4443/gi568815581r_58420429.tfa (gi568815581r:58420429_58626979), 206551 bp

>pF1KE4443 1377
>gi568815581r:58420429_58626979 (Chr17)

(complement)

1-300  (100000-100298)   99% ->
301-394  (100667-100760)   100% ->
395-481  (101199-101285)   100% ->
482-605  (101779-101902)   100% ->
606-740  (104879-105013)   99% ->
741-858  (105127-105244)   100% ->
859-960  (105334-105435)   100% ->
961-1057  (105630-105726)   100% ->
1058-1220  (105820-105982)   98% ->
1221-1320  (106138-106237)   100% ->
1321-1377  (106495-106551)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAAGCGTTTCCTGGAGGACACCACGGATGATGGAGAACTGAGCAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GATCAAGCGTTTCCTGGAGGACACCACGGATGATGGAGAACTGAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCGTGAAGGATTTCTCAGGAAATGCGAGCTGCCACCCACCAGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTTCGTGAAGGATTTCTCAGGAAATGCGAGCTGCCACCCACCAGAGGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACCTGGGCATCCAGGCCCCAAGTCCCGGAGCCAAGGCCCCAGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AGACCTGGGCATCCAGGCCCCAAGTCCCGGAGCCAAGGCCCCAGGCCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTCTATGATGATGACCTGGAGTTCAGACCCCCCTCGCGGCCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GACCTCTATGATGATGACCTGGAGTTCAGACCCCCCTCGCGGCCCCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCTGACAACCAGCAGTACTTCTGTGCCCCAGCCCCTCTCAGCCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CTCTGACAACCAGCAGTACTTCTGTGCCCCAGCCCCTCTCAGCCCATCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGGCCCCGCAGCCCATGGGGCAAGCTTGATCCCTATGATTCCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 CCAGGCCCCGCAGCCCATGGGGCAAGCTTGATCCCTATGATTCCTCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301          GATGACAAGGAGTATGTGGGCTTTGCAACCCTCCCCAACCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 GTA...TAGGATGACAAGGAGTATGTGGGCTTTGCAACCCTCCCCAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTCCACCGAAAGTCCGTGAAGAAAGGCTTTGACTTTACCCTCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100708 AGTCCACCGAAAGTCCGTGAAGAAAGGCTTTGACTTTACCCTCATGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAG         GAGAGTCTGGCCTGGGCAAATCCACACTTGTCAATAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 CAGGTA...CAGGAGAGTCTGGCCTGGGCAAATCCACACTTGTCAATAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCTTCCTCACTGATCTGTACCGGGACCGGAAACTTCTTGGTGCTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101237 CTCTTCCTCACTGATCTGTACCGGGACCGGAAACTTCTTGGTGCTGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         AGAGGATCATGCAAACTGTGGAGATCACTAAGCATGCAGTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101287 TA...CAGAGAGGATCATGCAAACTGTGGAGATCACTAAGCATGCAGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACATAGAAGAGAAGGGTGTGAGGCTGCGGCTCACCATTGTGGACACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101821 ACATAGAAGAGAAGGGTGTGAGGCTGCGGCTCACCATTGTGGACACACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTTTTGGGGATGCAGTCAACAACACAGAGTG         CTGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101871 GGTTTTGGGGATGCAGTCAACAACACAGAGTGGTA...CAGCTGGAAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGGCAGAATACATTGATCAGCAGTTTGAGCAGTATTTCCGAGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104888 TGTGGCAGAATACATTGATCAGCAGTTTGAGCAGTATTTCCGAGACGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGGCCTGAACCGAAAGAACATCCAAGACAACAGGGTGCACTGCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104938 GTGGCCTGAACCGAAAGAACATCCAAGACAACAGGGTGCACTGCTGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TACTTCATCTCACCATTCGGCCATGG         GCTCCGGCCATTGGA
        |||||||||||||| |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104988 TACTTCATCTCACCCTTCGGCCATGGGTA...CAGGCTCCGGCCATTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTTGAATTCATGAAGGCCCTGCATCAGCGGGTCAACATCGTGCCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105142 TGTTGAATTCATGAAGGCCCTGCATCAGCGGGTCAACATCGTGCCTATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGCTAAGGCAGACACACTGACACCTCCCGAAGTGGACCACAAGAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105192 TGGCTAAGGCAGACACACTGACACCTCCCGAAGTGGACCACAAGAAACGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAA         ATCCGGGAGGAGATTGAGCATTTTGGAATCAAGATCTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105242 AAAGTG...CAGATCCGGGAGGAGATTGAGCATTTTGGAATCAAGATCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCAATTCCCAGACTGTGACTCTGATGAGGATGAGGACTTCAAATTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105372 TCAATTCCCAGACTGTGACTCTGATGAGGATGAGGACTTCAAATTGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCAAGCCCTAAAG         GAAAGCATCCCATTTGCAGTAATTGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105422 ACCAAGCCCTAAAGGTG...CAGGAAAGCATCCCATTTGCAGTAATTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCAACACTGTAGTAGAGGCCAGAGGGCGGCGAGTTCGGGGTCGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105657 AGCAACACTGTAGTAGAGGCCAGAGGGCGGCGAGTTCGGGGTCGACTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCCTGGGGCATCGTGGAAG         TGGAAAACCCAGGGCACTGCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105707 CCCCTGGGGCATCGTGGAAGGTA...CAGTGGAAAACCCAGGGCACTGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATTTTGTGAAGCTGAGGACAATGCTGGTACGTACCCACATGCAGGACCTG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105841 ACTTTGTGAAGCTGAGGACAATGCTGGTACGTACCCACATGCAGGACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGGATGTGACGCGGGAGACACATTATGAGAACTACCGGGCACAGTGCAT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105891 AAGGATGTGACACGGGAGACACATTATGAGAACTACCGGGCACAGTGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAGAGCATGACCCGCCTGGTGGTGAAGGAACGGAATCGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105941 CCAGAGCATGACCCGCCTGGTGGTGAAGGAACGGAATCGCAAGTA...TA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1221  CAAACTGACTCGGGAAAGTGGTACCGACTTCCCCATCCCTGCTGTCCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106137 GCAAACTGACTCGGGAAAGTGGTACCGACTTCCCCATCCCTGCTGTCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCAGGGACAGATCCAGAAACTGAGAAGCTTATCCGAGAGAAAGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106187 CCAGGGACAGATCCAGAAACTGAGAAGCTTATCCGAGAGAAAGATGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 G         CTGCGGCGGATGCAGGAGATGCTACACAAAATACAAAAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106237 GGTG...CAGCTGCGGCGGATGCAGGAGATGCTACACAAAATACAAAAAC

   1450     .    :    .
   1361 AGATGAAGGAGAACTAT
        |||||||||||||||||
 106535 AGATGAAGGAGAACTAT