seq1 = pF1KE4442.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KE4442/gi568815589f_35573960.tfa (gi568815589f:35573960_35781022), 207063 bp

>pF1KE4442 1377
>gi568815589f:35573960_35781022 (Chr9)

1-403  (100001-100403)   99% ->
404-433  (101579-101608)   100% ->
434-604  (101802-101972)   100% ->
605-747  (102105-102247)   100% ->
748-840  (102338-102430)   100% ->
841-907  (103831-103897)   100% ->
908-1065  (105226-105383)   100% ->
1066-1210  (105895-106039)   100% ->
1211-1237  (106154-106180)   100% ->
1238-1319  (106794-106875)   100% ->
1320-1377  (107006-107063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCCTGTGCCCCAGCCCCTGGCTCCCTCTGTTGATCCCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCCCTGTGCCCCAGCCCCTGGCTCCCTCTGTTGATCCCGGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTCCAGGCCTCACTGTGCAACTGCTGCTGTCACTGCTGCTTCTGATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100051 TGCTCCAGGCCTCACTGTGCAACTGCTGCTGTCACTGCTGCTTCTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTCCATCCCCAGAGGTTGCCCCGGATGCAGGAGGATTCCCCCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTCCATCCCCAGAGGTTGCCCCGGATGCAGGAGGATTCCCCCTTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAGGCTCTTCTGGGGAAGATGACCCACTGGGCGAGGAGGATCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAGGCTCTTCTGGGGAAGATGACCCACTGGGCGAGGAGGATCTGCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAGAGGATTCACCCAGAGAGGAGGATCCACCCGGAGAGGAGGATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAGAGGATTCACCCAGAGAGGAGGATCCACCCGGAGAGGAGGATCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGGAGAGGAGGATCTACCTGGAGAGGAGGATCTACCTGAAGTTAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGGAGAGGAGGATCTACCTGGAGAGGAGGATCTACCTGAAGTTAAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAATCAGAAGAAGAGGGCTCCCTGAAGTTAGAGGATCTACCTACTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAATCAGAAGAAGAGGGCTCCCTGAAGTTAGAGGATCTACCTACTGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTCCTGGAGATCCTCAAGAACCCCAGAATAATGCCCACAGGGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCTCCTGGAGATCCTCAAGAACCCCAGAATAATGCCCACAGGGACAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAG         GGGATGACCAGAGTCATTGGCGCTATGGAG        
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100401 AAGGTA...CAGGGGATGACCAGAGTCATTGGCGCTATGGAGGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    434  GCGACCCGCCCTGGCCCCGGGTGTCCCCAGCCTGCGCGGGCCGCTTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GGCGACCCGCCCTGGCCCCGGGTGTCCCCAGCCTGCGCGGGCCGCTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCCCCGGTGGATATCCGCCCCCAGCTCGCCGCCTTCTGCCCGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GTCCCCGGTGGATATCCGCCCCCAGCTCGCCGCCTTCTGCCCGGCCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCCCCTGGAACTCCTGGGCTTCCAGCTCCCGCCGCTCCCAGAACTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 GCCCCCTGGAACTCCTGGGCTTCCAGCTCCCGCCGCTCCCAGAACTGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGCGCAACAATGGCCACAGTG         TGCAACTGACCCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101951 CTGCGCAACAATGGCCACAGTGGTG...CAGTGCAACTGACCCTGCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGGCTAGAGATGGCTCTGGGTCCCGGGCGGGAGTACCGGGCTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102124 TGGGCTAGAGATGGCTCTGGGTCCCGGGCGGGAGTACCGGGCTCTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCATCTGCACTGGGGGGCTGCAGGTCGTCCGGGCTCGGAGCACACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 TGCATCTGCACTGGGGGGCTGCAGGTCGTCCGGGCTCGGAGCACACTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGGCCACCGTTTCCCTGCCGAG         ATCCACGTGGTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102224 GAAGGCCACCGTTTCCCTGCCGAGGTG...CAGATCCACGTGGTTCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGCACCGCCTTTGCCAGAGTTGACGAGGCCTTGGGGCGCCCGGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102355 CAGCACCGCCTTTGCCAGAGTTGACGAGGCCTTGGGGCGCCCGGGAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGCCGTGTTGGCCGCCTTTCTGGAG         GAGGGCCCGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102405 TGGCCGTGTTGGCCGCCTTTCTGGAGGTA...CAGGAGGGCCCGGAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACAGTGCCTATGAGCAGTTGCTGTCTCGCTTGGAAGAAATCGCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103846 AACAGTGCCTATGAGCAGTTGCTGTCTCGCTTGGAAGAAATCGCTGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AG         GCTCAGAGACTCAGGTCCCAGGACTGGACATATCTGCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103896 AGGTC...CAGGCTCAGAGACTCAGGTCCCAGGACTGGACATATCTGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCTGCCCTCTGACTTCAGCCGCTACTTCCAATATGAGGGGTCTCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105265 TCCTGCCCTCTGACTTCAGCCGCTACTTCCAATATGAGGGGTCTCTGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACACCGCCCTGTGCCCAGGGTGTCATCTGGACTGTGTTTAACCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105315 ACACCGCCCTGTGCCCAGGGTGTCATCTGGACTGTGTTTAACCAGACAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATGCTGAGTGCTAAGCAG         CTCCACACCCTCTCTGACACCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105365 GATGCTGAGTGCTAAGCAGGTG...TAGCTCCACACCCTCTCTGACACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGTGGGGACCTGGTGACTCTCGGCTACAGCTGAACTTCCGAGCGACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105917 TGTGGGGACCTGGTGACTCTCGGCTACAGCTGAACTTCCGAGCGACGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCTTTGAATGGGCGAGTGATTGAGGCCTCCTTCCCTGCTGGAGTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105967 CCTTTGAATGGGCGAGTGATTGAGGCCTCCTTCCCTGCTGGAGTGGACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAGTCCTCGGGCTGCTGAGCCAG         TCCAGCTGAATTCCTGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106017 CAGTCCTCGGGCTGCTGAGCCAGGTA...CAGTCCAGCTGAATTCCTGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGCTGCTG         GTGACATCCTAGCCCTGGTTTTTGGCCTCCTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106172 TGGCTGCTGGTG...CAGGTGACATCCTAGCCCTGGTTTTTGGCCTCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTTGCTGTCACCAGCGTCGCGTTCCTTGTGCAGATGAGAAGGCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106826 TTTGCTGTCACCAGCGTCGCGTTCCTTGTGCAGATGAGAAGGCAGCACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320          AAGGGGAACCAAAGGGGGTGTGAGCTACCGCCCAGCAGAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106876 GTA...CAGAAGGGGAACCAAAGGGGGTGTGAGCTACCGCCCAGCAGAGG

   1450     .    :    .
   1361 TAGCCGAGACTGGAGCC
        |||||||||||||||||
 107047 TAGCCGAGACTGGAGCC