seq1 = pF1KE4439.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KE4439/gi568815592f_44129387.tfa (gi568815592f:44129387_44333525), 204139 bp

>pF1KE4439 1368
>gi568815592f:44129387_44333525 (Chr6)

1-29  (97928-97956)   100% ->
30-111  (100004-100085)   100% ->
112-314  (100203-100405)   100% ->
315-454  (100521-100660)   100% ->
455-589  (100961-101095)   100% ->
590-687  (101182-101279)   100% ->
688-766  (101425-101503)   100% ->
767-864  (101978-102075)   100% ->
865-973  (102612-102720)   100% ->
974-1059  (102957-103042)   100% ->
1060-1259  (103421-103620)   100% ->
1260-1368  (104031-104139)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAACCAGTCACCAGCCTCAGGACAG         ATACAAAGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  97928 ATGACAACCAGTCACCAGCCTCAGGACAGGTA...CAGATACAAAGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGGCTTATCTTCTTCATGCTGGGTCTGGGAACGCTGCTCCCGTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 CTGGCTTATCTTCTTCATGCTGGGTCTGGGAACGCTGCTCCCGTGGAATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTCATGACGGCCACTCAG         TATTTCACAAACCGCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100066 TTTTCATGACGGCCACTCAGGTG...CAGTATTTCACAAACCGCCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGTCCCAGAATGTGTCCTTGGTCACTGCTGAACTGAGCAAGGACGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100224 ATGTCCCAGAATGTGTCCTTGGTCACTGCTGAACTGAGCAAGGACGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCGTCAGCCGCCCCTGCAGCACCCTTGCCTGAGCGGAACTCTCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100274 GGCGTCAGCCGCCCCTGCAGCACCCTTGCCTGAGCGGAACTCTCTCAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCTTCAACAATGTCATGACCCTATGTGCCATGCTGCCCCTGCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100324 CCATCTTCAACAATGTCATGACCCTATGTGCCATGCTGCCCCTGCTGTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCACCTACCTCAACTCCTTCCTGCATCAGAG         GATCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100374 TTCACCTACCTCAACTCCTTCCTGCATCAGAGGTG...CAGGATCCCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCCGTACGGATCCTGGGCAGCCTGGTGGCCATCCTGCTGGTGTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100530 GTCCGTACGGATCCTGGGCAGCCTGGTGGCCATCCTGCTGGTGTTTCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACTGCCATCCTGGTGAAGGTGCAGCTGGATGCTCTGCCCTTCTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100580 TCACTGCCATCCTGGTGAAGGTGCAGCTGGATGCTCTGCCCTTCTTTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCACCATGATCAAGATCGTGCTCATTAATT         CATTTGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100630 ATCACCATGATCAAGATCGTGCTCATTAATTGTA...CAGCATTTGGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCCTGCAGGGCAGCCTGTTTGGTCTGGCTGGCCTTCTGCCTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100971 CATCCTGCAGGGCAGCCTGTTTGGTCTGGCTGGCCTTCTGCCTGCCAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACACGGCCCCCATCATGAGTGGCCAGGGCCTAGCAGGCTTCTTTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 ACACGGCCCCCATCATGAGTGGCCAGGGCCTAGCAGGCTTCTTTGCCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGCCATGATCTGCGCTATTGCCA         GTGGCTCGGAGCTATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101071 GTGGCCATGATCTGCGCTATTGCCAGTA...CAGGTGGCTCGGAGCTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAAGTGCCTTCGGCTACTTTATCACAGCCTGTGCTGTTATCATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 AGAAAGTGCCTTCGGCTACTTTATCACAGCCTGTGCTGTTATCATTTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCATCATCTGTTACCTGGGCCTGCCCCGCCTG         GAATTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101248 CCATCATCTGTTACCTGGGCCTGCCCCGCCTGGTG...TAGGAATTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCTACTACCAGCAGCTCAAGCTTGAAGGACCCGGGGAGCAGGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101434 CGCTACTACCAGCAGCTCAAGCTTGAAGGACCCGGGGAGCAGGAGACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTGGACCTCATTAGCAAAG         GAGAGGAGCCAAGAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101484 GTTGGACCTCATTAGCAAAGGTC...CAGGAGAGGAGCCAAGAGCAGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGAGGAATCTGGAGTTTCAGTCTCCAACTCTCAGCCCACCAATGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 AAGAGGAATCTGGAGTTTCAGTCTCCAACTCTCAGCCCACCAATGAAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACTCTATCAAAGCCATCCTGAAAAAT         ATCTCAGTCCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102049 CACTCTATCAAAGCCATCCTGAAAAATGTA...TAGATCTCAGTCCTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTCTCTGTCTGCTTCATCTTCACTATCACCATTGGGATGTTTCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102626 TTTCTCTGTCTGCTTCATCTTCACTATCACCATTGGGATGTTTCCAGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGACTGTTGAGGTCAAGTCCAGCATCGCAGGCAGCAGCACCTGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102676 TGACTGTTGAGGTCAAGTCCAGCATCGCAGGCAGCAGCACCTGGGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974     AACGTTACTTCATTCCTGTGTCCTGTTTCTTGACTTTCAATATCTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 .CAGAACGTTACTTCATTCCTGTGTCCTGTTTCTTGACTTTCAATATCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGACTGGTTGGGCCGGAGCCTCACAGCTGTATTCATGTGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103003 TGACTGGTTGGGCCGGAGCCTCACAGCTGTATTCATGTGGGTA...CAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTGGGAAGGACAGCCGCTGGCTGCCAAGCCTGGTGCTGGCCCGGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 CTGGGAAGGACAGCCGCTGGCTGCCAAGCCTGGTGCTGGCCCGGCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTGTGCCACTGCTGCTGCTGTGCAACATTAAGCCCCGCCGCTACCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 TTTGTGCCACTGCTGCTGCTGTGCAACATTAAGCCCCGCCGCTACCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTGGTCTTCGAGCACGATGCCTGGTTCATCTTCTTCATGGCTGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103522 TGTGGTCTTCGAGCACGATGCCTGGTTCATCTTCTTCATGGCTGCCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCTTCTCCAACGGCTACCTCGCCAGCCTCTGCATGTGCTTCGGGCCCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103572 CCTTCTCCAACGGCTACCTCGCCAGCCTCTGCATGTGCTTCGGGCCCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260         GAAAGTGAAGCCAGCTGAGGCAGAGACCGCAGGAGCCATCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103622 TG...TAGGAAAGTGAAGCCAGCTGAGGCAGAGACCGCAGGAGCCATCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCCTTCTTCCTGTGTCTGGGTCTGGCACTGGGGGCTGTTTTCTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 GGCCTTCTTCCTGTGTCTGGGTCTGGCACTGGGGGCTGTTTTCTCCTTCC

   1450     .    :    .
   1352 TGTTCCGGGCAATTGTG
        |||||||||||||||||
 104123 TGTTCCGGGCAATTGTG