seq1 = pF1KE4438.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE4438/gi568815597f_225728730.tfa (gi568815597f:225728730_225945344), 216615 bp

>pF1KE4438 1365
>gi568815597f:225728730_225945344 (Chr1)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-364  (103050-103230)   100% ->
365-592  (109925-110152)   100% ->
593-722  (110488-110617)   100% ->
723-931  (111100-111308)   100% ->
932-1040  (113637-113745)   100% ->
1041-1166  (115769-115894)   100% ->
1167-1365  (116417-116615)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTAGAAATCCTCCTCACTTCAGTGCTGGGCTTTGCCATCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTAGAAATCCTCCTCACTTCAGTGCTGGGCTTTGCCATCTACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCATCTCCCGGGACAAAGAGGAAACTTTGCCACTTGAAGATGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCATCTCCCGGGACAAAGAGGAAACTTTGCCACTTGAAGATGGGTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGGCCAGGCACGAGGTCCGCAGCCAGGGAGGACGACAGCATCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGGCCAGGCACGAGGTCCGCAGCCAGGGAGGACGACAGCATCCGCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAAGGTGGAAACGTCAGATGAGGAGATCCAC         GACTTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 TTCAAGGTGGAAACGTCAGATGAGGAGATCCACGTA...CAGGACTTACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGAGGATCGATAAGTTCCGTTTCACCCCACCTTTGGAGGACAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103058 CCAGAGGATCGATAAGTTCCGTTTCACCCCACCTTTGGAGGACAGCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCACTATGGCTTCAACTCCAACTACCTGAAGAAAGTCATCTCCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 TCCACTATGGCTTCAACTCCAACTACCTGAAGAAAGTCATCTCCTACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGAATGAATTTGACTGGAAGAAGCAGGTGGAGATTCTCAACAGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 CGGAATGAATTTGACTGGAAGAAGCAGGTGGAGATTCTCAACAGATACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCACTTCAAGACTAAGATTGAAG         GGCTGGACATCCACTTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103208 TCACTTCAAGACTAAGATTGAAGGTA...CAGGGCTGGACATCCACTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCACGTGAAGCCCCCCCAGCTGCCCGCAGGCCATACCCCGAAGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109943 TCCACGTGAAGCCCCCCCAGCTGCCCGCAGGCCATACCCCGAAGCCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGATGGTGCACGGCTGGCCCGGCTCTTTCTACGAGTTTTATAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109993 CTGATGGTGCACGGCTGGCCCGGCTCTTTCTACGAGTTTTATAAGATCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCACTCCTGACTGACCCCAAGAACCATGGCCTGAGCGATGAGCACGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110043 CCCACTCCTGACTGACCCCAAGAACCATGGCCTGAGCGATGAGCACGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGAAGTCATCTGCCCTTCCATCCCTGGCTATGGCTTCTCAGAGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110093 TTGAAGTCATCTGCCCTTCCATCCCTGGCTATGGCTTCTCAGAGGCATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCAAGAAGG         GGTTCAACTCGGTGGCCACCGCCAGGATCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110143 TCCAAGAAGGGTA...CAGGGTTCAACTCGGTGGCCACCGCCAGGATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTACAAGCTGATGCTGCGGCTGGGCTTCCAGGAATTCTACATTCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110519 TTACAAGCTGATGCTGCGGCTGGGCTTCCAGGAATTCTACATTCAAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGACTGGGGGTCCCTGATCTGCACTAATATGGCCCAGCTGGTGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110569 GGGACTGGGGGTCCCTGATCTGCACTAATATGGCCCAGCTGGTGCCCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723         CCACGTGAAAGGCCTGCACTTGAACATGGCTTTGGTTTTAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110619 TG...CAGCCACGTGAAAGGCCTGCACTTGAACATGGCTTTGGTTTTAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAACTTCTCTACCCTGACCCTCCTCCTGGGACAGCGTTTCGGGAGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111142 CAACTTCTCTACCCTGACCCTCCTCCTGGGACAGCGTTTCGGGAGGTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGGCCTCACTGAGAGGGATGTGGAGCTGCTGTACCCCGTCAAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111192 TTGGCCTCACTGAGAGGGATGTGGAGCTGCTGTACCCCGTCAAGGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTATTCTACAGCCTGATGAGGGAGAGCGGCTACATGCACATCCAGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111242 GTATTCTACAGCCTGATGAGGGAGAGCGGCTACATGCACATCCAGTGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGCCTGACACCGTAG         GCTCTGCTCTGAATGACTCTCCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111292 CAAGCCTGACACCGTAGGTG...CAGGCTCTGCTCTGAATGACTCTCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGGTCTGGCTGCCTATATTCTAGAGAAGTTTTCCACCTGGACCAATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113661 TGGGTCTGGCTGCCTATATTCTAGAGAAGTTTTCCACCTGGACCAATACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAATTCCGATACCTGGAGGATGGAGGCCTGGAAAG         GAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113711 GAATTCCGATACCTGGAGGATGGAGGCCTGGAAAGGTG...CAGGAAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTCCCTGGACGACCTGCTGACCAACGTCATGCTCTACTGGACAACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115775 CTCCCTGGACGACCTGCTGACCAACGTCATGCTCTACTGGACAACAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCATCATCTCCTCCCAGCGCTTCTACAAGGAGAACCTGGGACAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115825 CCATCATCTCCTCCCAGCGCTTCTACAAGGAGAACCTGGGACAGGGCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATGACCCAGAAGCATGAGCG         GATGAAGGTCTATGTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115875 ATGACCCAGAAGCATGAGCGGTG...CAGGATGAAGGTCTATGTGCCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGCTTCTCTGCCTTCCCTTTTGAGCTATTGCACACGCCTGAAAAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116438 TGGCTTCTCTGCCTTCCCTTTTGAGCTATTGCACACGCCTGAAAAGTGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGAGGTTCAAGTACCCAAAGCTCATCTCCTATTCCTACATGGTTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116488 TGAGGTTCAAGTACCCAAAGCTCATCTCCTATTCCTACATGGTTCGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGCCACTTTGCGGCCTTTGAGGAGCCGGAGCTGCTCGCCCAGGACATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116538 GGCCACTTTGCGGCCTTTGAGGAGCCGGAGCTGCTCGCCCAGGACATCCG

   1400     .    :    .    :    .
   1338 CAAGTTCCTGTCGGTGCTGGAGCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 116588 CAAGTTCCTGTCGGTGCTGGAGCGGCAA