seq1 = pF1KE4437.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE4437/gi568815581r_19638323.tfa (gi568815581r:19638323_19845129), 206807 bp

>pF1KE4437 1359
>gi568815581r:19638323_19845129 (Chr17)

(complement)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-394  (101667-101898)   100% ->
395-480  (102500-102585)   98% ->
481-689  (102918-103126)   100% ->
690-807  (103920-104037)   99% ->
808-949  (104653-104794)   100% ->
950-1116  (105456-105622)   100% ->
1117-1216  (106035-106134)   100% ->
1217-1356  (106677-106814)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAGATCAGCGAGGCCGTGAAGCGCGCCCGCGCCGCCTTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAAGATCAGCGAGGCCGTGAAGCGCGCCCGCGCCGCCTTCAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAGGACCCGTCCGCTGCAGTTCCGGATCCAGCAGCTGGAGGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCAGGACCCGTCCGCTGCAGTTCCGGATCCAGCAGCTGGAGGCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGCCTGATCCAGGAGCAGGAGCAGGAGCTGGTGGGCGCGCTGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGCCTGATCCAGGAGCAGGAGCAGGAGCTGGTGGGCGCGCTGGCCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTGCACAAG         AATGAATGGAACGCCTACTATGAGGAGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTGCACAAGGTG...CAGAATGAATGGAACGCCTACTATGAGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGTACGTCCTAGAGGAGATCGAGTACATGATCCAGAAGCTCCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101696 GGTGTACGTCCTAGAGGAGATCGAGTACATGATCCAGAAGCTCCCTGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGCCGCGGATGAGCCCGTGGAGAAGACGCCCCAGACTCAGCAGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 GGGCCGCGGATGAGCCCGTGGAGAAGACGCCCCAGACTCAGCAGGACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTACATCCACTCGGAGCCACTGGGCGTGGTCCTCGTCATTGGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 CTCTACATCCACTCGGAGCCACTGGGCGTGGTCCTCGTCATTGGCACCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACTACCCCTTCAACCTCACCATCCAGCCCATGGTGGGCGCCATCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101846 GAACTACCCCTTCAACCTCACCATCCAGCCCATGGTGGGCGCCATCGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAG         GGAACGCAGTGGTCCTCAAGCCCTCGGAGCTGAGTGAG
        |||>>>...>>>||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101896 CAGGTG...CAGGGAACTCAGTGGTCCTCAAGCCCTCGGAGCTGAGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACATGGCGAGCCTGCTGGCTACCATCATCCCCCAGTACCTGGACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102538 AACATGGCGAGCCTGCTGGCTACCATCATCCCCCAGTACCTGGACAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        GATCTGTACCCAGTAATCAATGGGGGTGTCCCTGAGACCACGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102588 G...AAGGATCTGTACCCAGTAATCAATGGGGGTGTCCCTGAGACCACGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGCTCAAGGAGAGGTTCGACCATATCCTGTACACGGGCAGCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102961 AGCTGCTCAAGGAGAGGTTCGACCATATCCTGTACACGGGCAGCACGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGGGAAGATCATCATGACGGCTGCTGCCAAGCACCTGACCCCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103011 GTGGGGAAGATCATCATGACGGCTGCTGCCAAGCACCTGACCCCTGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTGGAGCTGGGAGGGAAGAGTCCCTGCTACGTGGACAAGAACTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103061 GCTGGAGCTGGGAGGGAAGAGTCCCTGCTACGTGGACAAGAACTGTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGACGTGGCCTGCCG         ACGCATCGCCTGGGGGAAATTCATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103111 TGGACGTGGCCTGCCGGTG...CAGACGCATCGCCTGGGGGAAATTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACAGTGGCCAGACCTGCGTGGCCCCAGACTACATCCTCTGTGACCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 103945 AACAGTGGCCAGACCTGCGTGGCCCCTGACTACATCCTCTGTGACCCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATCCAGAACCAAATTGTGGAGAAGCTCAAGAAGTCACTGAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103995 GATCCAGAACCAAATTGTGGAGAAGCTCAAGAAGTCACTGAAAGTG...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808   GAGTTCTACGGGGAAGATGCTAAGAAATCCCGGGACTATGGAAGAATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104651 AGGAGTTCTACGGGGAAGATGCTAAGAAATCCCGGGACTATGGAAGAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATTAGTGCCCGGCACTTCCAGAGGGTGATGGGCCTGATTGAGGGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104701 ATTAGTGCCCGGCACTTCCAGAGGGTGATGGGCCTGATTGAGGGCCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGTGGCTTATGGGGGCACCGGGGATGCCGCCACTCGCTACATAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104751 GGTGGCTTATGGGGGCACCGGGGATGCCGCCACTCGCTACATAGGTG...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950    CCCCCACCATCCTCACGGACGTGGACCCCCAGTCCCCGGTGATGCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105453 CAGCCCCCACCATCCTCACGGACGTGGACCCCCAGTCCCCGGTGATGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGGAGATCTTCGGGCCTGTGCTGCCCATCGTGTGCGTGCGCAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105503 GAGGAGATCTTCGGGCCTGTGCTGCCCATCGTGTGCGTGCGCAGCCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGAGGCCATCCAGTTCATCAACCAGCGTGAGAAGCCCCTGGCCCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105553 GGAGGCCATCCAGTTCATCAACCAGCGTGAGAAGCCCCTGGCCCTCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGTTCTCCAGCAACGACAAG         GTGATTAAGAAGATGATTGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105603 TGTTCTCCAGCAACGACAAGGTG...CAGGTGATTAAGAAGATGATTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGACATCCAGTGGTGGGGTGGCGGCCAACGATGTCATCGTCCACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 GAGACATCCAGTGGTGGGGTGGCGGCCAACGATGTCATCGTCCACATCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTTGCACTCTCTGCCCTTCGGGGGCGTGG         GGAACAGCGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106106 CTTGCACTCTCTGCCCTTCGGGGGCGTGGGTG...CAGGGAACAGCGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGGATCCTACCATGGCAAGAAGAGCTTCGAGACTTTCTCTCACCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 TGGGATCCTACCATGGCAAGAAGAGCTTCGAGACTTTCTCTCACCGCCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCTTGCCTGGTGAGGCCTCTGATGAATGATGAAGGCCTGAAGGTCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106739 TCTTGCCTGGTGAGGCCTCTGATGAATGATGAAGGCCTGAAGGTCAGATA

   1400     .    :    .    :    .
   1329 CCCCCCGAGCCCGGCCAAGATGACCCAG
        ||||||||||||||||||| ||| --||
 106789 CCCCCCGAGCCCGGCCAAGGTGAG  AG