seq1 = pF1KE4436.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE4436/gi568815584f_74781954.tfa (gi568815584f:74781954_75002327), 220374 bp

>pF1KE4436 1359
>gi568815584f:74781954_75002327 (Chr14)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-97  (100638-100671)   100% ->
98-146  (103633-103681)   100% ->
147-199  (107142-107194)   100% ->
200-274  (107322-107396)   100% ->
275-330  (107944-107999)   100% ->
331-442  (109103-109214)   100% ->
443-595  (110881-111033)   99% ->
596-672  (111395-111471)   100% ->
673-770  (112359-112456)   100% ->
771-901  (116416-116546)   100% ->
902-975  (117970-118043)   100% ->
976-1059  (118336-118419)   100% ->
1060-1227  (119113-119280)   100% ->
1228-1359  (120243-120374)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCCGATCCCGCTGTGTGTCTCGGGCGTTCAGCCGCTCGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCCCGATCCCGCTGTGTGTCTCGGGCGTTCAGCCGCTCGCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTTCCAGAAG         GGGAACTGCCCTCTAGGGAGACGTTCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTTCCAGAAGGTA...CAGGGGAACTGCCCTCTAGGGAGACGTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCTG         GGGTCTCCTTATGCCAGGGACCAGGTTACCCTAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 TGCCTGGTA...CAGGGGTCTCCTTATGCCAGGGACCAGGTTACCCTAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCAGGAAGGTTGT         CATTAACAACAGTGTCTTCAGTGTTCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103668 AGCAGGAAGGTTGTGTA...TAGCATTAACAACAGTGTCTTCAGTGTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CTTTTTCAGAACTACAGCTGTATGCA         AGGATGACTTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107169 CTTTTTCAGAACTACAGCTGTATGCAGTA...TAGAGGATGACTTGGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 CAGTCAAAACCCCAGCGTTTGCAGAATCTGTCACAGAGGGAGATGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107337 CAGTCAAAACCCCAGCGTTTGCAGAATCTGTCACAGAGGGAGATGTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TGGGAGAAAG         CTGTTGGAGACACAGTTGCAGAAGATGAAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107387 TGGGAGAAAGGTA...CAGCTGTTGGAGACACAGTTGCAGAAGATGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 GGTTTGTGAGATTGAAACTGACAAG         ACATCTGTGCAGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107975 GGTTTGTGAGATTGAAACTGACAAGGTA...CAGACATCTGTGCAGGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 CATCACCAGCAAATGGCGTGATTGAAGCTCTTTTGGTACCTGATGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109119 CATCACCAGCAAATGGCGTGATTGAAGCTCTTTTGGTACCTGATGGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 AAAGTCGAAGGAGGCACTCCACTTTTCACACTCAGGAAAACTGGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109169 AAAGTCGAAGGAGGCACTCCACTTTTCACACTCAGGAAAACTGGTGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443      CTGCTCCTGCTAAGGCCAAGCCGGCTGAAGCTCCTGCTGCTGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109219 ..CAGCTGCTCCTGCTAAGGCCAAGCCGGCTGAAGCTCCTGCTGCTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CCCCAAAAGCAGAACCTACAGCAGCGGCAGTTCCTCCCCCTGCAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110926 CCCCAAAAGCAGAACCTACAGCAGCGGCAGTTCCTCCCCCTGCAGCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ATACCCACTCAGATGCCACCGGTGCCCTCGCCCTCACAACCTCCTTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 110976 ATACCCACTCAGATGCCACCGGTGCCCTCGCCCTCACAGCCTCCTTCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAAACCTG         TGTCTGCAGTAAAACCCACTGTTGCCCCACCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111026 CAAACCTGGTA...CAGTGTCTGCAGTAAAACCCACTGTTGCCCCACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TAGCTGAGCCAGGAGCTGGCAAAGGTCTGCGTTCAGAACATCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111428 TAGCTGAGCCAGGAGCTGGCAAAGGTCTGCGTTCAGAACATCGGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673    GAGAAAATGAACAGGATGCGGCAGCGCATTGCTCAGCGTCTGAAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112356 CAGGAGAAAATGAACAGGATGCGGCAGCGCATTGCTCAGCGTCTGAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GGCCCAGAATACATGTGCAATGCTGACAACTTTTAATGAGATTGACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112406 GGCCCAGAATACATGTGCAATGCTGACAACTTTTAATGAGATTGACATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 G         TAACATCCAGGAGATGAGGGCTCGGCACAAAGAGGCTTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112456 GGTA...CAGTAACATCCAGGAGATGAGGGCTCGGCACAAAGAGGCTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 TTGAAGAAACATAACCTCAAACTAGGCTTCATGTCGGCATTTGTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116456 TTGAAGAAACATAACCTCAAACTAGGCTTCATGTCGGCATTTGTGAAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CTCAGCCTTTGCCTTGCAGGAACAGCCTGTTGTAAATGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116506 CTCAGCCTTTGCCTTGCAGGAACAGCCTGTTGTAAATGCAGGTG...TAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TGATTGACGACACAACCAAAGAGGTGGTGTATAGGGATTATATTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117970 TGATTGACGACACAACCAAAGAGGTGGTGTATAGGGATTATATTGACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 AGTGTTGCAGTGGCCACCCCACGG         GGTCTGGTGGTTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118020 AGTGTTGCAGTGGCCACCCCACGGGTA...CAGGGTCTGGTGGTTCCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CATCAGGAATGTGGAAGCTATGAATTTTGCAGATATTGAACGGACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118353 CATCAGGAATGTGGAAGCTATGAATTTTGCAGATATTGAACGGACCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGAACTGGGAGAGAAG         GCCCGAAAGAATGAACTTGCCATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118403 CTGAACTGGGAGAGAAGGTA...TAGGCCCGAAAGAATGAACTTGCCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GAAGATATGGATGGCGGTACCTTCACCATTAGCAATGGAGGCGTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119137 GAAGATATGGATGGCGGTACCTTCACCATTAGCAATGGAGGCGTTTTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CTCGCTCTTTGGAACACCCATTATCAACCCCCCTCAGTCTGCCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119187 CTCGCTCTTTGGAACACCCATTATCAACCCCCCTCAGTCTGCCATCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GGATGCATGGCATCTTTGACAGGCCAGTGGCTATAGGAGGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119237 GGATGCATGGCATCTTTGACAGGCCAGTGGCTATAGGAGGCAAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228    GTAGAGGTGCGGCCCATGATGTACGTGGCACTGACCTATGATCACCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120240 TAGGTAGAGGTGCGGCCCATGATGTACGTGGCACTGACCTATGATCACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GCTGATTGATGGCAGAGAGGCTGTGACTTTCCTCCGCAAAATCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120290 GCTGATTGATGGCAGAGAGGCTGTGACTTTCCTCCGCAAAATCAAGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1325 CGGTAGAGGATCCCAGAGTCCTCCTCCTGGATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120340 CGGTAGAGGATCCCAGAGTCCTCCTCCTGGATCTT