seq1 = pF1KE4434.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KE4434/gi568815586r_102739178.tfa (gi568815586r:102739178_103017130), 277953 bp

>pF1KE4434 1356
>gi568815586r:102739178_103017130 (Chr12)

(complement)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-168  (104233-104340)   99% ->
169-352  (122213-122396)   100% ->
353-441  (139581-139669)   100% ->
442-509  (150468-150535)   100% ->
510-706  (161799-161995)   99% ->
707-842  (164181-164316)   100% ->
843-912  (165375-165444)   100% ->
913-969  (170180-170236)   100% ->
970-1065  (172700-172795)   100% ->
1066-1199  (173352-173485)   100% ->
1200-1315  (176616-176731)   100% ->
1316-1356  (177913-177953)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACTGCGGTCCTGGAAAACCCAGGCTTGGGCAGGAAACTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACTGCGGTCCTGGAAAACCCAGGCTTGGGCAGGAAACTCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGGACAG         GAAACAAGCTATATTGAAGACAACTGCAATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGGACAGGTG...TAGGAAACAAGCTATATTGAAGACAACTGCAATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAATGGTGCCATATCGCTGATCTTCTCACTCAAAGAAGAAGTTGGTGCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 104264 AAAATGGTGCCATATCACTGATCTTCTCACTCAAAGAAGAAGTTGGTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGCCAAAGTATTGCGCTTATTTGAG         GAGAATGATGTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104314 TTGGCCAAAGTATTGCGCTTATTTGAGGTC...TAGGAGAATGATGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGACCCACATTGAATCTAGACCTTCTCGTTTAAAGAAAGATGAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122227 CCTGACCCACATTGAATCTAGACCTTCTCGTTTAAAGAAAGATGAGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTTTTCACCCATTTGGATAAACGTAGCCTGCCTGCTCTGACAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122277 AATTTTTCACCCATTTGGATAAACGTAGCCTGCCTGCTCTGACAAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCAAGATCTTGAGGCATGACATTGGTGCCACTGTCCATGAGCTTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122327 ATCAAGATCTTGAGGCATGACATTGGTGCCACTGTCCATGAGCTTTCACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATAAGAAGAAAGACACAG         TGCCCTGGTTCCCAAGAACCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122377 AGATAAGAAGAAAGACACAGGTA...CAGTGCCCTGGTTCCCAAGAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCAAGAGCTGGACAGATTTGCCAATCAGATTCTCAGCTATGGAGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139602 TTCAAGAGCTGGACAGATTTGCCAATCAGATTCTCAGCTATGGAGCGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGATGCTGACCACCCT         GGTTTTAAAGATCCTGTGTACCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 139652 CTGGATGCTGACCACCCTGTG...TAGGGTTTTAAAGATCCTGTGTACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCAAGACGGAAGCAGTTTGCTGACATTGCCTACAACTACCGCCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 150491 TGCAAGACGGAAGCAGTTTGCTGACATTGCCTACAACTACCGCCAGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    510     TGGGCAGCCCATCCCTCGAGTGGAATACATGGAGGAAGGAAAGAAA
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 150541 .TAGTGGGCAGCCCATCCCTCGAGTGGAATACATGGAGGAAGAAAAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACATGGGGCACAGTGTTCAAGACTCTGAAGTCCTTGTATAAAACCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161845 ACATGGGGCACAGTGTTCAAGACTCTGAAGTCCTTGTATAAAACCCATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTGCTATGAGTACAATCACATTTTTCCACTTCTTGAAAAGTACTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161895 TTGCTATGAGTACAATCACATTTTTCCACTTCTTGAAAAGTACTGTGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCATGAAGATAACATTCCCCAGCTGGAAGACGTTTCTCAGTTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161945 TCCATGAAGATAACATTCCCCAGCTGGAAGACGTTTCTCAGTTCCTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 A         CTTGCACTGGTTTCCGCCTCCGACCTGTGGCTGGCCTGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161995 AGTA...CAGCTTGCACTGGTTTCCGCCTCCGACCTGTGGCTGGCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCCTCTCGGGATTTCTTGGGTGGCCTGGCCTTCCGAGTCTTCCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164221 TTCCTCTCGGGATTTCTTGGGTGGCCTGGCCTTCCGAGTCTTCCACTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACAGTACATCAGACATGGATCCAAGCCCATGTATACCCCCGAACC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 164271 CACAGTACATCAGACATGGATCCAAGCCCATGTATACCCCCGAACCGTG.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843      TGACATCTGCCATGAGCTGTTGGGACATGTGCCCTTGTTTTCAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164321 ..CAGTGACATCTGCCATGAGCTGTTGGGACATGTGCCCTTGTTTTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCGCAGCTTTGCCCAGTTTTCCCAG         GAAATTGGCCTTGCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 165420 TCGCAGCTTTGCCCAGTTTTCCCAGGTA...CAGGAAATTGGCCTTGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTCTGGGTGCACCTGATGAATACATTGAAAAGCTCGCCACA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 170196 CTCTGGGTGCACCTGATGAATACATTGAAAAGCTCGCCACAGTA...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATTTACTGGTTTACTGTGGAGTTTGGGCTCTGCAAACAAGGAGACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172700 ATTTACTGGTTTACTGTGGAGTTTGGGCTCTGCAAACAAGGAGACTCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAAGGCATATGGTGCTGGGCTCCTGTCATCCTTTGGTGAATTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 172750 AAAGGCATATGGTGCTGGGCTCCTGTCATCCTTTGGTGAATTACAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      TACTGCTTATCAGAGAAGCCAAAGCTTCTCCCCCTGGAGCTGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172800 ..CAGTACTGCTTATCAGAGAAGCCAAAGCTTCTCCCCCTGGAGCTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGACAGCCATCCAAAATTACACTGTCACGGAGTTCCAGCCCCTCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173397 AAGACAGCCATCCAAAATTACACTGTCACGGAGTTCCAGCCCCTCTATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGTGGCAGAGAGTTTTAATGATGCCAAGGAGAAAGTAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 173447 CGTGGCAGAGAGTTTTAATGATGCCAAGGAGAAAGTAAGGTG...TAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACTTTGCTGCCACAATACCTCGGCCCTTCTCAGTTCGCTACGACCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176618 ACTTTGCTGCCACAATACCTCGGCCCTTCTCAGTTCGCTACGACCCATAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACCCAAAGGATTGAGGTCTTGGACAATACCCAGCAGCTTAAGATTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176668 ACCCAAAGGATTGAGGTCTTGGACAATACCCAGCAGCTTAAGATTTTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGATTCCATTAACA         GTGAAATTGGAATCCTTTGCAGTGCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 176718 TGATTCCATTAACAGTA...TAGGTGAAATTGGAATCCTTTGCAGTGCCC

   1450     .    :
   1343 TCCAGAAAATAAAG
        ||||||||||||||
 177940 TCCAGAAAATAAAG