seq1 = pF1KE4432.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KE4432/gi568815581f_42509738.tfa (gi568815581f:42509738_42715038), 205301 bp

>pF1KE4432 1353
>gi568815581f:42509738_42715038 (Chr17)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-162  (100371-100483)   100% ->
163-330  (100686-100853)   100% ->
331-399  (102338-102406)   100% ->
400-479  (102690-102769)   100% ->
480-606  (103210-103336)   100% ->
607-693  (103910-103996)   100% ->
694-843  (104112-104261)   100% ->
844-996  (104523-104675)   100% ->
997-1158  (104759-104920)   100% ->
1159-1353  (105107-105301)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAGGGAAATCATCACCCTACAGTTGGGCCAGTGCGGCAATCAGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGCCGAGGGAAATCATCACCCTACAGTTGGGCCAGTGCGGCAATCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         TTGGGTTCGAGTTCTGGAAACAGCTGTGCGCCGAGCATGGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGTTGGGTTCGAGTTCTGGAAACAGCTGTGCGCCGAGCATGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGCCCCGAGGGCATCGTGGAGGAGTTCGCCACCGAGGGCACTGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100413 TCAGCCCCGAGGGCATCGTGGAGGAGTTCGCCACCGAGGGCACTGACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGACGTCTTTTTCTACCAG         GCAGACGATGAGCACTACAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100463 AAGGACGTCTTTTTCTACCAGGTG...CAGGCAGACGATGAGCACTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCCGGGCCGTGCTGCTGGACTTGGAACCCCGGGTGATCCACTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 CCCCCGGGCCGTGCTGCTGGACTTGGAACCCCGGGTGATCCACTCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAACTCCCCCTATGCCAAGCTCTACAACCCAGAGAACATCTACCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 TCAACTCCCCCTATGCCAAGCTCTACAACCCAGAGAACATCTACCTGTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACATGGAGGAGGAGCTGGCAACAACTGGGCCAGCGGATTCTCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100806 GAACATGGAGGAGGAGCTGGCAACAACTGGGCCAGCGGATTCTCCCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GGAGAAAAGATCCATGAGGACATTTTTGACATCATAGACCGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 C...CAGGGAGAAAAGATCCATGAGGACATTTTTGACATCATAGACCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCAGATGGTAGTGACAGTCTAGAG         GGCTTTGTGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102381 AGGCAGATGGTAGTGACAGTCTAGAGGTA...CAGGGCTTTGTGCTGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACTCCATTGCTGGGGGGACAGGCTCTGGACTGGGTTCCTACCTCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 CACTCCATTGCTGGGGGGACAGGCTCTGGACTGGGTTCCTACCTCTTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACGGCTGAATGACAG         GTATCCTAAGAAGCTGGTGCAGACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102755 ACGGCTGAATGACAGGTA...CAGGTATCCTAAGAAGCTGGTGCAGACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTCAGTGTTTCCCAACCAGGACGAGATGAGCGATGTGGTGGTCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103236 ACTCAGTGTTTCCCAACCAGGACGAGATGAGCGATGTGGTGGTCCAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACAATTCACTCCTCACACTCAAGAGGCTGACGCAGAATGCAGACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 TACAATTCACTCCTCACACTCAAGAGGCTGACGCAGAATGCAGACTGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 G         GTGGTGCTGGACAACACAGCCCTGAACCGGATTGCCACAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 GGTG...CAGGTGGTGCTGGACAACACAGCCCTGAACCGGATTGCCACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCGCCTGCACATCCAGAACCCATCCTTCTCCCAGATCAACCAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103950 ACCGCCTGCACATCCAGAACCCATCCTTCTCCCAGATCAACCAGCTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       GTGTCTACCATCATGTCAGCCAGCACCACCACCCTGCGCTACCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 ...CAGGTGTCTACCATCATGTCAGCCAGCACCACCACCCTGCGCTACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGCTACATGAACAATGACCTCATCGGCCTCATCGCCTCGCTCATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 TGGCTACATGAACAATGACCTCATCGGCCTCATCGCCTCGCTCATTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCCACGGCTCCACTTCCTCATGACCGGCTACACCCCTCTCACTACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104206 CCCCACGGCTCCACTTCCTCATGACCGGCTACACCCCTCTCACTACGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGTCA         GTGGCCAGCGTGAGGAAGACCACGGTCCTGGATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104256 CAGTCAGTA...CAGGTGGCCAGCGTGAGGAAGACCACGGTCCTGGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATGAGGCGGCTGCTGCAGCCCAAGAACGTGATGGTGTCCACAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104558 CATGAGGCGGCTGCTGCAGCCCAAGAACGTGATGGTGTCCACAGGCCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCGCCAGACCAACCACTGCTACATCGCCATCCTCAACATCATCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104608 ACCGCCAGACCAACCACTGCTACATCGCCATCCTCAACATCATCCAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGGTGGACCCCACCCAG         GTCCACAAGAGCTTGCAGAGGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104658 GAGGTGGACCCCACCCAGGTA...CAGGTCCACAAGAGCTTGCAGAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCGGGAACGCAAGTTGGCCAACTTCATCCCGTGGGGCCCCGCCAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104782 CCGGGAACGCAAGTTGGCCAACTTCATCCCGTGGGGCCCCGCCAGCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGTGGCCCTGTCGAGGAAGTCTCCCTACCTGCCCTCGGCCCACCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104832 AGGTGGCCCTGTCGAGGAAGTCTCCCTACCTGCCCTCGGCCCACCGGGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCGGGCTCATGATGGCCAACCACACCAGCATCTCCTCG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104882 AGCGGGCTCATGATGGCCAACCACACCAGCATCTCCTCGGTG...AAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTTCGAGAGAACCTGTCGCCAGTATGACAAGCTGCGTAAGCGGGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105109 CTTCGAGAGAACCTGTCGCCAGTATGACAAGCTGCGTAAGCGGGAGGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTGGAGCAGTTCCGCAAGGAGGACATGTTCAAGGACAACTTTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 TCCTGGAGCAGTTCCGCAAGGAGGACATGTTCAAGGACAACTTTGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATGGACACATCCAGGGAGATTGTGCAGCAGCTCATCGATGAGTACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105209 ATGGACACATCCAGGGAGATTGTGCAGCAGCTCATCGATGAGTACCATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGCCACACGGCCAGACTACATCTCCTGGGGCACCCAGGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105259 GGCCACACGGCCAGACTACATCTCCTGGGGCACCCAGGAGCAG