seq1 = pF1KE4428.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE4428/gi568815595r_120528383.tfa (gi568815595r:120528383_120775865), 247483 bp

>pF1KE4428 1335
>gi568815595r:120528383_120775865 (Chr3)

(complement)

11-87  (99998-100074)   98% ->
88-176  (100877-100965)   100% ->
177-282  (105334-105439)   99% ->
283-342  (123215-123274)   100% ->
343-434  (125001-125092)   100% ->
435-469  (127955-127989)   100% ->
470-549  (128814-128893)   100% ->
550-649  (129500-129599)   100% ->
650-774  (131423-131547)   100% ->
775-879  (134173-134277)   100% ->
880-1006  (137285-137411)   100% ->
1007-1188  (142538-142719)   100% ->
1189-1335  (147337-147483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 TAAAGTACATTTCTGGATTTGGGAATGAGTGTTCTTCAGAGGATCCTCGC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TACAGTACATTTCTGGATTTGGGAATGAGTGTTCTTCAGAGGATCCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 TGCCCAGGTTCCCTGCCAGAAGGACAG         AATAATCCTCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100048 TGCCCAGGTTCCCTGCCAGAAGGACAGGTA...CAGAATAATCCTCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102 CTGCCCCTACAATCTCTATGCTGAGCAGCTCTCAGGATCGGCTTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 CTGCCCCTACAATCTCTATGCTGAGCAGCTCTCAGGATCGGCTTTCACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 GTCCACGGAGCACCAATAAGAGAAG         CTGGCTGTATAGGATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100941 GTCCACGGAGCACCAATAAGAGAAGGTA...TAGCTGGCTGTATAGGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193 CTACCTTCAGTTTCTCACAAGCCCTTTGAATCCATTGACGAAGGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 105350 CTACCTTCAGTTTCTCACAAGCCCTTTGAATCCATTGACGAAGGCCAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243 CACTCACAACTGGGATGAAGTTGATCCTGATCCTAACCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105400 CACTCACAACTGGGATGAAGTTGATCCTGATCCTAACCAGGTA...CAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284 TTAGATGGAAACCATTTGAGATTCCAAAAGCATCTCAGAAGAAAGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123216 TTAGATGGAAACCATTTGAGATTCCAAAAGCATCTCAGAAGAAAGTAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334 TTTGTGAGT         GGCCTGCATACCTTGTGTGGAGCTGGAGACAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123266 TTTGTGAGTGTA...CAGGGCCTGCATACCTTGTGTGGAGCTGGAGACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375 AAAGTCTAACAATGGGCTTGCTATCCACATTTTCCTCTGCAATACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125033 AAAGTCTAACAATGGGCTTGCTATCCACATTTTCCTCTGCAATACCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425 TGGAGAACAG         ATGCTTTTACAATTCAGATGGGGACTTCTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125083 TGGAGAACAGGTA...CAGATGCTTTTACAATTCAGATGGGGACTTCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466 ATTG         TTCCGCAGAAAGGGAACCTTCTCATTTACACCGAGTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127986 ATTGGTG...CAGTTCCGCAGAAAGGGAACCTTCTCATTTACACCGAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    507 TGGCAAGATGCTTGTACAGCCCAATGAGATCTGCGTCATTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 128851 TGGCAAGATGCTTGTACAGCCCAATGAGATCTGCGTCATTCAGGTT...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550   AGAGGAATGCGGTTCAGCATAGATGTCTTTGAGGAGACCAGGGGCTAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129498 AGAGAGGAATGCGGTTCAGCATAGATGTCTTTGAGGAGACCAGGGGCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598 ATCTTGGAGGTCTATGGTGTCCACTTTGAGTTACCTGACCTTGGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129548 ATCTTGGAGGTCTATGGTGTCCACTTTGAGTTACCTGACCTTGGACCAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648 TG         GGGCCAATGGCTTGGCCAATCCTCGTGATTTCTTGATAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129598 TGGTA...TAGGGGCCAATGGCTTGGCCAATCCTCGTGATTTCTTGATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 CCATTGCCTGGTATGAGGATCGCCAAGTACCAGGTGGTTACACGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131462 CCATTGCCTGGTATGAGGATCGCCAAGTACCAGGTGGTTACACGGTCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 AATAAATACCAGGGCAAGCTGTTTGCTGCCAAACAG         GATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 131512 AATAAATACCAGGGCAAGCTGTTTGCTGCCAAACAGGTA...TAGGATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 CTCCCCGTTCAATGTTGTGGCCTGGCACGGGAATTATACACCCTACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134178 CTCCCCGTTCAATGTTGTGGCCTGGCACGGGAATTATACACCCTACAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 ACAACCTGAAGAATTTCATGGTTATCAACTCAGTGGCCTTTGACCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134228 ACAACCTGAAGAATTTCATGGTTATCAACTCAGTGGCCTTTGACCATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880          GACCCATCCATTTTCACAGTATTGACTGCTAAGTCTGTCCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134278 GTA...CAGGACCCATCCATTTTCACAGTATTGACTGCTAAGTCTGTCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921 CCCTGGAGTGGCCATTGCTGATTTTGTCATCTTCCCACCTCGATGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137326 CCCTGGAGTGGCCATTGCTGATTTTGTCATCTTCCCACCTCGATGGGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 TTGCTGATAAGACCTTCAGGCCTCCTTATTACCATA         GGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 137376 TTGCTGATAAGACCTTCAGGCCTCCTTATTACCATAGTA...CAGGGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012 TGCATGAGTGAGTTCATGGGACTCATCCGAGGTCACTATGAGGCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142543 TGCATGAGTGAGTTCATGGGACTCATCCGAGGTCACTATGAGGCAAAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062 AGGTGGGTTCCTGCCAGGGGGAGGGAGTCTACACAGCACAATGACCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142593 AGGTGGGTTCCTGCCAGGGGGAGGGAGTCTACACAGCACAATGACCCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 ATGGACCTGATGCTGACTGCTTTGAGAAGGCCAGCAAGGTCAAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142643 ATGGACCTGATGCTGACTGCTTTGAGAAGGCCAGCAAGGTCAAGCTGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 CCTGAGAGGATTGCCGATGGCACCATG         GCATTTATGTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 142693 CCTGAGAGGATTGCCGATGGCACCATGGTA...CAGGCATTTATGTTTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1203 ATCATCTTTAAGTCTGGCGGTCACAAAGTGGGGACTCAAGGCCTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147351 ATCATCTTTAAGTCTGGCGGTCACAAAGTGGGGACTCAAGGCCTCCAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1253 GTTTGGATGAGAACTACCACAAGTGCTGGGAGCCACTCAAGAGCCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147401 GTTTGGATGAGAACTACCACAAGTGCTGGGAGCCACTCAAGAGCCACTTC

   1400     .    :    .    :    .    :
   1303 ACTCCCAACTCCAGGAACCCAGCAGAACCTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 147451 ACTCCCAACTCCAGGAACCCAGCAGAACCTAAT