seq1 = pF1KE4423.tfa, 1314 bp
seq2 = pF1KE4423/gi568815582f_20670035.tfa (gi568815582f:20670035_20886248), 216214 bp

>pF1KE4423 1314
>gi568815582f:20670035_20886248 (Chr16)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-430  (105805-106015)   100% ->
431-638  (107339-107546)   100% ->
639-782  (110680-110823)   100% ->
783-939  (110940-111096)   100% ->
940-1019  (111674-111753)   100% ->
1020-1143  (114950-115073)   100% ->
1144-1314  (116044-116214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAGCTCGTGTCACCAGGAAGATGCTACGTCATGCCAAGTGTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAGCTCGTGTCACCAGGAAGATGCTACGTCATGCCAAGTGTTTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCCTAGCAATTTTTGGTTCTGTGAGGGCACTGCATAAAGATAATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCCTAGCAATTTTTGGTTCTGTGAGGGCACTGCATAAAGATAATAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCAACCCCTCAGAATTTCTCCAACTATGAATCCATGAAACAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCAACCCCTCAGAATTTCTCCAACTATGAATCCATGAAACAGGACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAACTGGGGATTCCAGAGTATTTCAACTTTGCTAAAGATGTCCTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAACTGGGGATTCCAGAGTATTTCAACTTTGCTAAAGATGTCCTGGACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATGGACTGATAAGGAAAAG         GCTGGAAAGAAACCTTCAAATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 ATGGACTGATAAGGAAAAGGTA...CAGGCTGGAAAGAAACCTTCAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGCCTTCTGGTGGATCAACAGAAATGGAGAAGAGATGCGATGGAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105827 CAGCCTTCTGGTGGATCAACAGAAATGGAGAAGAGATGCGATGGAGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGAACTGGGATCTCTGTCCAGAAAATTTGCCAATATACTTTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105877 GAGGAACTGGGATCTCTGTCCAGAAAATTTGCCAATATACTTTCAGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGTTCCCTACAAAGAGGAGATCGGGTAATTCTGATTCTGCCCAGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105927 CTGTTCCCTACAAAGAGGAGATCGGGTAATTCTGATTCTGCCCAGGGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAGTGGTGGCTTGCAAATGTGGCCTGTCTGCGAACAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105977 CAGAGTGGTGGCTTGCAAATGTGGCCTGTCTGCGAACAGGTT...TAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGTTTTAATTCCAGGAACCACTCAGCTGACCCAGAAAGACATTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107341 ACAGTTTTAATTCCAGGAACCACTCAGCTGACCCAGAAAGACATTCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGACTACAATCTTCAAAAGCAAACTGCATTATCACCAATGATGTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107391 CAGACTACAATCTTCAAAAGCAAACTGCATTATCACCAATGATGTTTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCCAGCAGTAGACGCTGTTGCATCCAAATGTGAAAATCTGCACTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107441 CCCCAGCAGTAGACGCTGTTGCATCCAAATGTGAAAATCTGCACTCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGATTGTATCAGAGAACTCCAGAGAGGGGTGGGGGAACCTCAAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107491 CTGATTGTATCAGAGAACTCCAGAGAGGGGTGGGGGAACCTCAAGGAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATGAA         ACATGCCAGTGACAGCCACACCTGTGTGAAGACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107541 GATGAAGTG...CAGACATGCCAGTGACAGCCACACCTGTGTGAAGACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACACAATGAGATCATGGCCATATTCTTTACCAGTGGAACAAGTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110715 AACACAATGAGATCATGGCCATATTCTTTACCAGTGGAACAAGTGGATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCGAAAATGACTGCACACACCCACAGCAGTTTTGGTTTAGGATTATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110765 CCGAAAATGACTGCACACACCCACAGCAGTTTTGGTTTAGGATTATCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AAATGGAAG         GTTCTGGCTAGATTTGACACCCTCAGATGTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110815 AAATGGAAGGTA...CAGGTTCTGGCTAGATTTGACACCCTCAGATGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTGGAATACCTCAGATACGGGCTGGGCAAAGTCTGCATGGAGTAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110972 TGTGGAATACCTCAGATACGGGCTGGGCAAAGTCTGCATGGAGTAGTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTTCTCCGTGGATCCAGGGAGCATGTGTATTCACACACCATTTACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111022 TTTTCTCCGTGGATCCAGGGAGCATGTGTATTCACACACCATTTACCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTTGAGCCGACTTCTATCTTGCAA         ACACTCTCCAAGTACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111072 TTTTGAGCCGACTTCTATCTTGCAAGTA...CAGACACTCTCCAAGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCATCACAGTCTTCTGTTCAGCACCAACTGTATACCGAATGCTTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111690 CCATCACAGTCTTCTGTTCAGCACCAACTGTATACCGAATGCTTGTACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AATGATATAACCAG         CTATAAGTTTAAAAGCTTAAAGCACTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111740 AATGATATAACCAGGTA...AAGCTATAAGTTTAAAAGCTTAAAGCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTGAGTGCTGGGGAACCAATTACCCCTGACGTGACTGAAAAATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114977 TGTGAGTGCTGGGGAACCAATTACCCCTGACGTGACTGAAAAATGGAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAAGACGGGCCTGGATATCTACGAAGGATATGGACAGACTGAAACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115027 ACAAGACGGGCCTGGATATCTACGAAGGATATGGACAGACTGAAACGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144       GTGCTAATCTGTGGAAATTTTAAGGGAATGAAAATTAAACCTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115077 ...TAGGTGCTAATCTGTGGAAATTTTAAGGGAATGAAAATTAAACCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTCAATGGGAAAACCTTCTCCTGCTTTCGATGTTAAGGTTTGCACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116088 CTCAATGGGAAAACCTTCTCCTGCTTTCGATGTTAAGGTTTGCACATCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTTCCAGGAGAATGTTTAACAACCCAATCTGTACACTACCTACCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116138 CTTCCAGGAGAATGTTTAACAACCCAATCTGTACACTACCTACCTACCGC

   1350     .    :    .    :    .
   1288 TTACCCCCATATAAACTTTCTTTGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 116188 TTACCCCCATATAAACTTTCTTTGTTA