seq1 = pF1KE4417.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KE4417/gi568815582r_58608174.tfa (gi568815582r:58608174_58834228), 226055 bp

>pF1KE4417 1290
>gi568815582r:58608174_58834228 (Chr16)

(complement)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-246  (110327-110483)   100% ->
247-375  (111951-112079)   100% ->
376-435  (114974-115033)   100% ->
436-597  (115541-115702)   100% ->
598-702  (115929-116033)   100% ->
703-853  (117416-117566)   100% ->
854-1019  (118050-118215)   100% ->
1020-1170  (124662-124812)   100% ->
1171-1290  (125936-126055)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGCTGCACTCCGGCCGCGTCCTCCCCGGGATCGCCGCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGCTGCACTCCGGCCGCGTCCTCCCCGGGATCGCCGCCGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCCGGGCCTCGCCGCCGCGGCCTCTGCCAGAGCCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 CCACCCGGGCCTCGCCGCCGCGGCCTCTGCCAGAGCCAGGTA...CAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGGTGGACCCATGTGGAAATGGGACCTCCAGATCCCATTCTGGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110329 CCTGGTGGACCCATGTGGAAATGGGACCTCCAGATCCCATTCTGGGAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGAAGCCTTTAAGAGGGACACCAATAGCAAAAAGATGAATCTGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110379 ACTGAAGCCTTTAAGAGGGACACCAATAGCAAAAAGATGAATCTGGGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGTGCCTACCGGGATGATAATGGAAAGCCTTACGTTCTGCCTAGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110429 TGGTGCCTACCGGGATGATAATGGAAAGCCTTACGTTCTGCCTAGCGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAG         GCAGAGGCCCAGATTGCCGCAAAAAATTTGGACAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110479 GCAAGGTG...TAGGCAGAGGCCCAGATTGCCGCAAAAAATTTGGACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAATACCTGCCCATTGGGGGACTGGCTGAATTTTGCAAGGCATCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111987 GAATACCTGCCCATTGGGGGACTGGCTGAATTTTGCAAGGCATCTGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTAGCCCTGGGTGAGAACAGCGAAGTCTTGAAGAGTGGCCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112037 ACTAGCCCTGGGTGAGAACAGCGAAGTCTTGAAGAGTGGCCGGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   TTTGTCACTGTGCAGACCATTTCTGGAACTGGAGCCTTAAGGATCGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114972 AGTTTGTCACTGTGCAGACCATTTCTGGAACTGGAGCCTTAAGGATCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAGTTTTCTG         CAAAGATTTTTTAAGTTCAGCCGAGATGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115022 GCCAGTTTTCTGGTG...TAGCAAAGATTTTTTAAGTTCAGCCGAGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTCTGCCCAAACCAACCTGGGGAAACCACACACCCATCTTCAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115570 CTTTCTGCCCAAACCAACCTGGGGAAACCACACACCCATCTTCAGGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGGCATGCAGCTACAAGGTTATCGGTATTATGACCCCAAGACTTGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115620 CTGGCATGCAGCTACAAGGTTATCGGTATTATGACCCCAAGACTTGCGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGACTTCACAGGCGCTGTGGAGGATATTTCA         AAAATACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115670 TTTGACTTCACAGGCGCTGTGGAGGATATTTCAGTA...TAGAAAATACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAGCAGAGTGTTCTTCTTCTGCATGCCTGCGCCCACAATCCCACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115937 AGAGCAGAGTGTTCTTCTTCTGCATGCCTGCGCCCACAATCCCACGGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGACCCGCGTCCGGAACAGTGGAAGGAAATAGCAACAGTGGTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115987 TGGACCCGCGTCCGGAACAGTGGAAGGAAATAGCAACAGTGGTGAAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       AAAAGGAATCTCTTTGCGTTCTTTGACATGGCCTACCAAGGCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116037 ...CAGAAAAGGAATCTCTTTGCGTTCTTTGACATGGCCTACCAAGGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCAGTGGTGATGGTGATAAGGATGCCTGGGCTGTGCGCCACTTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117460 TGCCAGTGGTGATGGTGATAAGGATGCCTGGGCTGTGCGCCACTTCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACAGGGCATTAATGTTTGCCTCTGCCAATCATATGCCAAGAACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117510 AACAGGGCATTAATGTTTGCCTCTGCCAATCATATGCCAAGAACATGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTATATG         GTGAGCGTGTAGGAGCCTTCACTATGGTCTGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117560 TTATATGGTA...CAGGTGAGCGTGTAGGAGCCTTCACTATGGTCTGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGCGGATGAAGCCAAAAGGGTAGAGTCACAGTTGAAGATCTTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118084 AGATGCGGATGAAGCCAAAAGGGTAGAGTCACAGTTGAAGATCTTGATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTCCCATGTATTCCAACCCTCCCCTCAATGGGGCCCGGATTGCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118134 GTCCCATGTATTCCAACCCTCCCCTCAATGGGGCCCGGATTGCTGCTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTCTGAACACCCCAGATTTGCGAAAACAATG         GCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118184 ATTCTGAACACCCCAGATTTGCGAAAACAATGGTA...CAGGCTGCAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTGAAAGTCATGGCTGACCGCATCATTGGCATGCGGACTCAACTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124671 AGTGAAAGTCATGGCTGACCGCATCATTGGCATGCGGACTCAACTGGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAACCTCAAGAAGGAGGGTTCCACCCACAATTGGCAACACATCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124721 CCAACCTCAAGAAGGAGGGTTCCACCCACAATTGGCAACACATCACCGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAAATTGGCATGTTCTGTTTCACAGGGCTAAAGCCTGAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124771 CAAATTGGCATGTTCTGTTTCACAGGGCTAAAGCCTGAACAGGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171  GTGGAGCGGCTGATCAAGGAGTTCTCCATCTACATGACAAAAGATGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125935 GGTGGAGCGGCTGATCAAGGAGTTCTCCATCTACATGACAAAAGATGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCATCTCTGTGGCAGGGGTCACCTCCAGCAACGTGGGCTACCTTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125985 GCATCTCTGTGGCAGGGGTCACCTCCAGCAACGTGGGCTACCTTGCCCAT

   1350     .    :    .    :
   1270 GCCATTCACCAGGCCACCAAG
        ||||||||||||| |||||||
 126035 GCCATTCACCAGGTCACCAAG