seq1 = pF1KE4415.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KE4415/gi568815587r_118924913.tfa (gi568815587r:118924913_119129369), 204457 bp

>pF1KE4415 1287
>gi568815587r:118924913_119129369 (Chr11)

(complement)

1-148  (100001-100148)   100% ->
149-381  (100944-101176)   100% ->
382-625  (101498-101742)   99% ->
626-784  (102275-102433)   100% ->
785-870  (102682-102767)   100% ->
871-984  (103290-103403)   100% ->
985-1123  (104041-104179)   100% ->
1124-1287  (104294-104457)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCAGGGCTATGGCTATTATCGCACTGTGATCTTCTCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCCAGGGCTATGGCTATTATCGCACTGTGATCTTCTCAGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGGGGGCTACAGCCTGTATTACTTCAATCGCAAGACCTTCTCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTGGGGGCTACAGCCTGTATTACTTCAATCGCAAGACCTTCTCCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATGCCATCATTGGTGGAAGAGATCCCTTTGGACAAGGATGATTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 TCATGCCATCATTGGTGGAAGAGATCCCTTTGGACAAGGATGATTTGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        GGTTCATCACCAGCAGCCAGTCGGCAGCTTATGCTATCAGCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 G...CAGGGTTCATCACCAGCAGCCAGTCGGCAGCTTATGCTATCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGTCAGTGGGGTGCTGTCTGACCAGATGAGTGCTCGCTGGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100987 GTTTGTCAGTGGGGTGCTGTCTGACCAGATGAGTGCTCGCTGGCTCTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTCTGGGCTGCTCCTGGTTGGCCTGGTCAACATATTCTTTGCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101037 CTTCTGGGCTGCTCCTGGTTGGCCTGGTCAACATATTCTTTGCCTGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCACAGTACCTGTCTTTGCTGCCCTCTGGTTCCTTAATGGCCTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101087 TCCACAGTACCTGTCTTTGCTGCCCTCTGGTTCCTTAATGGCCTGGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGGCTGGGCTGGCCCCCATGTGGGAAGGTCCTGCGGAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101137 GGGGCTGGGCTGGCCCCCATGTGGGAAGGTCCTGCGGAAGGTG...CAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGTTTGAGCCATCTCAGTTTGGCACTTGGTGGGCCATCCTGTCAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 GGTTTGAGCCATCTCAGTTTGGCACTTGGTGGGCCATCCTGTCAACCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGAACCTGGCTGGAGGGCTGGGCCCTATCCTGGCAACCATCCTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 ATGAACCTGGCTGGAGGGCTGGGCCCTATCCTGGCAACCATCCTTGCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGCTACAGCTGGCGCAGCACGCTGGCCCTATCTGGGGCACTGTG TGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||
 101599 GAGCTACAGCTGGCGCAGCACGCTGGCCCTATCTGGGGCACTGTGGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 GTTGTCTCCTTCCTCTGTCTCCTGCTCATCCACAATGAACCTGCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 GTTGTCTCCTTCCTCTGTCTCCTGCTCATCCACAATGAACCTGCTGATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 TGGACTCCGCAACCTGGACCCCATGCCCTCTGAGGGCAAGAAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101699 TGGACTCCGCAACCTGGACCCCATGCCCTCTGAGGGCAAGAAGGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626    GCTCCTTGAAGGAGGAGAGCACCCTGCAGGAGCTGCTGCTGTCCCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102272 CAGGCTCCTTGAAGGAGGAGAGCACCCTGCAGGAGCTGCTGCTGTCCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 TACCTGTGGGTGCTCTCCACTGGTTACCTTGTGGTGTTTGGAGTAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 TACCTGTGGGTGCTCTCCACTGGTTACCTTGTGGTGTTTGGAGTAAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 CTGCTGTACTGACTGGGGCCAGTTCTTCCTTATCCAGGAGAAAGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 CTGCTGTACTGACTGGGGCCAGTTCTTCCTTATCCAGGAGAAAGGACAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 CAGCCCTTGTAG         GTAGCTCCTACATGAGTGCCCTGGAAGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102422 CAGCCCTTGTAGGTA...CAGGTAGCTCCTACATGAGTGCCCTGGAAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 GGGGGCCTTGTAGGCAGCATCGCAGCTGGCTACCTGTCAGACCGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102711 GGGGGCCTTGTAGGCAGCATCGCAGCTGGCTACCTGTCAGACCGGGCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 GGCAAAG         GCGGGACTGTCCAACTACGGGAACCCTCGCCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102761 GGCAAAGGTG...TAGGCGGGACTGTCCAACTACGGGAACCCTCGCCATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 GCCTGTTGCTGTTCATGATGGCTGGCATGACAGTGTCCATGTACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103324 GCCTGTTGCTGTTCATGATGGCTGGCATGACAGTGTCCATGTACCTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955 CGGGTAACAGTGACCAGTGACTCCCCCAAG         CTCTGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103374 CGGGTAACAGTGACCAGTGACTCCCCCAAGGTA...CAGCTCTGGATCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 GGTATTGGGAGCTGTATTTGGTTTCTCCTCGTATGGCCCCATTGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104052 GGTATTGGGAGCTGTATTTGGTTTCTCCTCGTATGGCCCCATTGCCCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046 TTGGAGTCATAGCCAACGAGAGTGCCCCTCCCAACTTGTGTGGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104102 TTGGAGTCATAGCCAACGAGAGTGCCCCTCCCAACTTGTGTGGCACCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 CACGCCATTGTGGGACTCATGGCCAATG         TGGGCGGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104152 CACGCCATTGTGGGACTCATGGCCAATGGTA...CAGTGGGCGGCTTTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 GGCTGGGCTGCCCTTCAGCACCATTGCCAAGCACTACAGTTGGAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104307 GGCTGGGCTGCCCTTCAGCACCATTGCCAAGCACTACAGTTGGAGCACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 CCTTCTGGGTGGCTGAAGTGATTTGTGCGGCCAGCACGGCTGCCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104357 CCTTCTGGGTGGCTGAAGTGATTTGTGCGGCCAGCACGGCTGCCTTCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237 CTCCTACGAAACATCCGCACCAAGATGGGCCGAGTGTCCAAGAAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104407 CTCCTACGAAACATCCGCACCAAGATGGGCCGAGTGTCCAAGAAGGCTGA

   1350 
   1287 G
        |
 104457 G