seq1 = pF1KE4411.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE4411/gi568815596f_73730857.tfa (gi568815596f:73730857_73962256), 231400 bp

>pF1KE4411 1272
>gi568815596f:73730857_73962256 (Chr2)

1-203  (100001-100203)   99% ->
204-279  (113957-114032)   100% ->
280-375  (114311-114406)   100% ->
376-742  (116531-116897)   100% ->
743-867  (118507-118631)   100% ->
868-1005  (119520-119657)   100% ->
1006-1118  (128398-128510)   100% ->
1119-1218  (129196-129295)   100% ->
1219-1272  (131347-131400)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACCACGGAGATGTGAGCCTCCCGCCCGAAGACCGGGTGAGGGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGACCATGGAGATGTGAGCCTCCCGCCCGAAGACCGGGTGAGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTCCCAGCTGGGTAGTGCGGTAGAGGTGAATGAAGACATTCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCTCCCAGCTGGGTAGTGCGGTAGAGGTGAATGAAGACATTCCACCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCGGTACTTCCGCTCTGGAGTTGAGATTATCCGAATGGCATCCATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCGGTACTTCCGCTCTGGAGTTGAGATTATCCGAATGGCATCCATTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTGAGGAAGGCAACATTGAACATGCCTTCATCCTCTATAACAAGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTGAGGAAGGCAACATTGAACATGCCTTCATCCTCTATAACAAGTATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAC         GCTCTTTATTGAGAAACTACCAAAACATCGAGATTACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACGTA...TAGGCTCTTTATTGAGAAACTACCAAAACATCGAGATTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATCTGCTGTCATTCCTGAAAAGAAAGACACAGTAAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113995 AATCTGCTGTCATTCCTGAAAAGAAAGACACAGTAAAGGTG...CAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAAAGGAGATTGCATTTCCCAAAGCAGAAGAGCTGAAGGCAGAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114314 TTAAAGGAGATTGCATTTCCCAAAGCAGAAGAGCTGAAGGCAGAGCTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAACGATATACCAAAGAATATACAGAATATAATGAAGAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114364 AAAACGATATACCAAAGAATATACAGAATATAATGAAGAAAAGGTC...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   AAGAAGGAAGCAGAGGAATTGGCCCGGAACATGGCCATCCAGCAAGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116529 AGAAGAAGGAAGCAGAGGAATTGGCCCGGAACATGGCCATCCAGCAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGAAAAGGAAAAACAGAGGGTAGCACAACAGAAGCAGCAGCAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116579 CTGGAAAAGGAAAAACAGAGGGTAGCACAACAGAAGCAGCAGCAATTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAGGAACAGTTCCATGCCTTCGAGGAGATGATCCGGAACCAGGAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116629 ACAGGAACAGTTCCATGCCTTCGAGGAGATGATCCGGAACCAGGAGCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAAGAGCGACTGAAAATTGTACAGGAGTTTGGGAAGGTAGACCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116679 AAAAAGAGCGACTGAAAATTGTACAGGAGTTTGGGAAGGTAGACCCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGGTGGCCCGCTAGTGCCTGACTTGGAGAAGCCCTCCTTAGATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116729 CTAGGTGGCCCGCTAGTGCCTGACTTGGAGAAGCCCTCCTTAGATGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCCACCTTAACAGTCTCATCCATACAGCCTTCAGACTGTCACACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116779 CCCCACCTTAACAGTCTCATCCATACAGCCTTCAGACTGTCACACAACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAAGGCCAGCTAAGCCACCTGTGGTGGACAGGTCCTTGAAACCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116829 TAAGGCCAGCTAAGCCACCTGTGGTGGACAGGTCCTTGAAACCTGGAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGAGCAACTCAGAAAGTA         TTCCCACAATCGATGGATTGCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116879 CTGAGCAACTCAGAAAGTAGTA...CAGTTCCCACAATCGATGGATTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCATGTGGTGGTGCCTGGGCGGCTGTGCCCACAGTTTCTCCAGTTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118529 CCATGTGGTGGTGCCTGGGCGGCTGTGCCCACAGTTTCTCCAGTTAGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGCCAACACTGCCCGGGGAGTGGAGACATGTGGAATTCTCTGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118579 GTGCCAACACTGCCCGGGGAGTGGAGACATGTGGAATTCTCTGTGGAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTG         ATGAGGAATGAATTTACCATTACCCATGTTCTCATCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118629 CTGGTA...CAGATGAGGAATGAATTTACCATTACCCATGTTCTCATCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAGCAAAGTGCTGGGTCTGATTACTGCAACACAGAGAACGAAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119558 CAAGCAAAGTGCTGGGTCTGATTACTGCAACACAGAGAACGAAGAAGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTTTCCTCATACAGGATCAGCAGGGCCTCATCACACTGGGCTGGATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119608 TTTTCCTCATACAGGATCAGCAGGGCCTCATCACACTGGGCTGGATTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006          ACTCACCCCACACAGACCGCGTTTCTCTCCAGTGTCGACCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119658 GTA...CAGACTCACCCCACACAGACCGCGTTTCTCTCCAGTGTCGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACACACTCACTGCTCTTACCAGATGATGTTGCCAGAGTCAGTAGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128439 ACACACTCACTGCTCTTACCAGATGATGTTGCCAGAGTCAGTAGCCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTTGCTCCCCCAAGTTCCAGGA         AACTGGATTCTTTAAACTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128489 TTTGCTCCCCCAAGTTCCAGGAGTG...CAGAACTGGATTCTTTAAACTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTGACCATGGACTAGAGGAGATTTCTTCCTGTCGCCAGAAAGGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129215 ACTGACCATGGACTAGAGGAGATTTCTTCCTGTCGCCAGAAAGGATTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCCACACAGCAAGGATCCACCTCTGTTCTGT         AGCTGCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 129265 TCCACACAGCAAGGATCCACCTCTGTTCTGTGTA...CAGAGCTGCAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGTGACTGTTGTGGACAGAGCAGTGACCATCACAGACCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131357 ACGTGACTGTTGTGGACAGAGCAGTGACCATCACAGACCTTCGA