seq1 = pF1KE4410.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE4410/gi568815587r_59753202.tfa (gi568815587r:59753202_59966470), 213269 bp

>pF1KE4410 1269
>gi568815587r:59753202_59966470 (Chr11)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-259  (102385-102564)   100% ->
260-400  (103749-103889)   100% ->
401-556  (104789-104944)   100% ->
557-747  (107204-107394)   100% ->
748-937  (110413-110602)   99% ->
938-1121  (111636-111819)   100% ->
1122-1240  (113150-113268)   100% ->
1241-1269  (113435-113463)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACAGTCACACCAGCTGCCCCTAGTGGGGCTCTTACTGTTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACAGTCACACCAGCTGCCCCTAGTGGGGCTCTTACTGTTTTCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTCCAAGCCAACTATGCGAGATTTGTG         AGGTAAGTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TATTCCAAGCCAACTATGCGAGATTTGTGGTG...CAGAGGTAAGTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAACTACATCCGCCTAAAACCTCTGTTGAATACAATGATCCAGTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102397 AAAACTACATCCGCCTAAAACCTCTGTTGAATACAATGATCCAGTCAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATAACAGGGGAACCAGCGCTGTCAATGTTGTGTTGTCCCTCAAACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102447 TATAACAGGGGAACCAGCGCTGTCAATGTTGTGTTGTCCCTCAAACTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAATCCAGATCCAAACCCTGATGCAAAAGATGATCCAACAAATCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102497 TGGAATCCAGATCCAAACCCTGATGCAAAAGATGATCCAACAAATCAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAATGTGAAAAGCAGAT         TGTCAGATGTAAGCTCGGGAGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102547 ACAATGTGAAAAGCAGATGTA...CAGTGTCAGATGTAAGCTCGGGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGCCTTGATTATACTGGCTTTGGGAGTATGTCGTAACGCTGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103772 CTTGCCTTGATTATACTGGCTTTGGGAGTATGTCGTAACGCTGAGGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTAATATATGATTACCACCTGATCGACAAGCTAGAAAATAAATTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103822 CTTAATATATGATTACCACCTGATCGACAAGCTAGAAAATAAATTCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAATTGAAAATATGG         AAGCACACAATGGCACTCCCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103872 CAGAAATTGAAAATATGGGTA...TAGAAGCACACAATGGCACTCCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTAACTACTACCAGCTCAGCCTGGACGTTTTGGCCTTGTGTCTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104812 ACTAACTACTACCAGCTCAGCCTGGACGTTTTGGCCTTGTGTCTGTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGGAACTACTCAACCGCCGAAGTTGTCAACCACTTCACTCCTGAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104862 TGGGAACTACTCAACCGCCGAAGTTGTCAACCACTTCACTCCTGAAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAACTATTATTTTGGTAGCCAGTTCTCAGTAG         ATACTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104912 AAAACTATTATTTTGGTAGCCAGTTCTCAGTAGGTG...CAGATACTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAATGGCTGTCCTGGCTCTGACCTGTGTGAAGAAGAGTCTAATAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107212 GCAATGGCTGTCCTGGCTCTGACCTGTGTGAAGAAGAGTCTAATAAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGATCAAAGCAGATGAAGGCAGTTTAAAGAACATCAGTATTTATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107262 GCAGATCAAAGCAGATGAAGGCAGTTTAAAGAACATCAGTATTTATACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTCACTGGTAGAAAAGATTCTGTCTGAGAAAAAAGAAAATGGTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107312 AGTCACTGGTAGAAAAGATTCTGTCTGAGAAAAAAGAAAATGGTCTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAAACACATTTAGCACAGGAGAAGCCATGCAG         GCCCTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107362 GGAAACACATTTAGCACAGGAGAAGCCATGCAGGTA...TAGGCCCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTATCATCAGACTATTATAATGAAAATGACTGGAATTGCCAACAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110421 TGTATCATCAGACTATTATAATGAAAATGACTGGAATTGCCAACAAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAATACAGTGCTCACGGAAATTTCTCAAGGAGCATTCAGTAATCCAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 110471 TGAATACAGTGCTCACGGAAATTTCTCAAGGAGCATTCAGCAATCCAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTGCAGCCCAGGTCTTACCTGCCCTGATGGGAAAGACCTTCTTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110521 GCTGCAGCCCAGGTCTTACCTGCCCTGATGGGAAAGACCTTCTTGGATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAACAAAGACTCTTCTTGCGTCTCTGCTTCAG         GTAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110571 TAACAAAGACTCTTCTTGCGTCTCTGCTTCAGGTA...CAGGTAACTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACATCTCCGCTGATGAGCCTATAACTGTGACACCTCCTGACTCACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111645 ACATCTCCGCTGATGAGCCTATAACTGTGACACCTCCTGACTCACAATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TATATCTCCGTCAATTACTCTGTGAGAATCAATGAAACATATTTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111695 TATATCTCCGTCAATTACTCTGTGAGAATCAATGAAACATATTTCACCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTCACTGTGCTAAATGGTTCTGTCTTCCTCAGTGTGATGGAGAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111745 TGTCACTGTGCTAAATGGTTCTGTCTTCCTCAGTGTGATGGAGAAAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGAAAATGAATGATACTATATTTGG         TTTCACAATGGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111795 AGAAAATGAATGATACTATATTTGGGTA...CAGTTTCACAATGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CGCTCATGGGGGCCCTATATCACCTGTATTCAGGGCCTATGTGCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113166 CGCTCATGGGGGCCCTATATCACCTGTATTCAGGGCCTATGTGCCAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TAATGACAGAACCTACTGGGAACTTCTGAGTGGAGGCGAACCACTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113216 TAATGACAGAACCTACTGGGAACTTCTGAGTGGAGGCGAACCACTGAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAG         GAGCTGGTAGTTACGTTGTCCGCAATGGA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113266 AAGGTA...CAGGAGCTGGTAGTTACGTTGTCCGCAATGGA