seq1 = pF1KE4409.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE4409/gi568815592f_109341122.tfa (gi568815592f:109341122_109543902), 202781 bp

>pF1KE4409 1269
>gi568815592f:109341122_109543902 (Chr6)

1-50  (100001-100050)   100% ->
51-147  (100236-100332)   100% ->
148-224  (100431-100507)   100% ->
225-318  (100853-100946)   100% ->
319-408  (101089-101178)   100% ->
409-491  (101422-101504)   100% ->
492-624  (101631-101763)   100% ->
625-729  (101856-101960)   100% ->
730-883  (102146-102299)   99% ->
884-1269  (102396-102781)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCCAACTTCTCCCTGCGACTGCGGATCTTCAACCTCAACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCCAACTTCTCCCTGCGACTGCGGATCTTCAACCTCAACTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51          GGGCATTCCGTACTTGAGCAAGCACCGGGCCGACCGCATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTG...TAGGGGCATTCCGTACTTGAGCAAGCACCGGGCCGACCGCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCGCCTGGGAGACTTTCTGAACCAGGAGAGCTTCGACCTGGCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100277 GGCGCCTGGGAGACTTTCTGAACCAGGAGAGCTTCGACCTGGCTTTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAG         GTGTGGAGTGAGCAGGACTTCCAGTACCTGAGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 GAGGAGGTG...CAGGTGTGGAGTGAGCAGGACTTCCAGTACCTGAGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGCTGTCACCTACCTACCCAGCTGCACACCACTTCCGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100466 GAAGCTGTCACCTACCTACCCAGCTGCACACCACTTCCGGAGGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225  CGGAATCATTGGCAGTGGCCTCTGTGTCTTCTCCAAACATCCAATCCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 GCGGAATCATTGGCAGTGGCCTCTGTGTCTTCTCCAAACATCCAATCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGCTTACCCAGCACATCTACACTCTCAATGGCTACCCCTACATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100902 GAGCTTACCCAGCACATCTACACTCTCAATGGCTACCCCTACATGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    319     ATCCATCATGGTGACTGGTTCAGTGGGAAGGCTGTGGGGCTGCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100952 .CAGATCCATCATGGTGACTGGTTCAGTGGGAAGGCTGTGGGGCTGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTCCATCTAAGTGGCATGGTGCTCAACGCCTATGTGACCCAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101135 TGCTCCATCTAAGTGGCATGGTGCTCAACGCCTATGTGACCCATGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409    CTCCATGCCGAATACAATCGACAGAAGGACATCTACCTAGCACATCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101419 CAGCTCCATGCCGAATACAATCGACAGAAGGACATCTACCTAGCACATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGGCCCAAGCTTGGGAATTGGCCCAGTTCATCCA         CCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101469 TGTGGCCCAAGCTTGGGAATTGGCCCAGTTCATCCAGTG...CAGCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CATCCAAGAAGGCAGACGTGGTTCTGTTGTGTGGAGACCTCAACATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101636 CATCCAAGAAGGCAGACGTGGTTCTGTTGTGTGGAGACCTCAACATGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCAGAAGACCTGGGCTGCTGCCTGCTGAAGGAGTGGACAGGGCTTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101686 CCAGAAGACCTGGGCTGCTGCCTGCTGAAGGAGTGGACAGGGCTTCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCCTATCTTGAAACTCGGGACTTCAAG         GGCTCTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101736 TGCCTATCTTGAAACTCGGGACTTCAAGGTG...TAGGGCTCTGAGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCAACACAATGGTACCCAAGAACTGCTACGTCAGCCAGCAGGAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 GCAACACAATGGTACCCAAGAACTGCTACGTCAGCCAGCAGGAGCTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCATTTCCCTTTGGTGTCCGCATTGACTACGTGCTTTACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101919 CCATTTCCCTTTGGTGTCCGCATTGACTACGTGCTTTACAAGGTC...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730  GCAGTTTCTGGGTTTTACATCTCCTGTAAGAGTTTTGAAACCACTACAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102145 GGCAGTTTCTGGGTTTTACATCTCCTGTAAGAGTTTTGAAACCACTACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCTTTGACCCTCACAGTGGCACCCCCCTCTCTGATCATGAAGCCCTGATG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102195 GCTTTGACCCTCACAGGGGCACCCCCCTCTCTGATCATGAAGCCCTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTACTCTGTTTGTGAGGCACAGCCCCCCACAGCAGAACCCCAGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102245 GCTACTCTGTTTGTGAGGCACAGCCCCCCACAGCAGAACCCCAGCTCTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCACG         GACCAGCAGAGAGGTCGCCGTTGATGTGTGTGCTAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102295 CCACGGTG...TAGGACCAGCAGAGAGGTCGCCGTTGATGTGTGTGCTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGGAGGCCTGGACGGAGCTGGGTCTGGGCATGGCTCAGGCTCGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102432 AGGAGGCCTGGACGGAGCTGGGTCTGGGCATGGCTCAGGCTCGCTGGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCCACCTTCGCTAGCTATGTGATTGGCCTGGGGCTGCTTCTCCTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 GCCACCTTCGCTAGCTATGTGATTGGCCTGGGGCTGCTTCTCCTGGCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGTGTGTCCTGGCGGCTGGAGGAGGGGCCGGGGAAGCTGCCATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 GCTGTGTGTCCTGGCGGCTGGAGGAGGGGCCGGGGAAGCTGCCATACTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTGGACCCCCAGTGTAGGGCTGGTGCTGTGGGCAGGTGCATTCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102582 TCTGGACCCCCAGTGTAGGGCTGGTGCTGTGGGCAGGTGCATTCTACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCCACGTACAGGAGGTCAATGGCTTATATAGGGCCCAGGCTGAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102632 TTCCACGTACAGGAGGTCAATGGCTTATATAGGGCCCAGGCTGAGCTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCATGTGCTAGGAAGGGCAAGGGAGGCCCAGGATCTGGGCCCAGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102682 GCATGTGCTAGGAAGGGCAAGGGAGGCCCAGGATCTGGGCCCAGAGCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCCAGCCCTACTCCTGGGGCAGCAGGAGGGGGACAGAACTAAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102732 AGCCAGCCCTACTCCTGGGGCAGCAGGAGGGGGACAGAACTAAAGAACAA