seq1 = pF1KE4406.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KE4406/gi568815597f_75628400.tfa (gi568815597f:75628400_75862760), 234361 bp

>pF1KE4406 1263
>gi568815597f:75628400_75862760 (Chr1)

1-30  (96389-96418)   100% ->
31-118  (100002-100089)   100% ->
119-216  (104245-104342)   100% ->
217-286  (104454-104523)   100% ->
287-387  (105129-105229)   100% ->
388-468  (106392-106472)   100% ->
469-599  (111581-111711)   100% ->
600-708  (117407-117515)   100% ->
709-849  (121020-121160)   100% ->
850-945  (122052-122147)   98% ->
946-1194  (132723-132971)   100% ->
1195-1263  (134293-134361)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGGGGTTCGGGCGATGCTGCAGG         GTCCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  96389 ATGGCAGCGGGGTTCGGGCGATGCTGCAGGGTG...CAGGTCCTGAGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATTTCTCGTTTTCATTGGAGATCACAGCATACAAAAGCCAATCGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TATTTCTCGTTTTCATTGGAGATCACAGCATACAAAAGCCAATCGACAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAACCAGGATTAGGATTTAGTTTTG         AGTTCACCGAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100063 GTGAACCAGGATTAGGATTTAGTTTTGGTA...TAGAGTTCACCGAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGAAAGAATTTCAAGCTACTGCTCGTAAATTTGCCAGAGAGGAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104259 CAGAAAGAATTTCAAGCTACTGCTCGTAAATTTGCCAGAGAGGAAATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCAGTGGCTGCAGAATATGATAAAACTGGTGAA         TATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104309 CCCAGTGGCTGCAGAATATGATAAAACTGGTGAAGTA...TAGTATCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCCCCTAATTAGAAGAGCCTGGGAACTTGGTTTAATGAACACACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104461 TCCCCCTAATTAGAAGAGCCTGGGAACTTGGTTTAATGAACACACACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGAGAACTGTG         GAGGTCTTGGACTTGGAACTTTTGATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104511 CCAGAGAACTGTGGTA...TAGGAGGTCTTGGACTTGGAACTTTTGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTGTTTAATTAGTGAAGAATTGGCTTATGGATGTACAGGGGTTCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105157 TTGTTTAATTAGTGAAGAATTGGCTTATGGATGTACAGGGGTTCAGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTATTGAAGGAAATTCTTTGGGG         CAAATGCCTATTATTATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105207 CTATTGAAGGAAATTCTTTGGGGGTA...TAGCAAATGCCTATTATTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCTGGAAATGATCAACAAAAGAAGAAGTATTTGGGGAGAATGACTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106410 GCTGGAAATGATCAACAAAAGAAGAAGTATTTGGGGAGAATGACTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCCATTGATGTGT         GCTTATTGTGTAACAGAACCTGGAGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106460 GCCATTGATGTGTGTG...AAGGCTTATTGTGTAACAGAACCTGGAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCTCTGATGTAGCTGGTATAAAGACCAAAGCAGAAAAGAAAGGAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111609 GCTCTGATGTAGCTGGTATAAAGACCAAAGCAGAAAAGAAAGGAGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TATATTATTAATGGTCAGAAGATGTGGATAACCAACGGAGGAAAAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111659 TATATTATTAATGGTCAGAAGATGTGGATAACCAACGGAGGAAAAGCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTG         GTATTTTTTATTGGCACGTTCTGATCCAGATCCTAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111709 TTGGTA...TAGGTATTTTTTATTGGCACGTTCTGATCCAGATCCTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCCTGCTAATAAAGCCTTTACTGGATTCATTGTGGAAGCAGATACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117445 CTCCTGCTAATAAAGCCTTTACTGGATTCATTGTGGAAGCAGATACCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGAATTCAGATTGGGAGAAAG         GAATTAAACATGGGCCAGCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117495 GGAATTCAGATTGGGAGAAAGGTA...TAGGAATTAAACATGGGCCAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATGTTCAGATACTAGAGGAATTGTCTTCGAAGATGTGAAAGTGCCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121040 ATGTTCAGATACTAGAGGAATTGTCTTCGAAGATGTGAAAGTGCCTAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAAATGTTTTAATTGGTGACGGAGCTGGTTTCAAAGTTGCAATGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121090 AAAATGTTTTAATTGGTGACGGAGCTGGTTTCAAAGTTGCAATGGGAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTTGATAAAACCAGACCTGTA         GTAGCTGCTGGTGTTGTTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| ||||||
 121140 TTTGATAAAACCAGACCTGTAGTA...TAGGTAGCTGCTGGTGCTGTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ATTAGCACAAAGAGCTTTGGATGAAGCTACCAAGTATGCCCTGGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122072 ATTAGCACAAAGAGCTTTGGATGAAGCTACCAAGTATGCCCTGGAAAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAACTTTCGGAAAGCTACTTGTAGAG         CACCAAGCAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122122 AAACTTTCGGAAAGCTACTTGTAGAGGTA...TAGCACCAAGCAATATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TTTATGCTGGCTGAAATGGCAATGAAAGTTGAACTAGCTAGAATGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132738 TTTATGCTGGCTGAAATGGCAATGAAAGTTGAACTAGCTAGAATGAGTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGAGAGCAGCTTGGGAGGTTGATTCTGGTCGTCGAAATACCTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132788 CCAGAGAGCAGCTTGGGAGGTTGATTCTGGTCGTCGAAATACCTATTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CTTCTATTGCAAAGGCATTTGCTGGAGATATTGCAAATCAGTTAGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132838 CTTCTATTGCAAAGGCATTTGCTGGAGATATTGCAAATCAGTTAGCTACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GATGCTGTGCAGATACTTGGAGGCAATGGATTTAATACAGAATATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132888 GATGCTGTGCAGATACTTGGAGGCAATGGATTTAATACAGAATATCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGAAAAACTAATGAGGGATGCCAAAATCTATCAG         ATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 132938 AGAAAAACTAATGAGGGATGCCAAAATCTATCAGGTA...CAGATTTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAGGTACTTCACAAATTCAAAGACTTATTGTAGCCCGTGAACACATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134300 AAGGTACTTCACAAATTCAAAGACTTATTGTAGCCCGTGAACACATTGAC

   1350     .    :
   1252 AAGTACAAAAAT
        ||||||||||||
 134350 AAGTACAAAAAT