seq1 = pF1KE4405.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE4405/gi568815590f_72908887.tfa (gi568815590f:72908887_73146134), 237248 bp

>pF1KE4405 1257
>gi568815590f:72908887_73146134 (Chr8)

1-319  (100001-100319)   100% ->
320-415  (105009-105104)   100% ->
416-537  (111798-111919)   100% ->
538-624  (113330-113416)   100% ->
625-774  (115936-116085)   100% ->
775-887  (118054-118166)   100% ->
888-979  (123156-123247)   100% ->
980-1083  (130230-130333)   100% ->
1084-1257  (137075-137248)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGATGTTTCCTCAGCGGCCCCGAGCCCGCGGGGCTGTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGGATGTTTCCTCAGCGGCCCCGAGCCCGCGGGGCTGTGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTAGGGATGCCGACCCTACTGAGGAGCAGATGGCAGAAACAGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTAGGGATGCCGACCCTACTGAGGAGCAGATGGCAGAAACAGAGAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGACGAGGAGCAGTTCGAATGCCAGGAACTGCTCGAGTGCCAGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGACGAGGAGCAGTTCGAATGCCAGGAACTGCTCGAGTGCCAGGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGGGGCCCCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACGCGGGCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGGGGCCCCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACGCGGGCCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCGAGGCCGAGGCCGTGGCTGCCGGCTGGATGCTCGATTTCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCGAGGCCGAGGCCGTGGCTGCCGGCTGGATGCTCGATTTCCTCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCTCTTTGCCGAGCTTTCCGCGACGGCCGCTCCGAGGACTTCCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCTCTTTGCCGAGCTTTCCGCGACGGCCGCTCCGAGGACTTCCGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCGCAACAGCGCAGAGG         CTATTATTCATGGACTATCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCGCAACAGCGCAGAGGGTG...TAGCTATTATTCATGGACTATCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTAACAGCTTGCCAGTTGAGAACGATATACATATGTCAGTTTTTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105031 TCTAACAGCTTGCCAGTTGAGAACGATATACATATGTCAGTTTTTGACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAATTGCAGCAGGAAAAACCCTTG         ATGCACAGTTTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105081 GAATTGCAGCAGGAAAAACCCTTGGTA...AAGATGCACAGTTTGAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGAACGAATTACACCCTTGGAATCAGCCCTGATGATTTGGGGTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111815 GATGAACGAATTACACCCTTGGAATCAGCCCTGATGATTTGGGGTTCAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAAAGGAACATGACAAACTTCATGAAGAAATACAGAATTTAATTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111865 TGAAAAGGAACATGACAAACTTCATGAAGAAATACAGAATTTAATTAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTCAG         GCTATAGCTGTTTGTATGGAAAATGGCAACTTTAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111915 TTCAGGTA...TAGGCTATAGCTGTTTGTATGGAAAATGGCAACTTTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGCAGAAGAAGTCTTTGAAAGAATATTTGGTGATCCAAATTCTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113366 GAAGCAGAAGAAGTCTTTGAAAGAATATTTGGTGATCCAAATTCTCATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 G         CCTTTCAAAAGCAAATTGCTTATGATAATCTCTCAGAAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113416 GGTA...TAGCCTTTCAAAAGCAAATTGCTTATGATAATCTCTCAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATACATTTCATTCCTTTTTTCAACACTTCAGCTACAACCACATGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115976 ATACATTTCATTCCTTTTTTCAACACTTCAGCTACAACCACATGATGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAATTAAGAGTTATGTGAATTATGTGCTAAGTGAAAAATCATCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116026 AAAATTAAGAGTTATGTGAATTATGTGCTAAGTGAAAAATCATCAACCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCTAATGAAG         GCAGCGGCAAAAGTAGTAGAAAGCAAAAGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116076 TCTAATGAAGGTA...AAGGCAGCGGCAAAAGTAGTAGAAAGCAAAAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAAGAACAATAACTTCTCAAGATAAACCTAGTGGTAATGATGTTGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118085 CAAGAACAATAACTTCTCAAGATAAACCTAGTGGTAATGATGTTGAAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAACTGAAGCTAATTTGGATACAAGAAAAAG         GTCTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118135 GAAACTGAAGCTAATTTGGATACAAGAAAAAGGTT...TAGGTCTCACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAATCTTTTCTTATCTAAGTTGCAACATGGAACCCAGCAACAAGACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123165 GAATCTTTTCTTATCTAAGTTGCAACATGGAACCCAGCAACAAGACCTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATAAGAAAGAAAGAAGAGTAGGAACTCCTCAAA         GTACAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123215 ATAAGAAAGAAAGAAGAGTAGGAACTCCTCAAAGTG...TAGGTACAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGAAAAAAGAAAGCAGAAGAGCCACTGAAAGCAGAATACCTGTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130238 AAGAAAAAAGAAAGCAGAAGAGCCACTGAAAGCAGAATACCTGTTTCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGTCAGCCGGTAACTCCTGAAAAACATCGAGCTAGAAAAAGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 130288 GAGTCAGCCGGTAACTCCTGAAAAACATCGAGCTAGAAAAAGACAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GCATGGCTTTGGGAAGAAGACAAGAATTTGAGATCTGGCGTGAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130338 ..AAGGCATGGCTTTGGGAAGAAGACAAGAATTTGAGATCTGGCGTGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAATATGGAGAGGGAAACTGGTCTAAAATACTGTTGCATTATAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137120 AAATATGGAGAGGGAAACTGGTCTAAAATACTGTTGCATTATAAATTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACCGGACAAGTGTCATGTTAAAAGACAGATGGAGGACCATGAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137170 CAACCGGACAAGTGTCATGTTAAAAGACAGATGGAGGACCATGAAGAAAC

   1300     .    :    .    :    .
   1229 TAAAACTGATTTCCTCAGACAGCGAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 137220 TAAAACTGATTTCCTCAGACAGCGAAGAC