seq1 = pF1KE4404.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE4404/gi568815596f_218560988.tfa (gi568815596f:218560988_218763383), 202396 bp

>pF1KE4404 1257
>gi568815596f:218560988_218763383 (Chr2)

1-320  (100001-100320)   100% ->
321-460  (100419-100558)   100% ->
461-655  (100772-100966)   100% ->
656-719  (101210-101273)   100% ->
720-889  (101523-101692)   100% ->
890-1007  (101896-102013)   100% ->
1008-1257  (102147-102396)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACTTTCAGACTTTATTCTGGCTCTGAAGGACAATCCCTACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACTTTCAGACTTTATTCTGGCTCTGAAGGACAATCCCTACTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGGATTTGGGCTGGTGGGTGTGGGCACAGCCCTGGCCCTGGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGGATTTGGGCTGGTGGGTGTGGGCACAGCCCTGGCCCTGGCCCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGTGTCCAACTGGGCCTGGTGGCATTCCGGCGCCATTACATGATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGTGTCCAACTGGGCCTGGTGGCATTCCGGCGCCATTACATGATCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGAAGTCCCTGCTCGAGACAGGAGCTATGCCTGGTTGCTTAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGAAGTCCCTGCTCGAGACAGGAGCTATGCCTGGTTGCTTAGCTGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCCGCCACAGTACCCGTACTCAGCACCTCAGTGTCGAGACTTCGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCGCCACAGTACCCGTACTCAGCACCTCAGTGTCGAGACTTCGTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCAGCATGAGAGTGGCCGCATTTCCACTAAGTTTGAATTTGTCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCAGCATGAGAGTGGCCGCATTTCCACTAAGTTTGAATTTGTCCCCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGGAAACCATTTTATCTG         GTATCGGGGGAAATGGATTCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100301 CCTGGAAACCATTTTATCTGGTA...CAGGTATCGGGGGAAATGGATTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTAGAACGAAGTCGAGAGATGCAGATGATAGACTTGCAGACGGGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100440 GGTAGAACGAAGTCGAGAGATGCAGATGATAGACTTGCAGACGGGGACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTGGGAATCTGTCACCTTCACGGCCCTGGGCACTGACCGAAAGGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100490 CTTGGGAATCTGTCACCTTCACGGCCCTGGGCACTGACCGAAAGGTTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCAACATCCTGGAGGAAG         CTCGAGAGCTAGCCTTGCAGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100540 TTCAACATCCTGGAGGAAGGTG...CAGCTCGAGAGCTAGCCTTGCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGGAAGGGAAGACCGTGATGTACACAGCTGTGGGCTCTGAATGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100794 GGAGGAAGGGAAGACCGTGATGTACACAGCTGTGGGCTCTGAATGGCGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTTTGGCTATCCACGCCGCCGGCGACCACTGAATTCTGTGGTTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 CCTTTGGCTATCCACGCCGCCGGCGACCACTGAATTCTGTGGTTCTACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGGTCTGGCTGACCGAATTGTCAGAGACGTCCAGGAATTCATCGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 CAGGGTCTGGCTGACCGAATTGTCAGAGACGTCCAGGAATTCATCGATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCCAAGTGGTACACTGACAGAG         GCATTCCTTACAGACGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100944 CCCCAAGTGGTACACTGACAGAGGTG...TAGGCATTCCTTACAGACGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTACCTGCTTTATGGGCCCCCTGGTTGCGGAAAGAGCAGTTTTAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101228 GCTACCTGCTTTATGGGCCCCCTGGTTGCGGAAAGAGCAGTTTTATGTG.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720      CACAGCCCTGGCTGGGGAACTGGAGCACAGCATCTGCCTGCTGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 ..TAGCACAGCCCTGGCTGGGGAACTGGAGCACAGCATCTGCCTGCTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTCACGGACTCCAGCCTCTCTGATGACCGACTCAACCACCTGCTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 CCTCACGGACTCCAGCCTCTCTGATGACCGACTCAACCACCTGCTGAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGCCCCGCAGCAGAGCCTGGTACTCCTGGAGGATGTGGATGCTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 TGGCCCCGCAGCAGAGCCTGGTACTCCTGGAGGATGTGGATGCTGCTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCAGTCGAGACTTGGCTGTGGAGA         ACCCAGTAAAGTACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101668 CTCAGTCGAGACTTGGCTGTGGAGAGTA...CAGACCCAGTAAAGTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGGCCTAGGTCGCCTCACCTTCAGTGGACTGCTCAATGCCTTGGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101912 AGGCCTAGGTCGCCTCACCTTCAGTGGACTGCTCAATGCCTTGGATGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGCTTCCACCGAGGCCCGCATCGTGTTCATGACCACCAACCACGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 TGGCTTCCACCGAGGCCCGCATCGTGTTCATGACCACCAACCACGTTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AG         GCTGGACCCTGCCCTGATACGCCCGGGGCGAGTGGACCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 AGGTA...CAGGCTGGACCCTGCCCTGATACGCCCGGGGCGAGTGGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAGGAGTACGTGGGCTACTGCTCACACTGGCAGCTGACCCAGATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102186 GAAGGAGTACGTGGGCTACTGCTCACACTGGCAGCTGACCCAGATGTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGAGGTTCTATCCAGGGCAGGCACCTTCCTTAGCTGAGAACTTTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102236 AGAGGTTCTATCCAGGGCAGGCACCTTCCTTAGCTGAGAACTTTGCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CATGTCCTTCGAGCTACAAACCAGATCAGTCCTGCCCAGGTGCAGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102286 CATGTCCTTCGAGCTACAAACCAGATCAGTCCTGCCCAGGTGCAGGGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTTCATGCTGTATAAAAATGACCCTGTAGGGGCAATTCACAATGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102336 CTTCATGCTGTATAAAAATGACCCTGTAGGGGCAATTCACAATGCTGAGT

   1300     .    :
   1247 CTCTGAGGAGG
        |||||||||||
 102386 CTCTGAGGAGG