seq1 = pF1KE4403.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE4403/gi568815593f_81151133.tfa (gi568815593f:81151133_81366255), 215123 bp

>pF1KE4403 1257
>gi568815593f:81151133_81366255 (Chr5)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-351  (101563-101761)   100% ->
352-447  (103264-103359)   100% ->
448-669  (103861-104082)   100% ->
670-755  (105783-105868)   100% ->
756-879  (106601-106724)   100% ->
880-1014  (107988-108122)   100% ->
1015-1140  (112359-112484)   100% ->
1141-1257  (115007-115123)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGTATCTTTTCTAAGTTGCTAACTGGCCGCAATGCTTCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGTATCTTTTCTAAGTTGCTAACTGGCCGCAATGCTTCTCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGCTACCATGGGCACCAGTGTCCTGACCACCGGGTACCTGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTGCTACCATGGGCACCAGTGTCCTGACCACCGGGTACCTGCTGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCAGAAAGTGTGTGCCGAGGTCCGGGAGCAGCCTAGGCTATTTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCAGAAAGTGTGTGCCGAGGTCCGGGAGCAGCCTAGGCTATTTCCTCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         CGCAGACTACCCAGACCTGCGCAAGCACAACAACTGCAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTA...CAGCGCAGACTACCCAGACCTGCGCAAGCACAACAACTGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCGAGTGCCTCACCCCCGCCATTTATGCCAAGCTTCGCAACAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 GGCCGAGTGCCTCACCCCCGCCATTTATGCCAAGCTTCGCAACAAGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCCAACGGCTACACGCTGGACCAGTGCATCCAGACTGGAGTGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 CACCCAACGGCTACACGCTGGACCAGTGCATCCAGACTGGAGTGGACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGGCCACCCCTTCATAAAGACTGTGGGCATGGTGGCTGGTGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 CCTGGCCACCCCTTCATAAAGACTGTGGGCATGGTGGCTGGTGACGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCCTATGAG         GTGTTTGCTGACCTTTTTGACCCCGTCATCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 GTCCTATGAGGTA...CAGGTGTTTGCTGACCTTTTTGACCCCGTCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTAAGACACAACGGCTATGACCCCAGGGTGATGAAGCACACAACGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103295 AACTAAGACACAACGGCTATGACCCCAGGGTGATGAAGCACACAACGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGATGCATCAAAG         ATCACCCAAGGGCAGTTCGACGAGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103345 CTGGATGCATCAAAGGTA...CAGATCACCCAAGGGCAGTTCGACGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTACGTGCTGTCTTCTCGGGTGCGCACTGGCCGCAGCATCCGTGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103887 TTACGTGCTGTCTTCTCGGGTGCGCACTGGCCGCAGCATCCGTGGGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTGCCTCCAGCCTGCACCCGGGCCGAGCGAAGGGAGGTAGAGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103937 GCCTGCCTCCAGCCTGCACCCGGGCCGAGCGAAGGGAGGTAGAGAACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCATCACTGCCCTGGAGGGCCTCAAGGGGGACCTGGCTGGCCGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103987 GCCATCACTGCCCTGGAGGGCCTCAAGGGGGACCTGGCTGGCCGCTACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGCTGTCCGAGATGACGGAGCAGGACCAGCAGCGGCTCATCGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104037 CAAGCTGTCCGAGATGACGGAGCAGGACCAGCAGCGGCTCATCGATGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670      GACCACTTTCTGTTTGATAAGCCAGTGTCCCCTTTATTAACATGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104087 ..CAGGACCACTTTCTGTTTGATAAGCCAGTGTCCCCTTTATTAACATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGGGATGGCCCGTGACTGGCCAGATGCCAGGGGAATCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105828 GCTGGGATGGCCCGTGACTGGCCAGATGCCAGGGGAATCTGGTA...TAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCATAATTATGATAAGACATTTCTCATCTGGATAAATGAGGAGGATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106601 GCATAATTATGATAAGACATTTCTCATCTGGATAAATGAGGAGGATCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGGGTAATCTCAATGGAAAAAGGAGGCAATATGAAACGAGTATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106651 CCAGGGTAATCTCAATGGAAAAAGGAGGCAATATGAAACGAGTATTTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGATTCTGTCGTGGACTAAAAGAA         GTAGAACGGTTAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106701 CGATTCTGTCGTGGACTAAAAGAAGTA...TAGGTAGAACGGTTAATCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAACGAGGCTGGGAGTTCATGTGGAATGAGCGCCTAGGATACATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108005 AGAACGAGGCTGGGAGTTCATGTGGAATGAGCGCCTAGGATACATTTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTGTCCTTCGAACCTTGGAACAGGACTACGAGCTGGTGTCCACGTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108055 CCTGTCCTTCGAACCTTGGAACAGGACTACGAGCTGGTGTCCACGTTAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATCCCAAAGCTCAGCAAG         GACCCACGCTTTTCTAAGATCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108105 ATCCCAAAGCTCAGCAAGGTA...TAGGACCCACGCTTTTCTAAGATCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAAAACCTAAGACTCCAGAAGCGTGGCACAGGTGGTGTGGACACTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112382 GGAAAACCTAAGACTCCAGAAGCGTGGCACAGGTGGTGTGGACACTGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CGGTCGCAGATGTGTACGACATTTCCAACATAGATAGAATTGGTCGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112432 CGGTCGCAGATGTGTACGACATTTCCAACATAGATAGAATTGGTCGATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAG         GTTGAGCTTGTTCAGATAGTCATCGATGGAGTCAATTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112482 GAGGTA...AAGGTTGAGCTTGTTCAGATAGTCATCGATGGAGTCAATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTGGTGGATTGTGAAAAGAAGTTGGAGAGAGGCCAAGATATTAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115045 CCTGGTGGATTGTGAAAAGAAGTTGGAGAGAGGCCAAGATATTAAGGTGC

   1300     .    :    .    :    .
   1229 CACCCCCTCTGCCTCAGTTTGGCAAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 115095 CACCCCCTCTGCCTCAGTTTGGCAAAAAG