seq1 = pF1KE4401.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE4401/gi568815579f_34949289.tfa (gi568815579f:34949289_35166284), 216996 bp

>pF1KE4401 1251
>gi568815579f:34949289_35166284 (Chr19)

1-16  (93219-93234)   100% ->
17-118  (100002-100103)   100% ->
119-160  (100187-100228)   100% ->
161-290  (110385-110514)   100% ->
291-413  (110586-110708)   100% ->
414-454  (110841-110881)   100% ->
455-620  (111059-111224)   99% ->
621-811  (111339-111529)   100% ->
812-907  (115962-116057)   100% ->
908-1050  (116251-116393)   100% ->
1051-1215  (116580-116744)   100% ->
1216-1251  (116961-116996)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGAAGGAGG         GTGGCCGGACTGTGCCATGCTGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  93219 ATGGCGCAGAAGGAGGGTG...CAGGTGGCCGGACTGTGCCATGCTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGACCCAAGGTGGCAGCTCTCACTGCGGGGACCCTGCTACTTCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 CAGACCCAAGGTGGCAGCTCTCACTGCGGGGACCCTGCTACTTCTGACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATCGGGGCGGCATCCTGGGCCATTG         TGGCTGTTCTCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100077 CCATCGGGGCGGCATCCTGGGCCATTGGTG...CAGTGGCTGTTCTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGGAGTGACCAGGAGCCGCTGTACCCAG         TGCAGGTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 AGGAGTGACCAGGAGCCGCTGTACCCAGGTG...CAGTGCAGGTCAGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TGCGGACGCTCGGCTCATGGTCTTTGACAAGACGGAAGGGACGTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110398 TGCGGACGCTCGGCTCATGGTCTTTGACAAGACGGAAGGGACGTGGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCTGTGCTCCTCGCGCTCCAACGCCAGGGTAGCCGGACTCAGCTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110448 TGCTGTGCTCCTCGCGCTCCAACGCCAGGGTAGCCGGACTCAGCTGCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGATGGGCTTCCTCAG         GGCACTGACCCACTCCGAGCTGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110498 GAGATGGGCTTCCTCAGGTA...CAGGGCACTGACCCACTCCGAGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGTGCGAACGGCGGGCGCCAATGGCACGTCGGGCTTCTTCTGTGTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110610 CGTGCGAACGGCGGGCGCCAATGGCACGTCGGGCTTCTTCTGTGTGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGGGAGGCTGCCCCACACCCAGAGGCTGCTGGAGGTCATCTCCGTGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110660 AGGGGAGGCTGCCCCACACCCAGAGGCTGCTGGAGGTCATCTCCGTGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414         TGATTGCCCCAGAGGCCGTTTCTTGGCCGCCATCTGCCAAG 
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110710 TG...CAGTGATTGCCCCAGAGGCCGTTTCTTGGCCGCCATCTGCCAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455         ACTGTGGCCGCAGGAAGCTGCCCGTGGACCGCATCGTGGGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110883 TG...CAGACTGTGGCCGCAGGAAGCTGCCCGTGGACCGCATCGTGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCCGGGACACCAGCTTGGGCCGGTGGCCGTGGCAAGTCAGCCTTCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111101 GCCGGGACACCAGCTTGGGCCGGTGGCCGTGGCAAGTCAGCCTTCGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GATGGAGCACACCTCTGTGGGGGATCCCTGCTCTCCGGGGACTGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111151 GATGGAGCACACCTCTGTGGGGGATCCCTGCTCTCCGGGGACTGGGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACAGCCGCCCATTGCTTCCCGGA         GCGGAACCGGGTCCTGT
        |||||||||||| |||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111201 GACAGCCGCCCACTGCTTCCCGGAGTG...TAGGCGGAACCGGGTCCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCCGATGGCGAGTGTTTGCCGGTGCCGTGGCCCAGGCCTCTCCCCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111356 CCCGATGGCGAGTGTTTGCCGGTGCCGTGGCCCAGGCCTCTCCCCACGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTGCAGCTGGGGGTGCAGGCTGTGGTCTACCACGGGGGCTATCTTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111406 CTGCAGCTGGGGGTGCAGGCTGTGGTCTACCACGGGGGCTATCTTCCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCGGGACCCCAACAGCGAGGAGAACAGCAACGATATTGCCCTGGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111456 TCGGGACCCCAACAGCGAGGAGAACAGCAACGATATTGCCCTGGTCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTCCAGTCCCCTGCCCCTCACAG         AATACATCCAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111506 TCTCCAGTCCCCTGCCCCTCACAGGTA...CAGAATACATCCAGCCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGCCTCCCAGCTGCCGGCCAGGCCCTGGTGGATGGCAAGATCTGTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115979 TGCCTCCCAGCTGCCGGCCAGGCCCTGGTGGATGGCAAGATCTGTACCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GACGGGCTGGGGCAACACGCAGTACTATG         GCCAACAGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116029 GACGGGCTGGGGCAACACGCAGTACTATGGTG...CAGGCCAACAGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGGTACTCCAGGAGGCTCGAGTCCCCATAATCAGCAATGATGTCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116263 GGGTACTCCAGGAGGCTCGAGTCCCCATAATCAGCAATGATGTCTGCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGCGCTGACTTCTATGGAAACCAGATCAAGCCCAAGATGTTCTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116313 GGCGCTGACTTCTATGGAAACCAGATCAAGCCCAAGATGTTCTGTGCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTACCCCGAGGGTGGCATTGATGCCTGCCAG         GGCGACAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116363 CTACCCCGAGGGTGGCATTGATGCCTGCCAGGTG...CAGGGCGACAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTGGTCCCTTTGTGTGTGAGGACAGCATCTCTCGGACGCCACGTTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116590 GTGGTCCCTTTGTGTGTGAGGACAGCATCTCTCGGACGCCACGTTGGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGTGTGGCATTGTGAGTTGGGGCACTGGCTGTGCCCTGGCCCAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116640 CTGTGTGGCATTGTGAGTTGGGGCACTGGCTGTGCCCTGGCCCAGAAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGGCGTCTACACCAAAGTCAGTGACTTCCGGGAGTGGATCTTCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116690 AGGCGTCTACACCAAAGTCAGTGACTTCCGGGAGTGGATCTTCCAGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TAAAG         ACTCACTCCGAAGCCAGCGGCATGGTGACCCAGCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116740 TAAAGGTG...CAGACTCACTCCGAAGCCAGCGGCATGGTGACCCAGCTC