seq1 = pF1KE4396.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE4396/gi568815579f_44544097.tfa (gi568815579f:44544097_44761808), 217712 bp

>pF1KE4396 1251
>gi568815579f:44544097_44761808 (Chr19)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-427  (103127-103474)   100% ->
428-724  (105713-106009)   100% ->
725-842  (109804-109921)   100% ->
843-991  (113666-113814)   100% ->
992-1150  (114646-114804)   100% ->
1151-1182  (117196-117227)   100% ->
1183-1251  (117644-117712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGAGCCATGGCCGCCGCGTGGCCGCTGCTGCTGGTGGCGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGAGCCATGGCCGCCGCGTGGCCGCTGCTGCTGGTGGCGCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCTGTCCTGGCCACCCCCAGGAACCG         GGGACGTCGTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GGTGCTGTCCTGGCCACCCCCAGGAACCGGTG...CAGGGGACGTCGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCAGGCGCCCACCCAGGTGCCCGGCTTCTTGGGCGACTCCGTGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103139 TGCAGGCGCCCACCCAGGTGCCCGGCTTCTTGGGCGACTCCGTGACGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTGCTACCTACAGGTGCCCAACATGGAGGTGACGCATGTGTCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103189 CCCTGCTACCTACAGGTGCCCAACATGGAGGTGACGCATGTGTCACAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTTGGGCGCGGCATGGTGAATCTGGCAGCATGGCCGTCTTCCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103239 GACTTGGGCGCGGCATGGTGAATCTGGCAGCATGGCCGTCTTCCACCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCAGGGCCCCAGCTATTCGGAGTCCAAACGGCTGGAATTCGTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103289 CGCAGGGCCCCAGCTATTCGGAGTCCAAACGGCTGGAATTCGTGGCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGACTGGGCGCGGAGCTGCGGAATGCCTCGCTGAGGATGTTCGGGTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103339 AGACTGGGCGCGGAGCTGCGGAATGCCTCGCTGAGGATGTTCGGGTTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTAGAGGATGAAGGCAACTACACCTGCCTGTTCGTCACGTTCCCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103389 CGTAGAGGATGAAGGCAACTACACCTGCCTGTTCGTCACGTTCCCGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGCAGGAGCGTGGATATCTGGCTCCGAGTGCTTG         CCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103439 GCAGCAGGAGCGTGGATATCTGGCTCCGAGTGCTTGGTG...CAGCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCCAGAACACAGCTGAGGTTCAGAAGGTCCAGCTCACTGGAGAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105718 CCCCAGAACACAGCTGAGGTTCAGAAGGTCCAGCTCACTGGAGAGCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCCATGGCCCGCTGCGTCTCCACAGGGGGTCGCCCGCCAGCCCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105768 GCCCATGGCCCGCTGCGTCTCCACAGGGGGTCGCCCGCCAGCCCAAATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTGGCACTCAGACCTGGGCGGGATGCCCAATACGAGCCAGGTGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105818 CCTGGCACTCAGACCTGGGCGGGATGCCCAATACGAGCCAGGTGCCAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCCTGTCTGGCACAGTCACTGTCACCAGCCTCTGGATATTGGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105868 TTCCTGTCTGGCACAGTCACTGTCACCAGCCTCTGGATATTGGTGCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAGCCAGGTGGACGGCAAGAATGTGACCTGCAAGGTGGAGCACGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105918 AAGCCAGGTGGACGGCAAGAATGTGACCTGCAAGGTGGAGCACGAGAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGAGAAGCCTCAGCTGCTGACTGTGAACCTCACCGTGTACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105968 TTGAGAAGCCTCAGCTGCTGACTGTGAACCTCACCGTGTACTGTG...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    725  ACCCCCCAGAGGTATCCATCTCTGGCTATGATAACAACTGGTACCTTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109803 GACCCCCCAGAGGTATCCATCTCTGGCTATGATAACAACTGGTACCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAGAATGAGGCCACCCTGACCTGCGATGCTCGCAGCAACCCAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 CCAGAATGAGGCCACCCTGACCTGCGATGCTCGCAGCAACCCAGAGCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGGCTATAATTGGAGCAC         GACCATGGGTCCCCTGCCACCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109903 CAGGCTATAATTGGAGCACGTG...CAGGACCATGGGTCCCCTGCCACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGCTGTGGCCCAGGGCGCCCAGCTCCTGATCCGTCCTGTGGACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113688 TTTGCTGTGGCCCAGGGCGCCCAGCTCCTGATCCGTCCTGTGGACAAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AATCAACACAACTTTAATCTGCAACGTCACCAATGCCCTAGGAGCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113738 AATCAACACAACTTTAATCTGCAACGTCACCAATGCCCTAGGAGCTCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGCAGAACTGACCGTCCAGGTCAAAG         AGGGACCTCCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113788 AGGCAGAACTGACCGTCCAGGTCAAAGGTG...CAGAGGGACCTCCCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGCACTCAGGCATGTCCCGTAACGCCATCATCTTCCTGGTTCTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114660 GAGCACTCAGGCATGTCCCGTAACGCCATCATCTTCCTGGTTCTGGGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTGGTTTTTCTGATCCTGCTGGGGATCGGGATTTATTTCTATTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114710 CCTGGTTTTTCTGATCCTGCTGGGGATCGGGATTTATTTCTATTGGTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AATGTTCCCGTGAGGTCCTTTGGCACTGTCATCTGTGTCCCTCGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114760 AATGTTCCCGTGAGGTCCTTTGGCACTGTCATCTGTGTCCCTCGAGTG..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151     GTACAGAGCATGCCAGCGCCTCAGCTAATGGG         CATGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114810 .CAGGTACAGAGCATGCCAGCGCCTCAGCTAATGGGGTA...TAGCATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTCCTATTCAGCTGTGAGCAGAGAGAACAGCTCTTCCCAGGATCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117649 CTCCTATTCAGCTGTGAGCAGAGAGAACAGCTCTTCCCAGGATCCACAGA

   1300     .    :
   1238 CAGAGGGCACAAGG
        ||||||||||||||
 117699 CAGAGGGCACAAGG