seq1 = pF1KE4393.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE4393/gi568815575r_105933503.tfa (gi568815575r:105933503_106137058), 203556 bp

>pF1KE4393 1245
>gi568815575r:105933503_106137058 (ChrX)

(complement)

1-622  (100001-100622)   100% ->
623-896  (101674-101947)   100% ->
897-1044  (102677-102824)   100% ->
1045-1245  (103356-103556)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACCATTCCTGTATCTGGTTCTCTTGGTACTTGGGCTTCATGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACCATTCCTGTATCTGGTTCTCTTGGTACTTGGGCTTCATGCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATCCACTGTGCATCACCTGAAGGCAAAGTAACAGCCTGCCATTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATCCACTGTGCATCACCTGAAGGCAAAGTAACAGCCTGCCATTCATCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACCAAATGCCACTCTCTACAAGATGTCATCCATTAATGCTGACTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACCAAATGCCACTCTCTACAAGATGTCATCCATTAATGCTGACTTTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAATCTGTACCGGAGGTTCACTGTGGAGACCCCAGATAAGAACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAATCTGTACCGGAGGTTCACTGTGGAGACCCCAGATAAGAACATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTTTCCCCTGTGAGCATTTCTGCAGCTTTGGTTATGCTTTCCTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTTTCCCCTGTGAGCATTTCTGCAGCTTTGGTTATGCTTTCCTTTGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTGCTGCAGCACCCAAACTGAGATTGTGGAGACCTTGGGGTTCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTGCTGCAGCACCCAAACTGAGATTGTGGAGACCTTGGGGTTCAACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACAGACACTCCAATGGTAGAGATCCAGCATGGCTTCCAGCATCTGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACAGACACTCCAATGGTAGAGATCCAGCATGGCTTCCAGCATCTGATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCACTGAATTTTCCAAAGAAGGAACTGGAATTGCAGATAGGAAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCACTGAATTTTCCAAAGAAGGAACTGGAATTGCAGATAGGAAATGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTCATTGGCAAGCATCTGAAACCACTGGCAAAGTTCTTGAATGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTTCATTGGCAAGCATCTGAAACCACTGGCAAAGTTCTTGAATGATGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGACCCTCTATGAGACTGAAGTCTTTTCTACCGACTTCTCCAACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGACCCTCTATGAGACTGAAGTCTTTTCTACCGACTTCTCCAACATTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCAGCCAAGCAGGAGATTAACAGTCATGTGGAGATGCAAACCAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCAGCCAAGCAGGAGATTAACAGTCATGTGGAGATGCAAACCAAAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGTTGTGGGTCTAATTCAAGACCTCAAGCCAAACACCATCATGGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGTTGTGGGTCTAATTCAAGACCTCAAGCCAAACACCATCATGGTCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGAACTATATTCACTTTAAAG         CCCAGTGGGCAAATCCTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100601 GTGAACTATATTCACTTTAAAGGTA...AAGCCCAGTGGGCAAATCCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGATCCATCCAAGACAGAAGACAGTTCCAGCTTCTTAATAGACAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101693 TGATCCATCCAAGACAGAAGACAGTTCCAGCTTCTTAATAGACAAGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCACTGTTCAAGTGCCCATGATGCACCAGATGGAACAATACTATCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101743 CCACTGTTCAAGTGCCCATGATGCACCAGATGGAACAATACTATCACCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTGGATATGGAATTGAACTGCACAGTTCTGCAAATGGACTACAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 GTGGATATGGAATTGAACTGCACAGTTCTGCAAATGGACTACAGCAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGCTCTGGCACTCTTTGTTCTTCCCAAGGAGGGACAGATGGAGTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 TGCTCTGGCACTCTTTGTTCTTCCCAAGGAGGGACAGATGGAGTCAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAGCTGCCATGTCATCTAAAACACTGAAGAAGTGGAACCGCTTACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 AAGCTGCCATGTCATCTAAAACACTGAAGAAGTGGAACCGCTTACTACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAGGG         ATGGGTTGACTTGTTTGTTCCAAAGTTTTCCATTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 AAGGGGTA...CAGATGGGTTGACTTGTTTGTTCCAAAGTTTTCCATTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCCACATATGACCTTGGAGCCACACTTTTGAAGATGGGCATTCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 TGCCACATATGACCTTGGAGCCACACTTTTGAAGATGGGCATTCAGCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCTATTCTGAAAATGCTGATTTTTCTGGACTCACAGAGGACAATGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 CCTATTCTGAAAATGCTGATTTTTCTGGACTCACAGAGGACAATGGTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAACTTTCCAAT         GCTGCCCATAAGGCTGTGCTGCACATTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102813 AAACTTTCCAATGTA...CAGGCTGCCCATAAGGCTGTGCTGCACATTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAAAAGGGAACTGAAGCTGCAGCTGTCCCTGAAGTTGAACTTTCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103385 TGAAAAGGGAACTGAAGCTGCAGCTGTCCCTGAAGTTGAACTTTCGGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGCCTGAAAACACTTTCCTACACCCTATTATCCAAATTGATAGATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103435 AGCCTGAAAACACTTTCCTACACCCTATTATCCAAATTGATAGATCTTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ATGTTGTTGATTTTGGAGAGAAGCACAAGGAGTATTCTCTTTCTAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103485 ATGTTGTTGATTTTGGAGAGAAGCACAAGGAGTATTCTCTTTCTAGGGAA

   1250     .    :    .    :
   1224 AGTTGTGAACCCAACGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||
 103535 AGTTGTGAACCCAACGGAAGCG