seq1 = pF1KE4391.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KE4391/gi568815584r_94387306.tfa (gi568815584r:94387306_94598397), 211092 bp

>pF1KE4391 1242
>gi568815584r:94387306_94598397 (Chr14)

(complement)

1-634  (100001-100634)   100% ->
635-905  (101755-102025)   100% ->
906-1053  (108631-108778)   100% ->
1054-1242  (110904-111092)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCCCACACTAGGCCTGGCCATTTTTCTGGCTGTTCTCCTCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCCCACACTAGGCCTGGCCATTTTTCTGGCTGTTCTCCTCACGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAGGTCTTCTAAAGCCGAGCTTCTCACCAAGGAATTATAAAGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAGGTCTTCTAAAGCCGAGCTTCTCACCAAGGAATTATAAAGCTTTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGTCCAAGGATGGAAGCAAAGGATGGCAGCCAAGGAGCTTGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAGGTCCAAGGATGGAAGCAAAGGATGGCAGCCAAGGAGCTTGCAAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAACATGGACTTAGGCTTTAAGCTGCTCAAGAAGCTGGCCTTTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGAACATGGACTTAGGCTTTAAGCTGCTCAAGAAGCTGGCCTTTTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCTGGCAGGAACATCTTCCTATCCCCCTTGAGCATCTCTACAGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCTGGCAGGAACATCTTCCTATCCCCCTTGAGCATCTCTACAGCTTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATGCTGTGCCTGGGTGCCCAGGACAGCACCCTGGACGAGATCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATGCTGTGCCTGGGTGCCCAGGACAGCACCCTGGACGAGATCAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGTTCAACTTCAGAAAGATGCCAGAAAAAGATCTTCATGAGGGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGTTCAACTTCAGAAAGATGCCAGAAAAAGATCTTCATGAGGGCTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTACATCATCCACGAGCTGACCCAGAAGACCCAGGACCTCAAACTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTACATCATCCACGAGCTGACCCAGAAGACCCAGGACCTCAAACTGAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGGGAACACGCTGTTCATTGACCAGAGGCTGCAGCCACAGCGTAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGGGAACACGCTGTTCATTGACCAGAGGCTGCAGCCACAGCGTAAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGAAGATGCCAAGAACTTTTACAGTGCCGAAACCATCCTTACCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGAAGATGCCAAGAACTTTTACAGTGCCGAAACCATCCTTACCAACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAGAATTTGGAAATGGCTCAGAAGCAGATCAATGACTTTATCAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAGAATTTGGAAATGGCTCAGAAGCAGATCAATGACTTTATCAGTCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAACCCATGGGAAAATTAACAACCTGATCGAGAATATAGACCCCGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAACCCATGGGAAAATTAACAACCTGATCGAGAATATAGACCCCGGCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGATGCTTCTTGCAAATTATATTTTCTTTCGAG         CCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100601 GTGATGCTTCTTGCAAATTATATTTTCTTTCGAGGTA...AAGCCAGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAAACATGAGTTTGATCCAAATGTAACTAAAGAGGAAGATTTCTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101762 GAAACATGAGTTTGATCCAAATGTAACTAAAGAGGAAGATTTCTTTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGAAAAACAGTTCAGTCAAGGTGCCCATGATGTTCCGTAGTGGCATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101812 AGAAAAACAGTTCAGTCAAGGTGCCCATGATGTTCCGTAGTGGCATATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAAGTTGGCTATGACGATAAGCTCTCTTGCACCATCCTGGAAATACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101862 CAAGTTGGCTATGACGATAAGCTCTCTTGCACCATCCTGGAAATACCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCAGAAAAATATCACAGCCATCTTCATCCTTCCTGATGAGGGCAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101912 CCAGAAAAATATCACAGCCATCTTCATCCTTCCTGATGAGGGCAAGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGCACTTGGAGAAGGGATTGCAGGTGGACACTTTCTCCAGATGGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 AGCACTTGGAGAAGGGATTGCAGGTGGACACTTTCTCCAGATGGAAAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTACTGTCACGCAG         GGTCGTAGACGTGTCTGTACCCAGACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102012 TTACTGTCACGCAGGTA...CAGGGTCGTAGACGTGTCTGTACCCAGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCACATGACGGGCACCTTCGACCTGAAGAAGACTCTCTCCTACATAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108658 CCACATGACGGGCACCTTCGACCTGAAGAAGACTCTCTCCTACATAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCTCCAAAATCTTTGAGGAACATGGTGATCTCACCAAGATCGCCCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108708 TCTCCAAAATCTTTGAGGAACATGGTGATCTCACCAAGATCGCCCCTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGCAGCCTGAAAGTGGGCGAG         GCTGTGCACAAGGCTGAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108758 CGCAGCCTGAAAGTGGGCGAGGTA...TAGGCTGTGCACAAGGCTGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GAAGATGGATGAGAGGGGTACGGAAGGGGCCGCTGGCACCGGAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110924 GAAGATGGATGAGAGGGGTACGGAAGGGGCCGCTGGCACCGGAGCACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTCTGCCCATGGAGACACCACTCGTCGTCAAGATAGACAAACCCTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110974 CTCTGCCCATGGAGACACCACTCGTCGTCAAGATAGACAAACCCTATCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTGCTGATTTACAGCGAGAAAATACCTTCCGTGCTCTTCCTGGGAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111024 CTGCTGATTTACAGCGAGAAAATACCTTCCGTGCTCTTCCTGGGAAAGAT

   1250     .    :    .
   1224 TGTTAACCCTATTGGAAAA
        |||||||||||||||||||
 111074 TGTTAACCCTATTGGAAAA