seq1 = pF1KE4390.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KE4390/gi568815586f_120625886.tfa (gi568815586f:120625886_120839445), 213560 bp

>pF1KE4390 1236
>gi568815586f:120625886_120839445 (Chr12)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-210  (101141-101304)   100% ->
211-360  (111101-111250)   99% ->
361-472  (111471-111582)   100% ->
473-624  (111952-112103)   100% ->
625-795  (112395-112565)   99% ->
796-933  (112648-112785)   100% ->
934-1029  (112935-113030)   98% ->
1030-1086  (113255-113311)   100% ->
1087-1236  (113411-113560)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCGCGCTGCTCGCCCGGGCCTCGGGCCCTGCCCGCAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGCCGCCGCGCTGCTCGCCCGGGCCTCGGGCCCTGCCCGCAGAGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      CTCTCTGTCCTAGGGCCTGGCGGCAGTTACACACCATCTACCAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGCTCTCTGTCCTAGGGCCTGGCGGCAGTTACACACCATCTACCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGGAACTGCCCGAGACACACCAGATGTTGCTCCAGACATGCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101186 CTGTGGAACTGCCCGAGACACACCAGATGTTGCTCCAGACATGCCGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGCCGAGAAGGAGTTGTTTCCCATTGCAGCCCAGGTGGATAAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 TTTGCCGAGAAGGAGTTGTTTCCCATTGCAGCCCAGGTGGATAAGGAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCTTCCCAGCGGCTCAG         GTGAAGAAGATGGGCGGGCTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101286 TCTCTTCCCAGCGGCTCAGGTG...CAGGTGAAGAAGATGGGCGGGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCTTCTGGCCATGGACGTGCCCGAGGAGCTTGGCGGTGCTGGCCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111123 GGCTTCTGGCCATGGACGTGCCCGAGGAGCTTGGCGGTGCTGGCCTCGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCTGGCCTACGCCATCGCCATGGAGGAGATCAGCCGCGGCTGCGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 111173 TACCTGGCCTACGCCATCGCCATGGAGGAGATCAGCCGTGGCTGCGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCGGAGTCATCATGAGTGTCAACAAC         TCTCTCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111223 CACCGGAGTCATCATGAGTGTCAACAACGTG...TAGTCTCTCTACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCCCATCTTGAAGTTTGGCTCCAAGGAGCAGAAGCAGGCGTGGGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111484 GGCCCATCTTGAAGTTTGGCTCCAAGGAGCAGAAGCAGGCGTGGGTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTTTCACCAGTGGTGACAAAATTGGCTGCTTTGCCCTCAGCGAACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111534 CCTTTCACCAGTGGTGACAAAATTGGCTGCTTTGCCCTCAGCGAACCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         GGAACGGCAGTGATGCAGGAGCTGCGTCCACCACCGCCCGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111584 TA...CAGGGAACGGCAGTGATGCAGGAGCTGCGTCCACCACCGCCCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGAGGGCGACTCATGGGTTCTGAATGGAACCAAAGCCTGGATCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111994 CCGAGGGCGACTCATGGGTTCTGAATGGAACCAAAGCCTGGATCACCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCTGGGAGGCTTCGGCTGCCGTGGTCTTTGCCAGCACGGACAGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112044 GCCTGGGAGGCTTCGGCTGCCGTGGTCTTTGCCAGCACGGACAGAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAAAACAAG         AGCATCAGTGCCTTCCTGGTCCCCATGCCAA
        ||||||||||>>>...>>> ||||||||||||||||||||||||||||||
 112094 GCAAAACAAGGTG...CAGGGCATCAGTGCCTTCCTGGTCCCCATGCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCCTGGGCTCACGTTGGGGAAGAAAGAAGACAAGCTGGGCATCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112426 CGCCTGGGCTCACGTTGGGGAAGAAAGAAGACAAGCTGGGCATCCGGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCATCCACGGCCAACCTCATCTTTGAGGACTGTCGCATCCCCAAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112476 TCATCCACGGCCAACCTCATCTTTGAGGACTGTCGCATCCCCAAGGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCCTGGGGGAGCCAGGGATGGGCTTCAAGATAGCCATG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112526 CATCCTGGGGGAGCCAGGGATGGGCTTCAAGATAGCCATGGTG...CAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACCCTGGACATGGGCCGCATCGGCATCGCCTCCCAGGCCCTGGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112649 AAACCCTGGACATGGGCCGCATCGGCATCGCCTCCCAGGCCCTGGGCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCCAGACCGCCCTCGATTGTGCTGTGAACTACGCTGAGAATCGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112699 GCCCAGACCGCCCTCGATTGTGCTGTGAACTACGCTGAGAATCGCATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTCGGGGCGCCCCTCACCAAGCTCCAGGTCATCCAG         TTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 112749 CTTCGGGGCGCCCCTCACCAAGCTCCAGGTCATCCAGGTA...CAGTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGTTGGCAGACATGGCCCTGGCCCTGGAGAGTGCCCGGCTGCTGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112939 AGTTGGCAGACATGGCCCTGGCCCTGGAGAGTGCCCGGCTGCTGACCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGTGCTGCCATGCTGAAGGATAACAAGAAGCCTTTCATCAAG        
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112989 CGCGCTGCCATGCTGAAGGATAACAAGAAGCCTTTCATCAAGGTG...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030  GAGGCAGCCATGGCCAAGCTGGCCGCCTCGGAGGCCGCGACCGCCATCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113254 GGAGGCAGCCATGGCCAAGCTGGCCGCCTCGGAGGCCGCGACCGCCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCACCAG         GCCATCCAGATCCTGGGCGGCATGGGCTACGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113304 GCCACCAGGTG...CAGGCCATCCAGATCCTGGGCGGCATGGGCTACGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACAGAGATGCCGGCAGAGCGGCACTACCGCGACGCCCGCATCACTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113444 ACAGAGATGCCGGCAGAGCGGCACTACCGCGACGCCCGCATCACTGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTACGAGGGCACCAGCGAAATCCAGCGGCTGGTGATCGCCGGGCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113494 CTACGAGGGCACCAGCGAAATCCAGCGGCTGGTGATCGCCGGGCATCTGC

   1300     .    :    .
   1220 TCAGGAGCTACCGGAGC
        |||||||||||||||||
 113544 TCAGGAGCTACCGGAGC