seq1 = pF1KE4383.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KE4383/gi568815593r_138408308.tfa (gi568815593r:138408308_138618854), 210547 bp

>pF1KE4383 1212
>gi568815593r:138408308_138618854 (Chr5)

(complement)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-303  (101155-101294)   100% ->
304-442  (105149-105287)   100% ->
443-633  (105901-106091)   100% ->
634-763  (107251-107380)   100% ->
764-919  (107655-107810)   100% ->
920-984  (108226-108290)   100% ->
985-1132  (110039-110186)   100% ->
1133-1212  (110468-110547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATATCATTGATCATTCCTCCCAAAGACCAGATTTCACGAGTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATATCATTGATCATTCCTCCCAAAGACCAGATTTCACGAGTGGCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGTTAGCGGATGAGTTTGGAACTGCATCTAACATTAAGTCACGAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGTTAGCGGATGAGTTTGGAACTGCATCTAACATTAAGTCACGAGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCCTTTCAGTCCTGGGAGCCATTACATCTGTACAACAAAGACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGCCTTTCAGTCCTGGGAGCCATTACATCTGTACAACAAAGACTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTTATAACAAAG         TACCTCCAAATGGTCTGGTTGTATACTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTTATAACAAAGGTA...CAGTACCTCCAAATGGTCTGGTTGTATACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGAACAATTGTAACAGAAGAAGGAAAGGAAAAGAAAGTCAACATTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101183 TGGAACAATTGTAACAGAAGAAGGAAAGGAAAAGAAAGTCAACATTGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAACCTTTCAAACCAATTAATACGTCATTGTATTTGTGTGACAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101233 TTGAACCTTTCAAACCAATTAATACGTCATTGTATTTGTGTGACAACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCATACAGAG         GCTCTTACAGCACTACTTTCAGATGATAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101283 TTCCATACAGAGGTA...CAGGCTCTTACAGCACTACTTTCAGATGATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGTTTGGATTCATTGTAATAGATGGTAGTGGTGCACTTTTTGGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105178 CAAGTTTGGATTCATTGTAATAGATGGTAGTGGTGCACTTTTTGGCACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAAGGAAACACAAGAGAAGTCCTGCACAAATTCACTGTGGATCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105228 TCCAAGGAAACACAAGAGAAGTCCTGCACAAATTCACTGTGGATCTCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAAACACG         GTAGAGGAGGTCAGTCAGCCTTGCGTTTTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105278 AAGAAACACGGTA...AAGGTAGAGGAGGTCAGTCAGCCTTGCGTTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGTTTAAGAATGGAAAAGCGACATAACTATGTTCGGAAAGTAGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105932 CCGTTTAAGAATGGAAAAGCGACATAACTATGTTCGGAAAGTAGCAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGCTGTGCAGCTGTTTATTTCTGGGGACAAAGTGAATGTGGCTGGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105982 CTGCTGTGCAGCTGTTTATTTCTGGGGACAAAGTGAATGTGGCTGGTCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTTTAGCTGGATCCGCTGACTTTAAAACTGAACTAAGTCAATCTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106032 GTTTTAGCTGGATCCGCTGACTTTAAAACTGAACTAAGTCAATCTGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTTTGATCAG         AGGTTACAATCAAAAGTTTTAAAATTAGTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106082 GTTTGATCAGGTA...TAGAGGTTACAATCAAAAGTTTTAAAATTAGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATATATCCTATGGTGGTGAAAATGGATTCAACCAAGCTATTGAGTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107282 ATATATCCTATGGTGGTGAAAATGGATTCAACCAAGCTATTGAGTTATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACTGAAGTCCTCTCCAACGTGAAATTCATTCAAGAGAAGAAATTAATAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107332 ACTGAAGTCCTCTCCAACGTGAAATTCATTCAAGAGAAGAAATTAATAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764         GACGATACTTTGATGAAATCAGCCAGGACACGGGCAAGTACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107382 TA...TAGGACGATACTTTGATGAAATCAGCCAGGACACGGGCAAGTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTTTGGCGTTGAAGATACACTAAAGGCTTTGGAAATGGGAGCTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107697 GTTTTGGCGTTGAAGATACACTAAAGGCTTTGGAAATGGGAGCTGTAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATTCTAATAGTCTATGAAAATCTGGATATAATGAGATATGTTCTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107747 ATTCTAATAGTCTATGAAAATCTGGATATAATGAGATATGTTCTTCATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCAAGGCACAGAAG         AGGAGAAAATTCTCTATCTAACTCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107797 CCAAGGCACAGAAGGTA...CAGAGGAGAAAATTCTCTATCTAACTCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCAAGAAAAGGATAAATCTCATTTCACAGACAAAGAG         ACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108253 AGCAAGAAAAGGATAAATCTCATTTCACAGACAAAGAGGTA...TAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGACAGGAACATGAGCTTATCGAGAGCATGCCCCTGTTGGAATGGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110042 GGACAGGAACATGAGCTTATCGAGAGCATGCCCCTGTTGGAATGGTTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TAACAACTATAAAAAATTTGGAGCTACGTTGGAAATTGTCACAGATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110092 TAACAACTATAAAAAATTTGGAGCTACGTTGGAAATTGTCACAGATAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACAAGAAGGGTCTCAGTTTGTGAAAGGATTTGGTGGAATTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110142 CACAAGAAGGGTCTCAGTTTGTGAAAGGATTTGGTGGAATTGGAGGTG..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133     GTATCTTGCGGTACCGAGTAGATTTCCAGGGAATGGAATACCAAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110192 .CAGGTATCTTGCGGTACCGAGTAGATTTCCAGGGAATGGAATACCAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :
   1179 AGGAGACGATGAATTTTTTGACCTTGATGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110514 AGGAGACGATGAATTTTTTGACCTTGATGACTAC