seq1 = pF1KE4382.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE4382/gi568815590f_39813923.tfa (gi568815590f:39813923_40028182), 214260 bp

>pF1KE4382 1209
>gi568815590f:39813923_40028182 (Chr8)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-183  (103953-104048)   100% ->
184-303  (104166-104285)   100% ->
304-435  (104893-105022)   93% ->
436-537  (108630-108729)   98% ->
538-655  (109547-109664)   100% ->
656-707  (110799-110850)   100% ->
708-856  (111301-111449)   100% ->
857-1209  (113908-114260)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACACGCTATGGAAAACTCCTGGACAATCAGTAAAGAGTACCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACACGCTATGGAAAACTCCTGGACAATCAGTAAAGAGTACCATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGAAGAAGTGGGCTTTGCTCTGCCAAATCCACAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 TGATGAAGAAGTGGGCTTTGCTCTGCCAAATCCACAGGTA...AAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCTACCTGATTTTTATAATGACTGGATGTTCATTGCTAAACATCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103957 ATCTACCTGATTTTTATAATGACTGGATGTTCATTGCTAAACATCTGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCTCATAGAGTCTGGCCAGCTTCGAGAAAGAGTTGAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104007 GATCTCATAGAGTCTGGCCAGCTTCGAGAAAGAGTTGAGAAGGTT...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  TTAAACATGCTCAGCATTGATCATCTCACAGACCACAAGTCACAGCGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104165 GTTAAACATGCTCAGCATTGATCATCTCACAGACCACAAGTCACAGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCACGTCTAGTTCTGGGATGCATCACCATGGCATATGTGTGGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104215 TTGCACGTCTAGTTCTGGGATGCATCACCATGGCATATGTGTGGGGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTCATGGAGATGTCCGTAAG         GTCTTGCCAAGAAATATTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104265 GGTCATGGAGATGTCCGTAAGGTT...CAGGTCTTGCCAAGAAATATTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTCCTTACTGCCAACTCTCCAAGAAACTGGAACTGCCTCCTATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104913 TGTTCCTTACTGCCAACTCTCCAAGAAACTGGAACTGCCTCCTATTTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTATGCAGACTGTGTCTTGGCAAACTGGAAGAAAAAGGATCCTAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104963 TTTATGCAGACTGTGTCTTGGCAAACTGGAAGAAAAAGGATCCTAATAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCCT GACTTAT         GAGAACATGGACGTTTTGTTCTCATTTC
            |- ||--|->>>...>>>--||||||||||||||||||||||||||
 105013 TATGTAAAC  A GTG...CAG  GAACATGGACGTTTTGTTCTCATTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 GTGATGGAGACTGCAGTAAAGGATTCTTCCTGGTCTCTCTATTGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108656 GTGATGGAGACTGCAGTAAAGGATTCTTCCTGGTCTCTCTATTGGTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 ATAGCAGCTGCTTCTGCAATCAAA         GTAATTCCTACTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108706 ATAGCAGCTGCTTCTGCAATCAAAGTA...TAGGTAATTCCTACTGTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 CAAGGCAATGCAAATGCAAGAACGGGACACTTTGCTAAAGGCGCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109564 CAAGGCAATGCAAATGCAAGAACGGGACACTTTGCTAAAGGCGCTGTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 AAATAGCTTCTTGCTTGGAGAAAGCCCTTCAAGTGTTTCACCAAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109614 AAATAGCTTCTTGCTTGGAGAAAGCCCTTCAAGTGTTTCACCAAATCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 G         ATCATGTGAACCCAAAAGCATTTTTCAGTGTTCTTCGCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109664 GGCA...CAGATCATGTGAACCCAAAAGCATTTTTCAGTGTTCTTCGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 ATATTTGTCTGG         CTGGAAAGGCAACCCCCAGCTATCAGACG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110839 ATATTTGTCTGGGTA...TAGCTGGAAAGGCAACCCCCAGCTATCAGACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 GTCTGGTGTATGAAGGGTTCTGGGAAGACCCAAAGGAGTTTGCAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111330 GTCTGGTGTATGAAGGGTTCTGGGAAGACCCAAAGGAGTTTGCAGGGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 AGTGCAGGCCAAAGCAGCGTCTTTCAGTGCTTTGACGTCCTGCTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111380 AGTGCAGGCCAAAGCAGCGTCTTTCAGTGCTTTGACGTCCTGCTGGGCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 CCAGCAGACTGCTGGTGGAG         GACATGCTGCTCAGTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111430 CCAGCAGACTGCTGGTGGAGGTG...TAGGACATGCTGCTCAGTTCCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    878 AGGACATGAGAAGATATATGCCACCAGCTCACAGGAACTTCCTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113929 AGGACATGAGAAGATATATGCCACCAGCTCACAGGAACTTCCTGTGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 TTAGAGTCAAATCCCTCAGTCCGTGAGTTTGTCCTTTCAAAAGGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113979 TTAGAGTCAAATCCCTCAGTCCGTGAGTTTGTCCTTTCAAAAGGTGATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 TGGCCTGCGGGAAGCTTATGACGCCTGTGTGAAAGCTCTGGTCTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114029 TGGCCTGCGGGAAGCTTATGACGCCTGTGTGAAAGCTCTGGTCTCCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 GGAGCTACCATCTGCAAATCGTGACTAAGTACATCCTGATTCCTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114079 GGAGCTACCATCTGCAAATCGTGACTAAGTACATCCTGATTCCTGCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 CAGCAGCCAAAGGAGAATAAGACCTCTGAAGACCCTTCAAAACTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114129 CAGCAGCCAAAGGAGAATAAGACCTCTGAAGACCCTTCAAAACTGGAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 CAAAGGAACTGGAGGCACTGATTTAATGAATTTCCTGAAGACTGTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114179 CAAAGGAACTGGAGGCACTGATTTAATGAATTTCCTGAAGACTGTAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1178 GTACAACTGAGAAATCCCTTTTGAAGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 114229 GTACAACTGAGAAATCCCTTTTGAAGGAAGGT