seq1 = pF1KE4381.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KE4381/gi568815595f_156191908.tfa (gi568815595f:156191908_156636744), 444837 bp

>pF1KE4381 1203
>gi568815595f:156191908_156636744 (Chr3)

1-221  (100001-100221)   99% ->
222-265  (229709-229752)   100% ->
266-303  (260992-261029)   100% ->
304-383  (265546-265625)   100% ->
384-428  (267920-267964)   100% ->
429-473  (271795-271839)   100% ->
474-517  (273736-273779)   100% ->
518-604  (282827-282913)   100% ->
605-690  (322457-322542)   100% ->
691-811  (323193-323313)   100% ->
812-906  (324363-324457)   100% ->
907-1027  (331920-332040)   100% ->
1028-1116  (339502-339590)   98% ->
1117-1203  (344751-344837)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAGTCTCCATAGCCTGCACAGAGCACAATTTGAAGAGTCGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAGTCTCCATAGCCTGCACAGAGCACAATTTGAAGAGTCGGAATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGACCGACTTCTGAGCAAGCAGAGCTCCACCGCCCCCAATGTGGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 TGAGGACCGACTTCTGAGCAAGCAGAGCTCCACCGCCCCCAATGTGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCAGCCCGGGCCAAATTCCGCACGGTCGCTATCATCGCGCGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGCAGCCCGGGCCAAATTCCGCACGGTCGCTATCATCGCGCGCAGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGACGTTCACGCCTCAGCATCACATTTCTCTCAAAGAGTCCACCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGACGTTCACGCCTCAGCATCACATTTCTCTCAAAGAGTCCACCGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGACTGGCATGAAATATAG         GAATCTTGGAAAATCAGGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 GCAGACTGGCATGAAATATAGGTA...TAGGAATCTTGGAAAATCAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGAGTTTCTTGCTTGGGTCTTG         GAACATGGGTGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 229729 TCAGAGTTTCTTGCTTGGGTCTTGGTA...TAGGAACATGGGTGACATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAGGTCAAATTTCAGATGAG         GTTGCTGAACGGCTGATGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 261009 GGAGGTCAAATTTCAGATGAGGTA...CAGGTTGCTGAACGGCTGATGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCGCCTATGAAAGTGGTGTTAACCTCTTTGATACTGCCGAAGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265566 CATCGCCTATGAAAGTGGTGTTAACCTCTTTGATACTGCCGAAGTCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTGGAAA         GGCTGAAGTGATTCTGGGGAGCATCATCAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 265616 CTGCTGGAAAGTA...CAGGGCTGAAGTGATTCTGGGGAGCATCATCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGAAAGGCTGGAG         GAGGTCCAGTCTGGTCATAACAACCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 267951 AAGAAAGGCTGGAGGTA...CAGGAGGTCCAGTCTGGTCATAACAACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACTCTACTGGGGTGGAAA         AGCTGAAACAGAAAGAGGGCTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 271822 ACTCTACTGGGGTGGAAAGTA...CAGAGCTGAAACAGAAAGAGGGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CAAGAAAGCATATTATTGAAG         GATTGAAGGGCTCCCTCCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 273759 CAAGAAAGCATATTATTGAAGGTG...CAGGATTGAAGGGCTCCCTCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AGGCTGCAGCTCGAGTATGTGGATGTGGTCTTTGCAAATCGACCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282847 AGGCTGCAGCTCGAGTATGTGGATGTGGTCTTTGCAAATCGACCGGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TAACACTCCCATGGAAG         AAATTGTCCGAGCCATGACACATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 282897 TAACACTCCCATGGAAGGTA...CAGAAATTGTCCGAGCCATGACACATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TGATAAACCAAGGCATGGCGATGTACTGGGGCACCTCGAGATGGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322481 TGATAAACCAAGGCATGGCGATGTACTGGGGCACCTCGAGATGGAGTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ATGGAGATCATG         GAAGCCTATTCTGTAGCAAGACAGTTCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 322531 ATGGAGATCATGGTA...TAGGAAGCCTATTCTGTAGCAAGACAGTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TATGATCCCACCGGTCTGTGAACAAGCTGAGTACCATCTTTTCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323222 TATGATCCCACCGGTCTGTGAACAAGCTGAGTACCATCTTTTCCAGAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGAAAGTGGAGGTCCAGCTGCCAGAGCTCTACCACAAAATAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 323272 AGAAAGTGGAGGTCCAGCTGCCAGAGCTCTACCACAAAATAGGTA...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812  GTGTTGGCGCAATGACATGGTCTCCACTTGCCTGTGGAATCATCTCAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324362 GGTGTTGGCGCAATGACATGGTCTCCACTTGCCTGTGGAATCATCTCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AAAATACGGAAACGGGGTGCCTGAAAGTTCCAGGGCTTCACTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 324412 AAAATACGGAAACGGGGTGCCTGAAAGTTCCAGGGCTTCACTGAAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    907      TGCTACCAGTGGTTGAAAGAAAGAATTGTAAGTGAAGAAGGGAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324462 ..CAGTGCTACCAGTGGTTGAAAGAAAGAATTGTAAGTGAAGAAGGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 AAACAGCAAAACAAGCTAAAAGACCTTTCCCCAATTGCGGAGCGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 331965 AAACAGCAAAACAAGCTAAAAGACCTTTCCCCAATTGCGGAGCGTCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 ATGCACACTACCTCAGCTAGCTGTTG         CGTGGTGCCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 332015 ATGCACACTACCTCAGCTAGCTGTTGGTA...CAGCGTGGTGCCTGAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ACGAAGGTGTGAGTTCTGTGCTCCTGGGATCATCCACTCCTGAACAACTC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339517 ATGAAGGTGTGAGTTCTGTGCTCCTGGGATCATCCACTCCTGAACAACTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ATTGAAAACCTTGGTGCCATTCAG         GTTCTCCCAAAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 339567 ATTGAAAACCTTGGTGCCATTCAGGCA...CAGGTTCTCCCAAAGATGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 ATCACATGTGGTAAATGAGATTGATAACATACTGCGCAACAAGCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344768 ATCACATGTGGTAAATGAGATTGATAACATACTGCGCAACAAGCCCTACA

   1300     .    :    .    :
   1184 GCAAGAAGGACTATAGATCA
        ||||||||||||||||||||
 344818 GCAAGAAGGACTATAGATCA