seq1 = pF1KE4376.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE4376/gi568815579f_7663267.tfa (gi568815579f:7663267_7868985), 205719 bp

>pF1KE4376 1197
>gi568815579f:7663267_7868985 (Chr19)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-130  (100127-100210)   100% ->
131-214  (101919-102002)   100% ->
215-784  (102372-102941)   100% ->
785-936  (103390-103541)   100% ->
937-1049  (104250-104362)   100% ->
1050-1197  (105572-105719)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGACTCCAAGGAACCAAGGGTGCAGCAGCTGGGCCTCCTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAGTGACTCCAAGGAACCAAGGGTGCAGCAGCTGGGCCTCCTGGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      AAGAAGATCCAACAACCAGTGGCATCAGACTTTTTCCAAGAGACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGAAGAAGATCCAACAACCAGTGGCATCAGACTTTTTCCAAGAGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAATTCCAGCAGATACATGGCCACAAGAGCTCTACAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100172 TTCAATTCCAGCAGATACATGGCCACAAGAGCTCTACAGGTA...CAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTCTTGGCCATGGCGCCCTGGTGCTGCAACTCCTCTCCTTCATGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101921 TGTCTTGGCCATGGCGCCCTGGTGCTGCAACTCCTCTCCTTCATGCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGGGGTCCTGGTGGCCATCCTTGTCCAAG         TGTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101971 GGCTGGGGTCCTGGTGGCCATCCTTGTCCAAGGTC...CAGTGTCCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCCCAGCTCCCTAAGTCAGGAACAATCCGAGCAAGACGCAATCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102381 TCCCCAGCTCCCTAAGTCAGGAACAATCCGAGCAAGACGCAATCTACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACCTGACCCAGCTTAAAGCTGCAGTGGGTGAGCTCTCAGAGAAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102431 AACCTGACCCAGCTTAAAGCTGCAGTGGGTGAGCTCTCAGAGAAATCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCAGCTGAAGGCTGCAGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 GCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCAGCTGAAGGCTGCAGTGGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 AGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGCAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102581 CTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGCAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACCAGGAGCTGACCCGGCTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTGCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 CTACCAGGAGCTGACCCGGCTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTGCCAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATCCAAGCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCGGCTGAAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102681 AATCCAAGCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCGGCTGAAGGCTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGGTGAGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102731 GTGGGTGAGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGCAGGAGATCTACCAGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GACGGAGCTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102781 GACGGAGCTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTGCCAGAGAAATCCAAGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCAGCTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102831 AGGAGATCTACCAGGAGCTGACCCAGCTGAAGGCTGCAGTGGGTGAGTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCAGACCAGTCCAAGCAGCAGCAAATCTATCAAGAACTGACCGATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102881 CCAGACCAGTCCAAGCAGCAGCAAATCTATCAAGAACTGACCGATTTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GACTGCATTTG         AACGCCTGTGCCGCCACTGTCCCAAGGACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102931 GACTGCATTTGGTG...CAGAACGCCTGTGCCGCCACTGTCCCAAGGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGACATTCTTCCAAGGAAACTGTTACTTCATGTCTAACTCCCAGCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103420 GGACATTCTTCCAAGGAAACTGTTACTTCATGTCTAACTCCCAGCGGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGGCACGACTCCGTCACCGCCTGCCAGGAAGTGAGGGCCCAGCTCGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103470 TGGCACGACTCCGTCACCGCCTGCCAGGAAGTGAGGGCCCAGCTCGTCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AATCAAAACTGCTGAGGAGCAG         AACTTCCTACAGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103520 AATCAAAACTGCTGAGGAGCAGGTA...CAGAACTTCCTACAGCTGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTCCAGGAGTAACCGCTTCTCCTGGATGGGACTTTCAGACCTAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104269 CTTCCAGGAGTAACCGCTTCTCCTGGATGGGACTTTCAGACCTAAATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAAGGCACGTGGCAATGGGTGGACGGCTCACCTCTGTCACCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104319 GAAGGCACGTGGCAATGGGTGGACGGCTCACCTCTGTCACCCAGGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050    CTTCCAGCGGTACTGGAACAGTGGAGAACCCAACAATAGCGGGAATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105569 CAGCTTCCAGCGGTACTGGAACAGTGGAGAACCCAACAATAGCGGGAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAGACTGTGCGGAATTTAGTGGCAGTGGCTGGAACGACAATCGATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105619 AAGACTGTGCGGAATTTAGTGGCAGTGGCTGGAACGACAATCGATGTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTTGACAATTACTGGATCTGCAAAAAGCCCGCAGCCTGCTTCAGAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105669 GTTGACAATTACTGGATCTGCAAAAAGCCCGCAGCCTGCTTCAGAGACGA

   1250 
   1197 A
        |
 105719 A