seq1 = pF1KE4374.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KE4374/gi568815579r_48695429.tfa (gi568815579r:48695429_48907077), 211649 bp

>pF1KE4374 1176
>gi568815579r:48695429_48907077 (Chr19)

(complement)

1-24  (96071-96094)   100% ->
25-99  (100004-100078)   100% ->
100-300  (100361-100561)   100% ->
301-411  (106781-106891)   100% ->
412-531  (106978-107097)   100% ->
532-695  (107240-107403)   100% ->
696-838  (109745-109887)   100% ->
839-924  (110056-110141)   100% ->
925-1065  (110360-110500)   100% ->
1066-1140  (110576-110650)   100% ->
1141-1176  (111614-111649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCAGCCGCTCTGGGGCAG         ATCTGGGCACGAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  96071 ATGGCCGCAGCCGCTCTGGGGCAGGTG...CAGATCTGGGCACGAAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTCTCTGTCCCTTGGCTTCTGTGTGGTCCCAGAAGATATGCCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TCTCTCTGTCCCTTGGCTTCTGTGTGGTCCCAGAAGATATGCCTCCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTTCAAG         GCTGCAGACCTGCAGCTGGAAATGACACAGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 GTTTCAAGGTG...CAGGCTGCAGACCTGCAGCTGGAAATGACACAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTCATAAGAAGCCTGGCCCCGGCGAGCCCCTGGTGTTTGGGAAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 CCTCATAAGAAGCCTGGCCCCGGCGAGCCCCTGGTGTTTGGGAAGACATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACCGACCACATGCTGATGGTGGAATGGAATGACAAGGGCTGGGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100444 TACCGACCACATGCTGATGGTGGAATGGAATGACAAGGGCTGGGGCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCGAATCCAGCCCTTCCAGAACCTCACGCTGCACCCAGCCTCCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 CCCGAATCCAGCCCTTCCAGAACCTCACGCTGCACCCAGCCTCCTCCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCCACTACTCCCTGCAG         CTGTTTGAGGGCATGAAGGCGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100544 CTCCACTACTCCCTGCAGGTG...CAGCTGTTTGAGGGCATGAAGGCGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAGGCAAAGACCAGCAGGTGCGCCTCTTCCGCCCCTGGCTCAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106804 CAAAGGCAAAGACCAGCAGGTGCGCCTCTTCCGCCCCTGGCTCAACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGGATGCTGCGCTCAGCCATGCGCCTGTGCCTGCCG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106854 ACCGGATGCTGCGCTCAGCCATGCGCCTGTGCCTGCCGGTG...CAGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCGACAAGCTGGAGTTGCTGGAGTGCATCCGCCGGCTCATCGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106981 TTCGACAAGCTGGAGTTGCTGGAGTGCATCCGCCGGCTCATCGAAGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGGACTGGGTCCCCGATGCCGCCGGCACCAGCCTCTATGTGCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 CAAGGACTGGGTCCCCGATGCCGCCGGCACCAGCCTCTATGTGCGGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTCATTGGGAACGAG         CCCTCGCTGGGTGTCAGCCAGCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107081 TGCTCATTGGGAACGAGGTG...CAGCCCTCGCTGGGTGTCAGCCAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACGCGCGCGCTCCTGTTCGTCATTCTCTGCCCAGTGGGTGCCTACTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107264 ACGCGCGCGCTCCTGTTCGTCATTCTCTGCCCAGTGGGTGCCTACTTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAGGCTCCGTGACCCCGGTCTCCCTCCTGGCCGACCCAGCCTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107314 TGGAGGCTCCGTGACCCCGGTCTCCCTCCTGGCCGACCCAGCCTTCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGCCTGGGTGGGCGGGGTCGGCAACTACAAGTTAGGTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107364 GGGCCTGGGTGGGCGGGGTCGGCAACTACAAGTTAGGTGGGTA...CAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATTATGGGCCCACCGTGTTAGTGCAACAGGAGGCACTCAAGCGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109746 AATTATGGGCCCACCGTGTTAGTGCAACAGGAGGCACTCAAGCGGGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAACAGGTCCTCTGGCTGTATGGGCCCGACCACCAGCTCACCGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109796 TGAACAGGTCCTCTGGCTGTATGGGCCCGACCACCAGCTCACCGAGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAACCATGAACATCTTTGTCTACTGGACCCACGAAGATGGGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109846 GAACCATGAACATCTTTGTCTACTGGACCCACGAAGATGGGGGTA...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839  TGCTGGAGCTGGTGACGCCCCCGCTGAATGGTGTTATCCTGCCTGGAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110055 GTGCTGGAGCTGGTGACGCCCCCGCTGAATGGTGTTATCCTGCCTGGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTCAGACAGAGTCTACTGGACATGGCTCAGACCTGG         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110105 GGTCAGACAGAGTCTACTGGACATGGCTCAGACCTGGGTG...CAGGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGTTCCGGGTGGTGGAGCGCACGATCACCATGAAGCAGTTGCTGCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110364 AGTTCCGGGTGGTGGAGCGCACGATCACCATGAAGCAGTTGCTGCGGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGAGGAGGGCCGCGTGCGGGAAGTCTTTGGCTCGGGCACCGCTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110414 CTGGAGGAGGGCCGCGTGCGGGAAGTCTTTGGCTCGGGCACCGCTTGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTCTGCCCAGTGCACCGAATCCTGTACAAAGACAGG         AACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110464 GGTCTGCCCAGTGCACCGAATCCTGTACAAAGACAGGGTG...CAGAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCACATTCCCACCATGGAAAATGGGCCTGAGCTGATCCTCCGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110580 TCCACATTCCCACCATGGAAAATGGGCCTGAGCTGATCCTCCGCTTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGAGCTGAAGGAGATCCAG         TACGGAATCAGAGCCCACGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110630 AAGGAGCTGAAGGAGATCCAGGTG...CAGTACGGAATCAGAGCCCACGA

   1250     .    :    .
   1161 GTGGATGTTCCCGGTG
        ||||||||||||||||
 111634 GTGGATGTTCCCGGTG