seq1 = pF1KE4369.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KE4369/gi568815595f_132217457.tfa (gi568815595f:132217457_132456875), 239419 bp

>pF1KE4369 1158
>gi568815595f:132217457_132456875 (Chr3)

1-120  (100001-100120)   99% ->
121-216  (110811-110906)   100% ->
217-303  (114191-114277)   100% ->
304-456  (114736-114888)   98% ->
457-555  (120000-120098)   100% ->
556-648  (125096-125188)   100% ->
649-781  (127471-127603)   99% ->
782-864  (132464-132546)   100% ->
865-968  (135264-135367)   100% ->
969-1158  (139230-139419)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGCTGCACCCCTCCTCCTGGCCAGGGCAGCAAGCCTTAACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100001 ATGAGAGCTGCACCCCTCCTCCTGGCCAGGGCAGCAAGCCTTAGCCTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTTGTTTCTGCTTTTTTTCTGGCTAGACCGAAGTGTACTAGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTTGTTTCTGCTTTTTTTCTGGCTAGACCGAAGTGTACTAGCCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTGAAGTTTGTGACTTTG         GTGTTTCGGCATGGAGACCGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 AGTTGAAGTTTGTGACTTTGGTA...CAGGTGTTTCGGCATGGAGACCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCCCATTGACACCTTTCCCACTGACCCCATAAAGGAATCCTCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110832 AGTCCCATTGACACCTTTCCCACTGACCCCATAAAGGAATCCTCATGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAAGGATTTGGCCAACTCACCCAG         CTGGGCATGGAGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110882 ACAAGGATTTGGCCAACTCACCCAGGTT...TAGCTGGGCATGGAGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTATGAACTTGGAGAGTATATAAGAAAGAGATATAGAAAATTCTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114207 ATTATGAACTTGGAGAGTATATAAGAAAGAGATATAGAAAATTCTTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGTCCTATAAACATGAACAG         GTTTATATTCGAAGCACAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114257 GAGTCCTATAAACATGAACAGGCA...TAGGTTTATATTCGAAGCACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGTTGACCGGACTTTGATGAGTGCTATGACAAACTTGGCAGCCCTGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
 114756 CGTTGACCGGACTTTGATGAGTGCTATGACAAACCTGGCAGCCCTGTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCAGAAGGTGTCAGCATCTGGAATCCTATCCTACTCTGGCAGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114806 CCCCAGAAGGTGTCAGCATCTGGAATCCTATCCTACTCTGGCAGCCCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCGGTGCACACAGTTCCTCTTTCTGAAGATCAG         TTGCTATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114856 CCGGTGCACACAGTTCCTCTTTCTGAAGATCAGGTC...CAGTTGCTATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGCCTTTCAGGAACTGCCCTCGTTTTCAAGAACTTGAGAGTGAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120008 CCTGCCTTTCAGGAACTGCCCTCGTTTTCAAGAACTTGAGAGTGAGACTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAATCAGAGGAATTCCAGAAGAGGCTGCACCCTTATAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120058 TGAAATCAGAGGAATTCCAGAAGAGGCTGCACCCTTATAAGGTT...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATTTTATAGCTACCTTGGGAAAACTTTCAGGATTACATGGCCAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125096 GATTTTATAGCTACCTTGGGAAAACTTTCAGGATTACATGGCCAGGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTTGGAATTTGGAGTAAAGTCTACGACCCTTTATATTGTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125146 TTTTGGAATTTGGAGTAAAGTCTACGACCCTTTATATTGTGAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   AGTGTTCACAATTTCACTTTACCCTCCCGGGCCACTGAGGACACCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 127469 AGAGTGTTCACAATTTCACTTTACCCTCCTGGGCCACTGAGGACACCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACTAAGTTGAGAGAATTGTCAGAATTGTCCCTCCTGTCCCTCTATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127519 ACTAAGTTGAGAGAATTGTCAGAATTGTCCCTCCTGTCCCTCTATGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCACAAGCAGAAAGAGAAATCTAGGCTCCAAGGGG         GTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 127569 TCACAAGCAGAAAGAGAAATCTAGGCTCCAAGGGGGTA...AAGGTGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGTCAATGAAATCCTCAATCACATGAAGAGAGCAACTCAGATACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132470 TGGTCAATGAAATCCTCAATCACATGAAGAGAGCAACTCAGATACCAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TACAAAAAACTCATCATGTATTCTGCG         CATGACACTACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 132520 TACAAAAAACTCATCATGTATTCTGCGGTA...TAGCATGACACTACTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAGTGGCCTACAGATGGCGCTAGATGTTTACAACGGACTCCTTCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135278 GAGTGGCCTACAGATGGCGCTAGATGTTTACAACGGACTCCTTCCTCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGCTTCTTGCCACTTGACGGAATTGTACTTTGAGAAGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 135328 ATGCTTCTTGCCACTTGACGGAATTGTACTTTGAGAAGGGGTA...CAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGTACTTTGTGGAGATGTACTATCGGAATGAGACGCAGCACGAGCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139231 GAGTACTTTGTGGAGATGTACTATCGGAATGAGACGCAGCACGAGCCGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCCCTCATGCTACCTGGCTGCAGCCCCAGCTGTCCTCTGGAGAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139281 TCCCCTCATGCTACCTGGCTGCAGCCCCAGCTGTCCTCTGGAGAGGTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGAGCTGGTTGGCCCTGTGATCCCTCAAGACTGGTCCACGGAGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139331 CTGAGCTGGTTGGCCCTGTGATCCCTCAAGACTGGTCCACGGAGTGTATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1120 ACCACAAACAGCCATCAAGGTACTGAAGACAGTACAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139381 ACCACAAACAGCCATCAAGGTACTGAAGACAGTACAGAT