seq1 = pF1KE4368.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KE4368/gi568815586f_1654344.tfa (gi568815586f:1654344_1886069), 231726 bp

>pF1KE4368 1158
>gi568815586f:1654344_1886069 (Chr12)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-291  (118499-118618)   100% ->
292-463  (123511-123682)   100% ->
464-650  (126108-126294)   100% ->
651-838  (126546-126733)   100% ->
839-1032  (129537-129730)   100% ->
1033-1158  (131601-131726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGAGCCAACAGAAAACCGATTGGGGTGCAGCAGGACTCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGAGCCAACAGAAAACCGATTGGGGTGCAGCAGGACTCCAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATATAAGGCTCAGAAAAGGGCACCAACTGGATGGTACACGAAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATATAAGGCTCAGAAAAGGGCACCAACTGGATGGTACACGAAGAGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAATGACAGCCACCAAGGAGATTTGGAGCCCATTTTAGAGGCATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATAATGACAGCCACCAAGGAGATTTGGAGCCCATTTTAGAGGCATCTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTATCTTCCCATCATAAAAAA         AGCTCTGAGGAACATGAATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 CTATCTTCCCATCATAAAAAAGTA...CAGAGCTCTGAGGAACATGAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGATGAAGCTCCTCAGGAAGATGAGGGCTTTATGGGCATGTCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118519 CAGTGATGAAGCTCCTCAGGAAGATGAGGGCTTTATGGGCATGTCCCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTACAAGCCCATCATGCTATGGAAAAAATGGAAGAATTTGTTTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118569 TCTTACAAGCCCATCATGCTATGGAAAAAATGGAAGAATTTGTTTGTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          GTATGGGAAGGTCGGTGGCGAGTGATCCCTCATGATGTACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118619 GTA...CAGGTATGGGAAGGTCGGTGGCGAGTGATCCCTCATGATGTACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCAGACTGGCTCAAGGATAATGACTTCCTCTTGCATGGACACCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123552 ACCAGACTGGCTCAAGGATAATGACTTCCTCTTGCATGGACACCGGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTATGCCTTCTTTCCGGGCCTGTTTTAAGAGCATTTTCAGAATACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123602 CTATGCCTTCTTTCCGGGCCTGTTTTAAGAGCATTTTCAGAATACACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAACAGGCAACATTTGGACACATCTCTTAG         GTTGTGTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123652 GAAACAGGCAACATTTGGACACATCTCTTAGGTA...TAGGTTGTGTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCTGTGCCTGGGGATCTTTTATATGTTTCGCCCAAATATCTCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126118 CTTCCTGTGCCTGGGGATCTTTTATATGTTTCGCCCAAATATCTCCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCCCCTCTGCAAGAGAAGGTGGTCTTTGGATTATTTTTCTTAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126168 TGGCCCCTCTGCAAGAGAAGGTGGTCTTTGGATTATTTTTCTTAGGAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTCTCTGCCTTTCTTTTTCATGGCTCTTCCACACAGTCTACTGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126218 ATTCTCTGCCTTTCTTTTTCATGGCTCTTCCACACAGTCTACTGCCACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAGGGGGTCTCTCGGCTCTTCTCTAA         ACTGGATTACTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126268 AGAGGGGGTCTCTCGGCTCTTCTCTAAGTA...TAGACTGGATTACTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTATTGCTCTTCTGATTATGGGAAGTTTTGTTCCTTGGCTTTATTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126560 GTATTGCTCTTCTGATTATGGGAAGTTTTGTTCCTTGGCTTTATTATTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCTACTGTAATCCACAACCTTGCTTCATCTACTTGATTGTCATCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126610 TTCTACTGTAATCCACAACCTTGCTTCATCTACTTGATTGTCATCTGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGGGCATTGCAGCCATTATAGTCTCCCAGTGGGACATGTTTGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126660 GCTGGGCATTGCAGCCATTATAGTCTCCCAGTGGGACATGTTTGCCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCAGTATCGGGGAGTAAGAGCAG         GAGTGTTTTTGGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126710 CTCAGTATCGGGGAGTAAGAGCAGGTA...TAGGAGTGTTTTTGGGCCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCCTGAGTGGAATCATTCCTACCTTGCACTATGTCATCTCGGAGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129554 GGCCTGAGTGGAATCATTCCTACCTTGCACTATGTCATCTCGGAGGGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCTTAAGGCCGCCACCATAGGGCAGATAGGCTGGTTGATGCTGATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129604 CCTTAAGGCCGCCACCATAGGGCAGATAGGCTGGTTGATGCTGATGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCCTCTACATCACAGGAGCTGCCCTGTATGCTGCCCGGATCCCCGAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129654 GCCTCTACATCACAGGAGCTGCCCTGTATGCTGCCCGGATCCCCGAACGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTTTCCCTGGCAAATGTGACATCTGG         TTTCACTCTCATCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 129704 TTTTTCCCTGGCAAATGTGACATCTGGGTA...CAGTTTCACTCTCATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGTTTCATATCTTTGTGGTTGCTGGAGCTTTTGTTCACTTCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131615 GCTGTTTCATATCTTTGTGGTTGCTGGAGCTTTTGTTCACTTCCATGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCTCAAACCTCCAGGAGTTTCGTTTCATGATCGGCGGGGGCTGCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131665 TCTCAAACCTCCAGGAGTTTCGTTTCATGATCGGCGGGGGCTGCAGTGAA

   1200     .    :
   1147 GAGGATGCACTG
        ||||||||||||
 131715 GAGGATGCACTG