seq1 = pF1KE4366.tfa, 1149 bp
seq2 = pF1KE4366/gi568815597r_203079448.tfa (gi568815597r:203079448_203285385), 205938 bp

>pF1KE4366 1149
>gi568815597r:203079448_203285385 (Chr1)

(complement)

1-25  (98763-98787)   100% ->
26-55  (99041-99070)   100% ->
56-257  (100001-100202)   100% ->
258-314  (100754-100810)   100% ->
315-465  (101595-101745)   100% ->
466-587  (102534-102655)   100% ->
588-711  (104101-104224)   100% ->
712-894  (104734-104916)   100% ->
895-1011  (105509-105625)   100% ->
1012-1149  (105801-105938)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGTGAAGGCGTCTCAAACAG         GCTTTGTGGTCCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  98763 ATGGGTGTGAAGGCGTCTCAAACAGGTA...CAGGCTTTGTGGTCCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTGCTCCAGTGCT         GCTCTGCATACAAACTGGTCTGCTACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  99057 GCTGCTCCAGTGCTGTG...CAGGCTCTGCATACAAACTGGTCTGCTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ACACCAGCTGGTCCCAGTACCGGGAAGGCGATGGGAGCTGCTTCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ACACCAGCTGGTCCCAGTACCGGGAAGGCGATGGGAGCTGCTTCCCAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCCCTTGACCGCTTCCTCTGTACCCACATCATCTACAGCTTTGCCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 GCCCTTGACCGCTTCCTCTGTACCCACATCATCTACAGCTTTGCCAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGCAACGATCACATCGACACCTGGGAGTGGAATGATGTGACGCTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 AAGCAACGATCACATCGACACCTGGGAGTGGAATGATGTGACGCTCTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCATGCTCAACACACTCAAGAACAG         GAACCCCAACCTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100178 GCATGCTCAACACACTCAAGAACAGGTT...CAGGAACCCCAACCTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTCTCTTGTCTGTCGGAGGATGGAACTTTGGGTCTCAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100770 ACTCTCTTGTCTGTCGGAGGATGGAACTTTGGGTCTCAAAGGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ATTTTCCAAGATAGCCTCCAACACCCAGAGTCGCCGGACTTTCATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101595 ATTTTCCAAGATAGCCTCCAACACCCAGAGTCGCCGGACTTTCATCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGTACCGCCATTTCTGCGCACCCATGGCTTTGATGGGCTGGACCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101645 CAGTACCGCCATTTCTGCGCACCCATGGCTTTGATGGGCTGGACCTTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGGCTCTACCCTGGACGGAGAGACAAACAGCATTTTACCACCCTAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101695 TGGCTCTACCCTGGACGGAGAGACAAACAGCATTTTACCACCCTAATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         GAAATGAAGGCCGAATTTATAAAGGAAGCCCAGCCAGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101745 GGTG...TAGGAAATGAAGGCCGAATTTATAAAGGAAGCCCAGCCAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAAGCAGCTCCTGCTCAGCGCAGCACTGTCTGCGGGGAAGGTCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102574 AAAAGCAGCTCCTGCTCAGCGCAGCACTGTCTGCGGGGAAGGTCACCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACAGCAGCTATGACATTGCCAAGATATCCCA         ACACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102624 GACAGCAGCTATGACATTGCCAAGATATCCCAGTG...CAGACACCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTTCATTAGCATCATGACCTACGATTTTCATGGAGCCTGGCGTGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 TTTCATTAGCATCATGACCTACGATTTTCATGGAGCCTGGCGTGGGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGGCCATCACAGTCCCCTGTTCCGAGGTCAGGAGGATGCAAGTCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 CAGGCCATCACAGTCCCCTGTTCCGAGGTCAGGAGGATGCAAGTCCTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGATTCAGCAACACT         GACTATGCTGTGGGGTACATGTTGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104210 AGATTCAGCAACACTGTG...CAGGACTATGCTGTGGGGTACATGTTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTGGGGGCTCCTGCCAGTAAGCTGGTGATGGGCATCCCCACCTTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104760 GCTGGGGGCTCCTGCCAGTAAGCTGGTGATGGGCATCCCCACCTTCGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGAGCTTCACTCTGGCTTCTTCTGAGACTGGTGTTGGAGCCCCAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104810 GGAGCTTCACTCTGGCTTCTTCTGAGACTGGTGTTGGAGCCCCAATCTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGACCGGGAATTCCAGGCCGGTTCACCAAGGAGGCAGGGACCCTTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104860 GGACCGGGAATTCCAGGCCGGTTCACCAAGGAGGCAGGGACCCTTGCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTATGAG         ATCTGTGACTTCCTCCGCGGAGCCACAGTCCATA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104910 CTATGAGGTA...CAGATCTGTGACTTCCTCCGCGGAGCCACAGTCCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAATCCTCGGCCAGCAGGTCCCCTATGCCACCAAGGGCAACCAGTGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105543 GAATCCTCGGCCAGCAGGTCCCCTATGCCACCAAGGGCAACCAGTGGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGATACGACGACCAGGAAAGCGTCAAAAGCAAG         GTGCAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105593 GGATACGACGACCAGGAAAGCGTCAAAAGCAAGGTA...CAGGTGCAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGAAGGACAGGCAGCTGGCGGGCGCCATGGTATGGGCCCTGGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105809 CCTGAAGGACAGGCAGCTGGCGGGCGCCATGGTATGGGCCCTGGACCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGACTTCCAGGGCTCCTTCTGCGGCCAGGATCTGCGCTTCCCTCTCACC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 105859 ATGACTTCCAGGGCTCCTTCTGTGGCCAGGATCTGCGCTTCCCTCTCACC

   1200     .    :    .    :    .    :
   1120 AATGCCATCAAGGATGCACTCGCTGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 105909 AATGCCATCAAGGATGCACTCGCTGCAACG