seq1 = pF1KE4363.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KE4363/gi568815596r_85561476.tfa (gi568815596r:85561476_85767799), 206324 bp

>pF1KE4363 1143
>gi568815596r:85561476_85767799 (Chr2)

(complement)

1-67  (99617-99683)   100% ->
68-195  (99994-100121)   100% ->
196-267  (100623-100694)   100% ->
268-393  (101058-101183)   100% ->
394-582  (102006-102194)   100% ->
583-672  (102422-102511)   100% ->
673-856  (103953-104136)   100% ->
857-1002  (104309-104454)   100% ->
1003-1083  (105691-105771)   100% ->
1084-1143  (106265-106324)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGTCACACCTGCTGCAGTGGCTGCTGCTGCTGCTGCCCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99617 ATGGCTGAGTCACACCTGCTGCAGTGGCTGCTGCTGCTGCTGCCCACGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGGCCCAGGCACTG         CTGCCTGGACCACCTCATCCTTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  99667 CTGTGGCCCAGGCACTGGTG...CAGCTGCCTGGACCACCTCATCCTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGTGCCCAGGGCCCTGAGTTCTGGTGCCAAAGCCTGGAGCAAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CCTGTGCCCAGGGCCCTGAGTTCTGGTGCCAAAGCCTGGAGCAAGCATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTGCAGAGCCCTAGGGCATTGCCTACAGGAAGTCTGGGGACATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 CAGTGCAGAGCCCTAGGGCATTGCCTACAGGAAGTCTGGGGACATGTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCC         GATGACCTATGCCAAGAGTGTGAGGACATCGTCCACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 AGCCGTG...CAGGATGACCTATGCCAAGAGTGTGAGGACATCGTCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTTAACAAGATGGCCAAGGAGGCCATTTTCCAG         GACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100660 TCCTTAACAAGATGGCCAAGGAGGCCATTTTCCAGGTA...CAGGACACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGAGGAAGTTCCTGGAGCAGGAGTGCAACGTCCTCCCCTTGAAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101064 ATGAGGAAGTTCCTGGAGCAGGAGTGCAACGTCCTCCCCTTGAAGCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATGCCCCAGTGCAACCAAGTGCTTGACGACTACTTCCCCCTGGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101114 CATGCCCCAGTGCAACCAAGTGCTTGACGACTACTTCCCCCTGGTCATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTACTTCCAGAACCAGACT         GACTCAAACGGCATCTGTATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101164 ACTACTTCCAGAACCAGACTGTG...CAGGACTCAAACGGCATCTGTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACCTGGGCCTGTGCAAATCCCGGCAGCCAGAGCCAGAGCAGGAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102027 CACCTGGGCCTGTGCAAATCCCGGCAGCCAGAGCCAGAGCAGGAGCCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATGTCAGACCCCCTGCCCAAACCTCTGCGGGACCCTCTGCCAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102077 GATGTCAGACCCCCTGCCCAAACCTCTGCGGGACCCTCTGCCAGACCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGGACAAGCTCGTCCTCCCTGTGCTGCCCGGGGCCCTCCAGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102127 TGCTGGACAAGCTCGTCCTCCCTGTGCTGCCCGGGGCCCTCCAGGCGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGGGCCTCACACACAG         GATCTCTCCGAGCAGCAATTCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102177 CCTGGGCCTCACACACAGGTG...CAGGATCTCTCCGAGCAGCAATTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATTCCTCTCCCCTATTGCTGGCTCTGCAGGGCTCTGATCAAGCGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 CATTCCTCTCCCCTATTGCTGGCTCTGCAGGGCTCTGATCAAGCGGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGCCATGATTCCCAAG         GGTGCGCTAGCTGTGGCAGTGGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102495 AAGCCATGATTCCCAAGGTG...CAGGGTGCGCTAGCTGTGGCAGTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGTGTGCCGCGTGGTACCTCTGGTGGCGGGCGGCATCTGCCAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103977 CAGGTGTGCCGCGTGGTACCTCTGGTGGCGGGCGGCATCTGCCAGTGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCTGAGCGCTACTCCGTCATCCTGCTCGACACGCTGCTGGGCCGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104027 GGCTGAGCGCTACTCCGTCATCCTGCTCGACACGCTGCTGGGCCGCATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCCCCAGCTGGTCTGCCGCCTCGTCCTCCGGTGCTCCATGGATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104077 TGCCCCAGCTGGTCTGCCGCCTCGTCCTCCGGTGCTCCATGGATGACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGGCCCAA         GGTCGCCGACAGGAGAATGGCTGCCGCGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104127 GCTGGCCCAAGTG...CAGGGTCGCCGACAGGAGAATGGCTGCCGCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCTGAGTGCCACCTCTGCATGTCCGTGACCACCCAGGCCGGGAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104340 CTCTGAGTGCCACCTCTGCATGTCCGTGACCACCCAGGCCGGGAACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCGAGCAGGCCATACCACAGGCAATGCTCCAGGCCTGTGTTGGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104390 GCGAGCAGGCCATACCACAGGCAATGCTCCAGGCCTGTGTTGGCTCCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGACAGGGAAAAG         TGCAAGCAATTTGTGGAGCAGCACAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104440 CTGGACAGGGAAAAGGTA...CAGTGCAAGCAATTTGTGGAGCAGCACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCCCAGCTGCTGACCCTGGTGCCCAGGGGCTGGGATGCCCACACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105717 GCCCCAGCTGCTGACCCTGGTGCCCAGGGGCTGGGATGCCCACACCACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCAG         GCCCTCGGGGTGTGTGGGACCATGTCCAGCCCTCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105767 GCCAGGTA...CAGGCCCTCGGGGTGTGTGGGACCATGTCCAGCCCTCTC

   1200     .    :    .    :
   1120 CAGTGTATCCACAGCCCCGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||
 106301 CAGTGTATCCACAGCCCCGACCTT