seq1 = pF1KE4362.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE4362/gi568815594r_99026594.tfa (gi568815594r:99026594_99242780), 216187 bp

>pF1KE4362 1140
>gi568815594r:99026594_99242780 (Chr4)

(complement)

1-18  (98559-98576)   100% ->
19-120  (100001-100102)   100% ->
121-262  (101099-101240)   99% ->
263-350  (103633-103720)   100% ->
351-582  (106084-106315)   100% ->
583-843  (111017-111277)   99% ->
844-979  (115437-115572)   99% ->
980-1118  (116049-116187)   100% ->
1119-1140  (118315-118336)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACCAAGGGCAAA         GTTATTAAATGCAAAGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  98559 ATGGGCACCAAGGGCAAAGTA...CAGGTTATTAAATGCAAAGCAGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGCCTGGGAAGCAGGCAAGCCCCTTTGCATTGAAGAGGTTGAAGTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 CGCCTGGGAAGCAGGCAAGCCCCTTTGCATTGAAGAGGTTGAAGTAGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCCAAGGCTCATGAAGTTCGCATTCAG         ATCATTGCTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100074 CCCCCAAGGCTCATGAAGTTCGCATTCAGGTA...TAGATCATTGCTACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCCTGTGCCATACTGATGCCACTGTTATCGATTCTAAATTTGAGGGCCT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101111 TCTCTGTGCCATACTGATGCCACTGTTATCGATTCTAAATTTGAGGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCTTTCCCAGTGATCGTTGGCCATGAGGCTGCAGGTATTGTGGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101161 AGCTTTCCCAGTGATCGTTGGCCATGAGGCTGCAGGTATTGTGGAAAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGGCCAGGAGTGACCAACGTCAAACCAG         GTGACAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101211 TTGGGCCAGGAGTGACCAACGTCAAACCAGGTA...TAGGTGACAAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATTCCACTTTATGCACCTCTATGTAGAAAATGCAAGTTTTGTCTGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103644 ATTCCACTTTATGCACCTCTATGTAGAAAATGCAAGTTTTGTCTGAGTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTCACAAATTTGTGTGGGAAAATCAG         TAATCTCAAAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103694 ACTCACAAATTTGTGTGGGAAAATCAGGTA...TAGTAATCTCAAAAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGCTAGTGATCAACAACTAATGGAAGACAAAACCAGCAGGTTTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106098 CTGCTAGTGATCAACAACTAATGGAAGACAAAACCAGCAGGTTTACCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAGGAAAACCAGTTTACCATTTCTTTGGAACCAGTACATTCTCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106148 AAAGGAAAACCAGTTTACCATTTCTTTGGAACCAGTACATTCTCTCAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACTGTGGTGTCAGATATCAATCTTGCCAAAATAGATGATGATGCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 CACTGTGGTGTCAGATATCAATCTTGCCAAAATAGATGATGATGCAAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TAGAGAGAGTTTGTCTGCTTGGATGTGGGTTTTCAACTGGCTATGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106248 TAGAGAGAGTTTGTCTGCTTGGATGTGGGTTTTCAACTGGCTATGGGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAATCAACAATGCCAAG         GTCACCCCTGGTTCGACTTGTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106298 GCAATCAACAATGCCAAGGTA...CAGGTCACCCCTGGTTCGACTTGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTCTTTGGCCTAGGAGGTGTGGGTCTTTCTGCTGTAATGGGTTGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111040 TGTCTTTGGCCTAGGAGGTGTGGGTCTTTCTGCTGTAATGGGTTGTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCAGGAGCTTCCAGAATCATAGGTATTGACATCAACAGTGAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111090 CAGCAGGAGCTTCCAGAATCATAGGTATTGACATCAACAGTGAGAAGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGAAGGCTAAAGCCCTGGGAGCCACTGACTGCCTCAATCCTAGAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111140 GTGAAGGCTAAAGCCCTGGGAGCCACTGACTGCCTCAATCCTAGAGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACATAAACCTATCCAGGAAGTTATCATTGAATTGACCAAGGGAGGTGTGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111190 ACATAAACCGATCCAGGAAGTTATCATTGAATTGACCAAGGGAGGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATTTTGCCCTTGACTGTGCAGGTGGATCTGAAACCATG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111240 ATTTTGCCCTTGACTGTGCAGGTGGATCTGAAACCATGGTA...CAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGCCCTGGACTGTACAACCGCAGGCTGGGGATCATGTACTTTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115440 GCAGCCCTGGACTGTACAACCGCAGGCTGGGGATCATGTACTTTCATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGTAGCTGCTGGTAGCAAAGGATTGACTGTTTTTCCAGAGGAGCTAATAA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 115490 AGTAGCTGCTGGTAGCAAAGGATTGACTATTTTTCCAGAGGAGCTAATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCGGCCGTACTATAAATGGAACATTCTTTGGTG         GTTGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115540 TCGGCCGTACTATAAATGGAACATTCTTTGGTGGTC...CAGGTTGGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTGTAGATTCTATCCCAAAGCTGGTCACTGACTATAAGAATAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116057 AGTGTAGATTCTATCCCAAAGCTGGTCACTGACTATAAGAATAAGAAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAATCTGGATGCACTGGTGACCCATACCCTGCCTTTTGACAAAATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116107 CAATCTGGATGCACTGGTGACCCATACCCTGCCTTTTGACAAAATCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGCATTTGACCTAATGAACCAAGGAAAAAG         CATCCGAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>| ||||||||
 116157 AGGCATTTGACCTAATGAACCAAGGAAAAAGGTA...CAGCGTCCGAACA

   1200     .    :
   1129 ATCCTCATCTTT
        ||||||||||||
 118325 ATCCTCATCTTT