seq1 = pF1KE4358.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KE4358/gi568815597r_202841576.tfa (gi568815597r:202841576_203051070), 209495 bp

>pF1KE4358 1125
>gi568815597r:202841576_203051070 (Chr1)

(complement)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-258  (102651-102767)   100% ->
259-430  (104461-104632)   100% ->
431-617  (105902-106088)   100% ->
618-805  (107126-107313)   100% ->
806-999  (108853-109046)   100% ->
1000-1125  (109370-109495)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCCCACAAAGGATCTGTGGTGGCACAGGGGAATGGGGCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTCCCACAAAGGATCTGTGGTGGCACAGGGGAATGGGGCTCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTAACAGGGAAGCTGACACGGTGGAACTGGCTGAACTGGGACCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTAACAGGGAAGCTGACACGGTGGAACTGGCTGAACTGGGACCCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAAGAGAAGGGCAAACGGGTAATCGCCAACCCACCCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 TAGAAGAGAAGGGCAAACGGGTAATCGCCAACCCACCCAAAGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGAAGAAGAGCAAACATGCCCAGTGCCCCAGGAAGAAGAGGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 GCTGAAGAAGAGCAAACATGCCCAGTGCCCCAGGAAGAAGAGGAGGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGGTACTGACACTTCCCCTGCAAGCCCACCACGCCATGGAGAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 GCGGGTACTGACACTTCCCCTGCAAGCCCACCACGCCATGGAGAAGATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAGTTTGTGTACAAG         GTCTGGGAGGGACGTTGGAGGGTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102751 AAGAGTTTGTGTACAAGGTA...TAGGTCTGGGAGGGACGTTGGAGGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCCATATGATGTGCTCCCTGACTGGCTAAAGGACAACGACTATCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104485 ATCCCATATGATGTGCTCCCTGACTGGCTAAAGGACAACGACTATCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACATGGTCATAGACCTCCCATGCCCTCCTTTCGGGCTTGCTTCAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 ACATGGTCATAGACCTCCCATGCCCTCCTTTCGGGCTTGCTTCAAGAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTTCCGCATTCATACAGAAACTGGCAACATCTGGACCCATCTGCTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104585 TCTTCCGCATTCATACAGAAACTGGCAACATCTGGACCCATCTGCTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        GTTTCGTGCTGTTTCTCTTTTTGGGAATCTTGACCATGCTCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104635 G...CAGGTTTCGTGCTGTTTCTCTTTTTGGGAATCTTGACCATGCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACCAAATATGTACTTCATGGCCCCTCTACAGGAGAAGGTGGTTTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105945 ACCAAATATGTACTTCATGGCCCCTCTACAGGAGAAGGTGGTTTTTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTTCTTTTTGGGTGCAGTGCTCTGCCTCAGCTTCTCCTGGCTCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105995 TGTTCTTTTTGGGTGCAGTGCTCTGCCTCAGCTTCTCCTGGCTCTTTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCGTCTATTGTCATTCAGAGAAAGTCTCTCGGACTTTTTCCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106045 ACCGTCTATTGTCATTCAGAGAAAGTCTCTCGGACTTTTTCCAAGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618    ACTGGACTATTCAGGGATTGCTCTTCTAATTATGGGGAGCTTTGTCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107123 TAGACTGGACTATTCAGGGATTGCTCTTCTAATTATGGGGAGCTTTGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTGGCTCTATTATTCCTTCTACTGCTCCCCACAGCCACGGCTCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107173 CCTGGCTCTATTATTCCTTCTACTGCTCCCCACAGCCACGGCTCATCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCTCCATCGTCTGTGTCCTGGGCATTTCTGCCATCATTGTGGCGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107223 CTCTCCATCGTCTGTGTCCTGGGCATTTCTGCCATCATTGTGGCGCAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGACCGGTTTGCCACTCCTAAGCACCGGCAGACAAGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107273 GGACCGGTTTGCCACTCCTAAGCACCGGCAGACAAGAGCAGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGTGTTCCTGGGACTTGGCTTGAGTGGCGTCGTGCCCACCATGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108853 GCGTGTTCCTGGGACTTGGCTTGAGTGGCGTCGTGCCCACCATGCACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTATCGCTGAGGGCTTTGTCAAGGCCACCACAGTGGGCCAGATGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108903 ACTATCGCTGAGGGCTTTGTCAAGGCCACCACAGTGGGCCAGATGGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTTCTTCCTCATGGCTGTGATGTACATCACTGGAGCTGGCCTTTATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108953 GTTCTTCCTCATGGCTGTGATGTACATCACTGGAGCTGGCCTTTATGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCGAATTCCTGAGCGCTTCTTTCCTGGAAAATTTGACATATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109003 CTCGAATTCCTGAGCGCTTCTTTCCTGGAAAATTTGACATATGGGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000    TTCCAGTCTCATCAGATTTTCCATGTCCTGGTGGTGGCAGCAGCCTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109367 CAGTTCCAGTCTCATCAGATTTTCCATGTCCTGGTGGTGGCAGCAGCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTCCACTTCTATGGAGTCTCCAACCTTCAGGAATTCCGTTACGGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109417 TGTCCACTTCTATGGAGTCTCCAACCTTCAGGAATTCCGTTACGGCCTAG

   1150     .    :    .    :    .
   1097 AAGGCGGCTGTACTGATGACACCCTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 109467 AAGGCGGCTGTACTGATGACACCCTTCTC